rstanで打ち切りデータがあるときのパラメータ推定をする

これに、打ち切りデータがあるときの平均値の推定問題がある。StanとRでベイズ統計モデリング (Wonderful R)作者:健太郎, 松浦発売日: 2016/10/25メディア: 単行本データが正規分布に従うのだろうが、25を下回るデータはとなっているので、このデータを無視…

新型肺炎COVID-19の重症化率を推定する

読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19 の潜伏期間をrstanで推定する

読んだ。 Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. - PubMed - NCBI最初に武漢で肺炎が発生したときに、88症例について感染履歴を聴取して、ワイブル分布で潜伏期間を…

新型肺炎COVID-19の感染力R0を推定する

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…

rstanで自分で定義した確率分布からサンプリングする:Johnson's SU 分布

本当はこの通りにしたかったが、自作関数のサンプリングが遅すぎたので先に正規分布normalからのサンプリングがvectorかひとつひとつかtargetかで変わるのかを検証していた。 結論から言うと組み込みのvector型サンプリングは速いが、自作関数はひとつひとつ…

rstanでの確率分布からのサンプリングの速さを比較する

rstanで自作関数、というかrstanに実装されていない確率分布からサンプリングをしたくてコードを書いていたが、その前にコードの書き方でサンプリングの効率というか速さが違うので速くなる書き方をしよう、という検証。 結論から言うと、実装されている関数…

臨床に直結しそうで、ベッドサイドですぐに役立ちそうなエビデンスはぶっちゃけ書かれていない

読んだ。臨床に直結する集中治療のエビデンス―ベッドサイドですぐに役立つリファレンスブック発売日: 2013/03/01メディア: 単行本COI:定価は高かったけど古くなったのでくっそ安くなってたので買って積んでた。読み始めてから知り合いがいたことに気づいた…

こういうことだったようだ:酸素療法・NPPV・CHDF

読んだ。こういうことだったのか!! 酸素療法作者:小尾口 邦彦発売日: 2017/04/19メディア: 単行本(ソフトカバー)こういうことだったのか!! NPPV作者:小尾口 邦彦発売日: 2017/07/19メディア: 単行本(ソフトカバー)こういうことだったのか!! CHDF作者:小…

令和2年2月21日版の国内コロナ陽性者をgooglevisでやる

www.mhlw.go.jp これの2月20日12:00現在、確認されている国内の発生状況の国内事例(チャーター便帰国者を除く)をgooglevisを使って都道府県名別にプロットしてみようと思った。 googlevisクッソ使いにくい。 厚生労働省もがんばっているのだろうが、(令和…

ふたつの分布が違うのをどう示したらいいですか

こんな記事を書いたらごく狭い範囲で反響があった。 mikuhatsune.hatenadiary.com ガンマ分布の記事感動しました。そんなガンマ分布マスターであられる驚異のアニヲタさんに質問するもの失礼なほど低級な質問なんですが、、、 ある疾患があって、その疾患発…

混合分布:急性期と亜急性期の発症がある

こんな感じのデータを見かけた。 本人が言うには、8日あたりを境目にして、8日までに発症するパターンと、それ以降に発症するパターンに分かれそうだ、という。 データの意味合いと二峰性の具合から、おそらくふたつのガンマ分布が重なっているのでは、とい…

モニター

読んだ。INTENSIVIST Vol.3 No.2 2011(特集:モニター)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2011/04/14メディア: 単行本COI:昔安かったのを買って積んでた。右心カテーテルと動脈血圧モニターの話がそれなりに分かった…

ICUルーチン

読んだ。INTENSIVIST Vol.6 No.2 2014 (特集:ICUルーチン)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2014/04/14メディア: 単行本(ソフトカバー)COI:安くなってて買ったのを積んでた。胸部X線を毎朝撮るのとか、PPIをとりあえ…

不整脈

読んだ。INTENSIVIST VOL.1NO.4 2009 (特集:不整脈)作者:藤谷茂樹出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2009/11/30メディア: 単行本(ソフトカバー)COI:古くて安かったので買って積んでたのを時間ができたので読んだ。不整脈治…

線虫でがん検査、約85%の確率で特定

という記事を観測した。 詳細はいつもの通り不明だが、記事によると、 がん患者1400人に実施した検査では的中率は約85%に上り、特にステージ0~1の患者は87%で判定できた。一般的ながん検査「腫瘍マーカー」よりかなり高確率という。 反応するのは胃、大腸…

急性心不全

読んだ。INTENSIVIST VOL.2 NO.4 2010 (特集:急性心不全)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2010/11/01メディア: 単行本COI:古すぎて激安だったのを買って積んでたけど最近心不全が多いのでまた急いで読んだ。意識低い…

