数学いらずの医科統計学

東京大学での式辞の統計問題を考える

こんな話を見かけた。ちなみに式辞は読んでない。 qiita.comデータ取得まではやってくれていて、解析もしていた。解析者では、東京大学、鳥取大学、島根大学の医学部での男女合格率には差がない、ということだった。 せっかく81大学の男女受験者数と合格者数…

VARで本当にPKが多くなっているのか

ロシアW杯でVAR が導入されたことにより、PK の数が多いような印象である。実際、予選リーグの時点で過去最高だとか、いろいろ言われている。毎日新聞によると https://mainichi.jp/articles/20180703/ddm/035/050/161000c VARは、得点▽PK▽レッドカード…

決勝トーナメントに向けて初戦が大事というが初戦はどれくらい大事なのか

2018FIFAワールドカップが始まった。日本の決勝トーナメント進出は初戦に勝利できるかにかかっている! とかなんとかよく聞くが、実際に初戦に勝利するのはどれだけ大事かは定量的に言われていない気がする。 2002年と2010年に決勝トーナメントに進出したので…

DNA型が一致しないときに突然変異ということで一致判定できるか

こんな記事を見かけた。 http://www.yomiuri.co.jp/national/20180511-OYT1T50044.html 判例 平成29(あ)882 困惑している人が多い。 意外と知られていない知識「突然変異によるDNA型の変化はまれにある」裁判での逆転有罪の科学的根拠に驚きの声 - Togetter …

アンケート調査でN数はいくら必要なのか

こんな話を見かけた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/w…

時系列分析と状態空間モデルの基礎: RとStanで学ぶ理論と実装

読んだ。時系列分析と状態空間モデルの基礎: RとStanで学ぶ理論と実装作者: 馬場真哉出版社/メーカー: プレアデス出版発売日: 2018/02/14メディア: 単行本この商品を含むブログ (3件) を見るCOI:自費で買った。 時系列分析とRstan を使った状態空間モデルの…

(臨床系の)統計解析でやらかしがちな10個のミス

読んだ。 Common scientific and statistical errors in obesity research. Obesity (Silver Spring). 2016 Apr;24(4):781-90. PNAS の特集で統計とか解析の再現性というなかで Issues with data and analyses: Errors, underlying themes, and potential so…

帰無仮説検定で有意になった項目についてROC 解析をしてください

と査読で言われた。 状況設定としてはこんな感じである。いま、とある検査項目 (連続量)について、予後を予測するマーカーになるか検討したい。ここで、デザインとしてはとりあえず研究を立ち上げてみました、というような後ろ向き観察研究で、予後転帰が…

Rule of Three: 僕のまわりではそんなことはない!

面白い話を教えてもらったので読んだ。 稀な事象の生起確率に関する統計的推測 Rule of Three とその周辺 ポアソン分布とRule of Three(統計学ワード) 上記の証拠(?)をもって「○○は存在しない!」と主張する人がときたまいるが、その人のまわりをN人探して…

oscillation (振動)を検定する

この記事は 今年読んだ一番好きな論文2017 Advent Calendar 2017 の2日目が空いているということにこの記事を書いてから気づいて、1000円相当の参加賞があることに目がくらんで加筆修正した記事です。2017年で一番好きかというとそうでm(ここで文章が途絶え…

予後因子 prognostic と予測因子 predictive は何が違うのか

興味深い話を教えてもらったので読んだ。 Understanding Prognostic versus Predictive Biomarkers よく予後因子や予測因子となるバイオマーカーを探そう、という研究があるが、そもそも予後因子/予測因子とはなんぞや、という話。 現実世界においては、ある…

数少ない事象の比較

こんなニュースを見かけた。 https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20171122-00000523-san-hlth 亡くなられた方のご冥福をお祈りします。 統計的に差がなかったから無痛分娩は安全だとか、無痛分娩はしても大丈夫だとか、そういうことをいうつもりはまったく…

独習 統計学24講

読んだ。独習 統計学24講: 医療データの見方・使い方作者: 鶴田陽和出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2013/05/29メディア: 単行本この商品を含むブログ (3件) を見るすべての医療系学生・研究者に贈る 独習統計学応用編24講 ─分割表・回帰分析・ロジスティ…

血液1滴で複数の癌が95% 早期発見できる

血液1滴を検査するだけで、各癌腫特有のmicroRNA を検出して癌であるかどうかを95% 以上の精度で判定するらしい。 https://medical-tribune.co.jp/news/2017/0724509666/ ネットでは称賛の嵐のようである。 よくよく記事を読むと、どういう理屈で癌を判定し…

N=300 の試験みっつとN=900 の試験ひとつのどっちがよいか

こんな話を見かけた。 生物・医療統計の立場的に言えば、N=300 * 3 の試験のほうがよいとおもう。 I’ve been thinking about this thought experiment:Imagine you’re given two papers. Both papers explore the same topic and use the same methodology. …

フィッシャーの正確確率検定とカイ自乗検定と尤度比検定

遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売日: 2010/09/04メディア: 単行本(ソフトカバー)購入: 7人 クリック: 155回この商品を含むブログ (38件) を見る3つの検定法の比較というところで、2*2 の…

受動喫煙による日本人の肺がんリスク約1.3倍

読んだ。 Jpn J Clin Oncol. 2016 Aug 10. 受動喫煙によって肺がんになるリスクが1.3倍ということがメタアナリシスによって示され、「ほぼ確実」から「確実」とグレードアップされましたよ、という元論文。 COI:筆者ら、国立がん研究センターとは一切関係な…

R とエクセルで解析結果が違うんですがどうしたらいいですか?

