数理モデル

新型肺炎COVID-19の重症化率を推定する

読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19の感染力R0を推定する

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…

アレルとgenotype の頻度を信頼区間付で求めたい

という質問を受けたので1万年と2000年ぶりくらいに遺伝統計やった。 雰囲気としては、こんな感じの値を求めたい。Indian J Endocrinol Metab. 2014 Nov-Dec; 18(6): 850–854. のTable 1 より引用www.ncbi.nlm.nih.gov ここで、データとしては被験者たちのgen…

フェンタニルの持続静注と部位効果濃度

フェンタニルの持続静注をすることで術後鎮痛を行うことがあるが、フェンタニルを低用量で開始するだけでは目標とする鎮痛濃度に達するにはものすごい時間がかかる。 例えば、身長160cm、体重50kg、年齢40歳の男性に20ug/hr でフェンタニルの持続静注をする…

ようやくShinyを使ってインタラクティブにパラメータをいじって遊べるシミュレーターをweb上にあげることができた

Shinyというhtml 上でいろいろパラメータをいじったものを即座に計算して描出するインタラクティブでなんかすごいアプリがあったのだが、rmarkdown と同様に手をつけることなく放置していた。 せっかちな人はこちら → https://yfujii08.shinyapps.io/pkpdsim…

(サッカー解説)2点差は危険なスコアですね ← ???

高校サッカーを見ていた。2017年度は前橋育英が初優勝で幕を閉じた。 どの試合だったか忘れてしまったが、2点差がついたときに解説が「2点差は危険」ということを言っていた。 調べてみると、やはりよく言われていることのようだが、実際にデータをとってみ…

杏仁豆腐「あんかけどうふ」の待機列が牛歩だったので待ち行列モデルで考えてみる

C92 1日目の「あんかけどうふ」というサークルは、デレマスのみくにゃんなどで有名な杏仁豆腐氏の作品が出るサークルということで、叶姉妹のサークル、けものフレンズのたつき監督と並んで3大徹夜サクチケ転売屋の巣窟、という下馬評があったりなかったり。 …

single cell RNA-seq のdropout

読んだ。 MAGIC: A diffusion-based imputation method reveals gene-gene interactions in single-cell RNA-sequencing data コードはPython で書かれている。computational flowcytometry のDana Peer ラボ。RNA-seq のデータ行列が取るであろう高次元空間…

糖質制限ダイエットを始めたらたった1日で体重が2kg減った

親戚が集まったときの会で、ふいにそんなことを言われた。その人としては減量をがんばったということを言いたかったのだろうが、自分自身、糖質制限ダイエットに対してエビデンスを持っていないことと、1日で2kg 減るっていうのは、偶然「2日間連続で体重を…

性なる夜に

こんなツイートがあった。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.c…

今日は来る人が少なくて静かな日だね(ニコッ というフラグ発言

読んだ。 PLoS One. 2016 Dec 9;11(12):e0167480. doi: 10.1371/journal.pone.0167480. J(^o^)PAN I/II という顔文字の入った臨床研究なんて初めて見た!! とかそういう話はどうでもいいです。 救急外来では、午前中に受診者がいないと、ふいに誰かが「今日は…

antimicrobial cycling

読んだ。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 7;101(36):13285-90. antimicrobial cycling という概念がある。細菌感染症に対して抗生物質を使うのだが、うまく治療していても耐性菌は生じることもあるし、適当に使ってしまえばさらに耐性菌のリスクがあが…

multi-armed bandit problem

multi-armed bandit problem というものがある。 元々はギャンブラーがどのスロットマシーンをやれば、利益を最大化できるかという話から始まったらしいが、最近は教科学習として流行って、webコンテンツのクリック率だとかそういう分野で使われている。 こ…

HWE とLD

アレルA とアレルa がある。 アレルA の存在確率がのとき、アレルa の存在確率はである。 1世代交配して得られる遺伝子型はである。 これは、アレルA とアレルA を持つ者同士は強制的に子孫残してね、というような神の見えざる手が働かない、つまり、完全に…

成長速度の変化点

読んだ Behav Ecol Sociobiol. 2007 Dec;62(2):245-253 dimorphic allometry という二形性の成長を見ていて、その変化点らしきところを推定する。 論文ではT. dichotomus septentrionalis と呼ばれる、いわゆるカブトムシの体の大きさ(body) と角(horn) につ…

