GPUを使ってみようと思うのだが、メモリがうんたらかんたら言われて、巨大なデータを入力すると動かないので、Python でやったら実はいい感じに動くのではないかと思ってやってみる。 Python ならpycuda, gnumpy があるようだが、gnumpy のほうがnumpy ベー…

RでGPUを使う時がきたようだ。 しかし、使える環境を整備するだけで1日潰れた。 OS はubuntu 14.04 メモリは 32GB CPU は Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1620 v3 @ 3.50GHz GPU は GeForce GTX 750 Ti が2枚 NVIDIA の準備 GTX 750 Ti のドライバーは361だが、apt…

この記事はR Advent Calendar 2013の12月29日の配当記事です。 境界の彼方というアニメで私の大好きな種田梨沙さんがメインヒロインである栗山未来を演じている。 作中で「不愉快です」というセリフが口癖らしく、いたるところで出てくるが、このセリフ、栗…

タンパク質間相互作用と分子動力学法をやるプログラムの簡単なセミナーに出たのでやってみる。 たぶん日本語のブログでは初の記事ではないかと制作者も言っていた。 必要なプログラムのインストールは一番下。推奨OSはUbuntu 12.04 LTS。 リリース 12.04 (pr…

結果 処理 DTM解析

CPUの温度が調べられると教えてもらったのでやってみる。 sudo apt-get install lm-sensors sudo apt-get install hddtemp エラーが出まくったのでこの2つがあればいけるっぽい。 sudo sensors acpitz-virtual-0 Adapter: Virtual device temp1: +51.9°C (cr…

Rでプログレスバーというのがあったので、やってみる。 OSがLinuxなので、 txtProgressBar を使ったが、tcltkを使うとGUIっぽいプログレスバーができるらしい。そのときは library(tcltk) tkProgressBar を使う。 n <- 10000 for(i in seq(n)){ pb <- txtPro…

シンプレックス法を用いて、学生に対して実習コースを割り振る、ということをした。 今回、実際にアンケートをして、学生から希望を集めたので、それを使っていろいろやってみる。 データの集計 シミュレーション 誰と同じグループになるか A希望の数はA希望…

並列計算したい どうすればRで並列計算できるのか〜そもそも並列計算って何？ 並列計算をやる snow 使うCPUはいくつがいいのか foreachとdoSNOW doMC