という質問を同級生から受けた。 氏いわく、リスクの有無と疾患の有無で分割表をフィッシャー検定したら、R ではp=1 でエクセルではp=0.7 だった。たぶんp=0.7 っぽいからエクセルの解析を信じたいのだけど、なぜR でp=1 になったのか、とのこと。 そしてそ…

重回帰のときに必要なデータの数はパラメータの数の10倍です

読んだ。 J Clin Epidemiol. 1995 Dec;48(12):1503-10. パラメータ数が のデータを標本数 個観測して重回帰なりなんらかの回帰分析を行うのだが、「標本数はいくつあったらいいんですか?」と聞かれることが多々ある。そういうとき、パラメータの10倍(10)あっ…

Type S error: ベイズ的多重検定

Bayesian inference completely solves the multiple comparisons problem « Statistical Modeling, Causal Inference, and Social Science にType S error (Computational Statistics (2000) 15: 373.) という論文がある。 古典的な仮説検定では を帰無仮説…

時系列データにt 検定を行う

読んだ Nature (2016) doi:10.1038/nature18294 PD1/PDL1 系の薬剤は高いので、それが良く効く患者集団を選びたいというのが最近のトレンドォ!!! 3' 側のUTR がないことで、PD-L1 の発現があがり、それによって免疫機構から逃れるPD1/PD-L1 axis がクッソすご…

医療費と心肺停止からの生存率の関係

医療費が低い都道府県では、心肺停止(CPA)してから生き残る確率が低いらしい。 BMJ Open 2015;5:e008374 著者の解説 という話を知り合いから仕入れたら、その知り合いは筆者と知り合いっぽいが、医療費と、心肺停止後から1ヶ月後に生存しているかの関係で下…

GERDに対してPPIを処方するけれども

ネキシウムというPPIがGERDの症状を改善するという話を聞いた。(Jpn. J. Med. Pharm. Sci. 68(3), 437-449, 2012.) こんな感じの図が出た。 GERDの人は1週間のうち4日は症状に悩まされているけれども、PPIを飲むと1日以下になるとか。 サンプルサイズが104人…

生存解析のサンプルサイズ

こんな感じの生存曲線を見た。 元論文では対照のマウスにある処置をすると生存期間が伸びる、ということで、それぞれ20匹のマウスを使っていた。 library(survival) # 図から再現したらこんな感じ n1 <- n2 <- 20 clp1 <- rep(c(24, 30, 42, 48), c(7,9,1,3)…

Cuzick test

読んだ。 N Engl J Med. 2014 Jun 18. N Engl J Med. 2014 Jun 18. どちらの論文も、APOC3というアポリポ蛋白の話で、これの機能欠失型変異ではTGが低めでHDLが高め、結果として血管病変や心疾患が減る… その中の解析でCuzike testというものを知った(Stat M…

対応のある分割表 McNemar検定

急性期の脊髄損傷患者にメチルプレドニゾロンを高用量投与するのが有用かどうか、DPCのデータベースからデータを取ってきてPSマッチングにより解析した論文を読んだ。 Emerg Med J. 2014 Mar;31(3):201-6. 結論としては、高用量メチルプレドニゾロン(> 5000m…

種田梨沙が出演すると百合アニメか? Propensity score match による検討

種田梨沙にはまっている。最近ではご注文はうさぎですかのリゼのバイトする姿やお着替えシーンでブヒったり、極黒のブリュンヒルデの寧子のおっぱいのほくろがどうなってんのか小一時間観察したりと楽しい日々である。 そんな種田梨沙だが、ゆゆ式の縁あたり…

Propensity score analysis の sensitivity analysis

Propensity scoreをやってみたわけだが、観察研究を事後解析的になんやかんやするので、観察して得られたパラメータしか持っていない。 その限られたパラメータから、治療が行われる確率としてPSが計算されるので、もし、このモデルに組み込まれておらず、か…

Propensity score matching をやってみたわけだがうまくいかなかった

Propensity scoreを勉強したのでやってみる。 JAMA. 1996 Sep 18;276(11):889-97.のRight heart catheterization datasetを使う。 Propensity scoreに必要なRパッケージについてと、スクリプトはそれぞれリンクから適当にパクる。 結論からいうと論文入手で…

Propensity score

Propensity Scoreというものを知った。近年Propensity scoreを使った報告がめっちゃ増えている。 医学研究において最強の比較試験と言われているのが、RCT(Randomize Control Trial)と呼ばれる研究である。 これは、研究計画のプロトコールを満足する患者が…