医学

ガンマ分布:癌にかかるまでの時間

ガンマ分布は、期間 ごとに1回くらい起こるランダムな事象が 回起こるまでの時間の分布としてモデル化されることがあるらしい。 ガンマ分布自体は、shape とscale (もしくは逆数のrate) のふたつのパラメータで決定される。 悪性腫瘍(いっぱんにがん)は、遺…

糖質制限ダイエットを始めたらたった1日で体重が2kg減った話をしたらもっと詳しい体重推移データをもらった

ダイエットのデータを昔使って遊んだけど、元データを持っている人が更に長期のデータを公開してくれた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t;…

single cell RNA-seq のdropout

読んだ。 MAGIC: A diffusion-based imputation method reveals gene-gene interactions in single-cell RNA-sequencing data コードはPython で書かれている。computational flowcytometry のDana Peer ラボ。RNA-seq のデータ行列が取るであろう高次元空間…

糖質制限ダイエットを始めたらたった1日で体重が2kg減った

親戚が集まったときの会で、ふいにそんなことを言われた。その人としては減量をがんばったということを言いたかったのだろうが、自分自身、糖質制限ダイエットに対してエビデンスを持っていないことと、1日で2kg 減るっていうのは、偶然「2日間連続で体重を…

N=300 の試験みっつとN=900 の試験ひとつのどっちがよいか

こんな話を見かけた。 生物・医療統計の立場的に言えば、N=300 * 3 の試験のほうがよいとおもう。 I’ve been thinking about this thought experiment:Imagine you’re given two papers. Both papers explore the same topic and use the same methodology. …

推計人口 2053年に1億人下回る

という記事があった。 国立社会保障・人口問題研究所の日本の将来推計人口(平成29年推計)というものがあったので、表1-1 総人口,年齢3区分(0〜14歳,15〜64歳,65歳以上)別人口及び年齢構造係数:[出生中位(死亡中位)推計]というネ申エクセルデータを図示…

研究計画っぽい棒グラフ表示

とある研究計画の申請の時期だが、研究をどんな感じで進めていきます、というプレゼンというか図示で時間軸に棒が伸びてる感じの図がある。 学振申請書の書き方とコツ DC/PD獲得を目指す若者へ (KS科学一般書)作者: 大上雅史出版社/メーカー: 講談社発売日: …

ボクセルデータから形を構成する

蛍光イメージング動画があって、そこから細胞の3次元の形を再構成したい。 手順としては、 蛍光イメージの取得:他力本願 2Dでのセグメンテーション:他力本願、大津法 セグメンテーションされた領域の抽出:openCV セグメンテーションされた領域内で欠けて…

医学研究における査読者の統計レベル

読んだ。 BMJ. 2002 May 25;324(7348):1271-3. これを読んでいたら論文があったので読んでみた。 いきなり要点を書いておくと Peer reviewers often make unfounded statistical criticisms, particularly in difficult areas such as sample size and multi…

EM アルゴリズムとベイズ

EM アルゴリズムとベイズという話が出てきたので、やってみる。 題材はこちら 状況としては、ABOの血液型で、どんな血液型を持っているかは観測できるが、その血液型population を生み出したアレル頻度は一体どのようなものだろうか、これを推定したい、とい…

「原因と結果」の経済学 データから真実を見抜く思考法

読んだ。「原因と結果」の経済学―――データから真実を見抜く思考法作者: 中室牧子,津川友介出版社/メーカー: ダイヤモンド社発売日: 2017/02/17メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログ (15件) を見るCOI:自分で買った。筆者らとは知り合いで…

岩波データサイエンス Vol.5

読んだ。岩波データサイエンス Vol.5作者: 岩波データサイエンス刊行委員会出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2017/02/16メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログ (3件) を見るCOI:自分で買ったが著者に知り合いがいる。 岩波データサイエン…

薬の副作用の有無をAIが100% 的中

読んだ。 Machine learning-based prediction of adverse drug effects: an example of seizure-inducing compounds プレスリリース COI:なし 薬学も電気生理学も情報科学も何ひとつ専門ではないけど、100%予測に釣られたので書く。 seizure (けいれん)を引…

性なる夜に

こんなツイートがあった。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.c…

p値はawful

ここで紹介されているこの例をやってみた。 状況としてはこんな図と実験がある。 ある腫瘍細胞に薬#1 と#2 を単独もしくは両者ともにふりかける実験をする。#1 のみもしくは#2 のみふりかけた実験では対照と有意差はなく、#1#2 と同時にふりかけた場合は有意…

ベイジアンネットワーク

読んだ。 Bioinformatics. 2016 Dec 21. pii: btw807. ベイジアンネットワークをやるbnstruct というパッケージを作りましたという話。 ベイジアンネットワークをやるならbnlearn が有名だが、bnstruct は欠損値があってもできるとのこと。 Bayesian Network…