ECMO

読んだ。INTENSIVIST Vol.5 No.2 2013 (特集:ECMO)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2013/04/17メディア: 単行本COI:中古で激安だったので買って積んでいたけど、VV-ECMOに関わる機会があったので急いで読んだ。Intens…

これ読んでもワンランク上の心臓麻酔できなさそう

読んだ。ワンランク上の心臓麻酔に必要なエビデンス作者:出版社/メーカー: 克誠堂出版発売日: 2018/05/01メディア: 単行本COI:上司が持ってた。ペラい。正規で買っても5000円くらいなので妥当か。 なんとも言えないが、これ読んでもワンランク上の心臓麻酔…

「男女間モテ格差」をzero-inflated model で考える

こんな話を見つけた。そもそも、女性の考える「非モテ男性」と実際の「非モテ男性」の認識にすれ違いがありそう。女性は何もしなくても75%は一度は告白される。一方男性は、半数以上が一度も告白されない。女性のリアルからみると「非モテ」とは「下位25%…

Essentials of Trauma Anethesia

読んだ。Essentials of Trauma Anesthesia作者:出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2017/11/09メディア: ペーパーバックCOI:自費で購入。 本当はこちらの日本語訳を読もうと思ったけど、出版時に原著が3000円くらいだったようなので英語を…

経食道心エコー

JBPOTという経食道心エコーの認定試験というのに合格した。 いままで受けてきた試験のなかでも最高に(えナニコレ…????)みたいな設問ばかりで手応えゼロだった。 ちなみに使ってきたテキストの大半は試験中 役 に 立 た な か っ た 。とりあえずこれ(中古…

メタアナリシスっぽいので公平な入試を受けたい

12月7日の配当記事です。 qiita.comJapan.Rでこの話をした。 mikuhatsune.hatenadiary.comSlideShare は埋め込めるけどRpubs は埋め込めないようだった。 RPubs - 20191207 Japan.R#7 前回の記事との変更として、「女子学生に対して、男子学生の合格」にORを…

産科ICU

読んだ。INTENSIVIST Vol.8 No.2 2016 (特集:産科ICU)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2016/04/22メディア: 雑誌COI:上司が持ってた。 集中治療で産科の患者がICUを利用することは、超大型周産期医療センター以外あま…

下壁と後壁って何が違うの?

心臓の解剖や生理、病理がわかってない勢だから(自由壁破裂って一体どこ…??)って思ってた。実際は固定されてて動かない中隔以外の壁を自由壁というらしい。へぇ。経胸壁エコーや経食道エコーで下壁とか後壁とか言われて(えっこれ何が違うん…??)って思っ…

経食道心エコー法マニュアル

読んだ。経食道心エコー法マニュアル[Web動画付](改訂第5版)作者: 渡橋和政出版社/メーカー: 南江堂発売日: 2019/09/26メディア: 単行本この商品を含むブログを見るCOI:自費で購入 第4版をいつ買おうかと悩んでいたらいつの間にか第5版が出たので買った。経…

mendelayからデスクトップ版やword拡張を使わずにwordに引用文献を入れたかった

1万年と2千年ぶりに原稿書いて、という要望に応えてなんか原稿を書いている。 今までなんか書くときにはtexを使っていたので、文献の管理や引用の挿入はbibファイルで一人完結でやっていた。 文献の管理は無料という理由でとりあえずmendelayを使っていた。 …

肥満患者の麻酔

読んだ。肥満患者の麻酔作者: 白石としえ,上北郁男出版社/メーカー: 金芳堂発売日: 2018/11/07メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログを見るCOI:自費で購入 発売当初から興味があったので買ってみた。 個人的には、デブの麻酔には気道管理が…

一歩進んだ麻酔管理

読んだ。一歩進んだ麻酔管理~常識は常に真実か?~作者: 国沢卓之出版社/メーカー: 克誠堂出版発売日: 2019/05/01メディア: 単行本この商品を含むブログを見るCOI:自費で購入見開き2-4ページで1項目でさくさく読める。ページ余白が少なくなんか情報量多く感じ…

アレルとgenotype の頻度を信頼区間付で求めたい

という質問を受けたので1万年と2000年ぶりくらいに遺伝統計やった。 雰囲気としては、こんな感じの値を求めたい。Indian J Endocrinol Metab. 2014 Nov-Dec; 18(6): 850–854. のTable 1 より引用www.ncbi.nlm.nih.gov ここで、データとしては被験者たちのgen…