感染症学

新型肺炎COVID-19の重症化率を推定する

読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19 の潜伏期間をrstanで推定する

読んだ。 Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. - PubMed - NCBI最初に武漢で肺炎が発生したときに、88症例について感染履歴を聴取して、ワイブル分布で潜伏期間を…

新型肺炎COVID-19の感染力R0を推定する

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…

令和2年2月21日版の国内コロナ陽性者をgooglevisでやる

www.mhlw.go.jp これの2月20日12:00現在、確認されている国内の発生状況の国内事例(チャーター便帰国者を除く)をgooglevisを使って都道府県名別にプロットしてみようと思った。 googlevisクッソ使いにくい。 厚生労働省もがんばっているのだろうが、(令和…

antimicrobial cycling

読んだ。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 7;101(36):13285-90. antimicrobial cycling という概念がある。細菌感染症に対して抗生物質を使うのだが、うまく治療していても耐性菌は生じることもあるし、適当に使ってしまえばさらに耐性菌のリスクがあが…

Deep learning を使ったグラム染色画像の細菌同定システム

Deep learning を使って、グラム染色で見えている細菌がなんの菌なのかを判定しようという試み。 実際は半年以上前に手をつけていたけど、プレリなところで終わっていて、データ取りをするのにめんどくさかったのでもうやめたので誰かやってみたらいいんじゃ…

世界一わかりやすいワクチン講義(誇大広告)

炎上案件を見かけた。本当は祭りになっているときに早めに投下して鮮度を大事にしたかったけど、個人的用事で忙しいこととシミュレーションプログラムを作るのに時間がかかったこともあり、この記事の鮮度はもう0よッ… おそらく一般人が全然知らないワクチン…

感染症の発生数をrstanで推定する

バシラスという菌が季節性(夏)に増えるという話を聞いた(Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2014 Aug;33(8):1371-9.) 論文の図からデータが取れるので、月別のバシラス発生数をrstanで推定する。 バシラスという菌はグラム陽性の桿菌で、臨床検体である血液…

グラム染色画像の処理

グラム染色をしている。 グラム染色をしたあとで顕微鏡で観察し、写真をとる。 適当に画像を分割して菌体が観察できている視野を水増ししてdeep learning の学習データ用になんとかする。 こんな感じの画像が撮れる。 これは大腸菌を分離してグラム染色した…

病原体の感染力と死亡率

他の病原体と比較したエボラという図を見た。 x軸には一人の感染者が何人の新たな感染者を生むか、y軸には感染した場合の死亡率がプロットされている。 死亡率0〜10%の病原体は多く、この領域だけ対数軸になっているのだが、ここは変換してゴリ押しした。 感…

薬剤感受性

薬剤感受性試験の結果を入手した。 本当は複数年あったので経時変化とかなんかそういうやつを解析したかったが、データの入力がそもそも1年分ですらぐちゃぐちゃなのに各年度でぐちゃぐちゃで整理するのも面倒だったので1年分だけやった。 ある菌にたいして…

グラフを描く

勉強会のときに、カルバペネムがどの菌に効くかをグラフを描いて説明していたのでやってみる。 Rではigraphパッケージでできる。 簡単に作ろうと思ったら、ノード間のつながりを表す行列をまず作る。 こんな感じ。抗菌薬の考え方、使い方Ver.3作者: 岩田健太…

カルテの書き方とカルバペネム(担当MO)

カルテの書き方としては、プロブレムリストを挙げ、そのプロブレムをきたす原因の鑑別(疑いs/oと除外r/o)、治療計画Tx、検査Dxを列挙する。 各プロブレムは個別に考えるが、後々一元的に説明できるようになったら、深化、診断、統合、移行、訂正、取消、治…

ウイルス学(担当YF)

1 A 25-year-old carpenter notices the appearance of several hyperkeratotic papules (warts) on the palm side of his index finger. They do not change in size and cause him only minimal discomfort. After a year, they spontaneously disappear. …

発赤(担当AY)

主訴:発赤 13歳少年 丘疹と水疱どちらが出るかで鑑別してみる。 丘疹(ぶつぶつない) アレルギー 風疹 麻疹(色素沈着、二峰性発熱、koplik斑) 突発性発疹(解熱後の発疹) ツツガムシ 水疱(ぶつぶつある) 水痘・帯状疱疹 HHV関連は多い アレルギー 薬 …

感染症(担当YF)

グラム染色と形状による分類の確認。 代表的なものを挙げる。 グラム陽性 球菌 ブドウ球菌:黄色ブドウ球菌、表皮ブドウ球菌 レンサ球菌:肺炎球菌、溶血連鎖球菌 桿菌 バシラス属:炭疽菌 クロストリジウム属:破傷風菌、ボツリヌス菌、ウェルシュ菌、C.dif…

女性の腹痛(担当YF)

19F 主訴 腹痛を訴え救急車で搬送された 腹痛はここ(20110706)でいうように、腹部領域別に挙げるのが主流らしいが、上半期の講義内容をふまえ、臓器別に鑑別診断を挙げてみることにしよう。 消化器疾患 ヘルニア イレウス 腹膜炎 虫垂炎 腸重積 急性膵炎 腸…

血液検査でのスクリーニング

社会医学を学んでいる。 並行して血液病学を学んでいる。 テーマとしては医療統計と疫学の講義だった。そのなかで、献血されたものからHIVやHCV検査をするのに、ある一定数の検体を混ぜてプールを作り、その混合血を検査するらしいが、ある厚生労働省研究班…

ある地理上での感染伝播的なものをやろうとか思ってみた。

感染症学を学んでいる。 本日の講義は、感染症の国際情勢と国内対応についての、お話し的な講義だった。 日本国内で、ある感染症が発生したときの患者数を地図上にプロットしたいな、とか思ったので。 Rで地図の項があるけど、Rmapというものはもう使ってい…