今年読んだ一番好きな論文2016

この記事は今年読んだ一番好きな論文2016 の25日目の記事です。 今年読んだ論文ではこれがよかったです。 Computational flow cytometry: helping to make sense of high-dimensional immunology data. Nature Reviews Immunology 16, 449–462 (2016) レビュ…

今日は来る人が少なくて静かな日だね(ニコッ というフラグ発言

読んだ。 PLoS One. 2016 Dec 9;11(12):e0167480. doi: 10.1371/journal.pone.0167480. J(^o^)PAN I/II という顔文字の入った臨床研究なんて初めて見た!! とかそういう話はどうでもいいです。 救急外来では、午前中に受診者がいないと、ふいに誰かが「今日は…

フィッシャーの正確確率検定とカイ自乗検定と尤度比検定

遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売日: 2010/09/04メディア: 単行本(ソフトカバー)購入: 7人 クリック: 155回この商品を含むブログ (38件) を見る3つの検定法の比較というところで、2*2 の…

antimicrobial cycling

読んだ。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 7;101(36):13285-90. antimicrobial cycling という概念がある。細菌感染症に対して抗生物質を使うのだが、うまく治療していても耐性菌は生じることもあるし、適当に使ってしまえばさらに耐性菌のリスクがあが…

Biclustering

読んだ。 Bioinformatics. 2016 Oct 6. Nucleic Acids Res. 2009 Aug;37(15):e101. Biclustering をするQUBIC という手法をR で実装しました。クッソ速いです、とのこと。 そもそもbiclustering とはなにかというと、ヒートマップクラスタリングをするときに…

iCluster: オミックスデータの統合

読んだ。 Bioinformatics(2009)25(22):2906-2912. コピーナンバー(CNV)、発現データ(mRNA)、メチル化などのオミックスデータで、症例数 に対してパラメータ数 のデータ行列が複数ある。 各々の実験を勝手にやるのは、それはそれでいいが、CNV、発現、メチル…

inheritance vector

読んだ。Am J Hum Genet. 1996 Jun; 58(6): 1323–1337. inheritance vector というものがよくわからなかったのでLander-Green algorithm とともにいくつか検索。inheritance vector と何も考えずに検索するとプログラミングのinheritance が引っかかる。 Par…

minimal Hypergeometric (mHG)

読んだ。 Cell. 2016 Sep 8;166(6):1500-1511.e9 TIL (Tumor infiltrating lymphocyte) の発現解析をして、Activate/Dysfunction の順位付けをしている。 その中でminimal hypergeometric というものがあった。 Gene Ontology 解析ではannotation が有意に出…

ガウス混合分布と曲率等高線を用いたセグメンテーション

読んだ。 Accurate Automatic Detection of Densely Distributed Cell Nuclei in 3D Space. PLoS Comput Biol. 2016 Jun 6;12(6):e1004970. プレスリリース 線虫の細胞の3D(4Dもいけるけど)画像のなかで、細胞がくっついているように見えるのもがうまくセグ…

受動喫煙による日本人の肺がんリスク約1.3倍

読んだ。 Jpn J Clin Oncol. 2016 Aug 10. 受動喫煙によって肺がんになるリスクが1.3倍ということがメタアナリシスによって示され、「ほぼ確実」から「確実」とグレードアップされましたよ、という元論文。 COI:筆者ら、国立がん研究センターとは一切関係な…

R とエクセルで解析結果が違うんですがどうしたらいいですか?

という質問を同級生から受けた。 氏いわく、リスクの有無と疾患の有無で分割表をフィッシャー検定したら、R ではp=1 でエクセルではp=0.7 だった。たぶんp=0.7 っぽいからエクセルの解析を信じたいのだけど、なぜR でp=1 になったのか、とのこと。 そしてそ…

岩波データサイエンス Vol.4 地理空間情報処理

読んだ。岩波データサイエンス Vol.4作者: 岩波データサイエンス刊行委員会出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2016/10/15メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログ (3件) を見るCOI:編集者の一部は知り合いだけど自費で買った。 疫学研究者な…

Nonlinear Regression with R

読んだ。Nonlinear Regression with R (Use R!)作者: Christian Ritz,Jens Carl Streibig出版社/メーカー: Springer発売日: 2009/02/03メディア: ペーパーバックこの商品を含むブログを見るモデル自体は指数関数モデルや濃度曲線など簡単なものが多く、ペー…

重回帰のときに必要なデータの数はパラメータの数の10倍です

読んだ。 J Clin Epidemiol. 1995 Dec;48(12):1503-10. パラメータ数が のデータを標本数 個観測して重回帰なりなんらかの回帰分析を行うのだが、「標本数はいくつあったらいいんですか?」と聞かれることが多々ある。そういうとき、パラメータの10倍(10)あっ…