Kalman filter を用いてparticle tracking

読んだ。BMC Cell Biology201011:24 細胞の移動追跡を自動化してやってくれるソフトウェアTime Lapse Analyserの話。 マニュアルでやると細胞全体はもちろんチェックできないし、代表的な20細胞を選んでtracking してもらったら軒並みAMD (average mean dist…

Interrupted time-series analysis

Interrupted time-series analysisという解析法をやろうと思ったのでやってみたメモ。 J Clin Pharm Ther. 2002 Aug;27(4):299-309.(PDF)を読めばいい。 データとしては、次の図のような日時と処方数のデータについて、とあるイベントが起きたときのそのイベ…

世界一わかりやすいワクチン講義(誇大広告)

炎上案件を見かけた。本当は祭りになっているときに早めに投下して鮮度を大事にしたかったけど、個人的用事で忙しいこととシミュレーションプログラムを作るのに時間がかかったこともあり、この記事の鮮度はもう0よッ… おそらく一般人が全然知らないワクチン…

駄目絶対音感

声優統計第四号において、駄目絶対音感の例として、レベルネオのCMの声優を日笠陽子と誤答する例が紹介されている。実際には早見沙織である。 声優の声の解析は声優統計および自分自身においても長らく滞っている分野であり、声優統計第五号がいろんなまとめ…

挑戦回数による合格率の変化

とある試験は受験回数の制限はないが、受験回数が増えるごとに合格率が低下していくことが指摘されている。 というわけでデータを入手してプロットしてみた。 # データ # 受験回数, 受験者数, 合格者数のデータフレーム trial,candidate,passed 1,7742,7205 …

人口ピラミッド

人口ピラミッドの形を問う問題があったのでシミュレーションしてみる。 死亡率と出生率は適当なS字曲線に従い、死亡率の低下が先にきてから、出生率の低下が起こる。 出生率は全人口に対して何人生まれたかの‰ 死亡率は全人口に対して何人死んだかの‰だが、…

時系列解析

セミナーで時系列を学んだのだが、初音ミクの投稿数に適応してみる。 Kalman filterで過去から現在までたどって、平滑化で現在から過去へ遡ることでパラメータを最適化していく。 これを使うと欠損値補完もできる。 そして前回はやらなかった、今後の投稿数…

ネットワークの動的進化

ネットワークが変化するという話を聞いていたのだが、質問で 「それでは日本の鉄道路線でシミュレーションしたら人口的に東京が首都ではなくなってしまったりしますかね?」 と聞いたら面白そうだけどわからないと言われたのでやってみる。 全鉄道路線はめん…

試験に合格するためにぎりぎりを目指すのもいいけどどれくらいがんばればいいかわからない人に

昔試験に合格するにはどれくらいがんばればいいかというのをやったわけだが、今回もそのネタ。 とある試験は500問で構成されているが、複数の合格基準がある。 細かいことは面倒なので省略するが、モデルの構築上必要なのが、 1:とあるセクションは100問で…

47の心得シリーズをトピックモデルで分類する。

「本当に」医者に殺されない47の心得というシリーズ物があって、これをトピックモデルで解析する。 ざっと読んだ感じ、臨床検査と薬剤の使い方について言及しているものが多いので、こんな感じでトピックが抽出できたらいいと思う。 本当は30くらい溜まった…

Eulerian pathの解

De Bruijn graphはEulerian pathであり、NP問題であるHamilton pathとは違って解ける!!らしいのだが、それができそうな PairViz パッケージがうまく動かず、しかも igraph オブジェクトではなく graphNEL というよくわからんオブジェクトにどうにかこうにか…

スクフェスの新曲属性予測が見事当たっていなかった件

スクフェスの楽曲属性予測を前にやっていて、7月1日のアップデートで追加されたススメ→トゥモロウとNo brand girlsが見事にそれぞれスマイル(S)とクール(C)だったからドヤァとか思っていたら、7月19日のアップデートで追加されたLove marginalの属性が実はスマ…

祇園祭の山鉾の最適巡回経路

男「今日の浴衣…きれいだよ」 女「キャッ抱いてッ」 とかいうやり取りにイラッ☆と来ているわけでは決してありません。ありません。 大事な事なので二回言いました。 祇園祭は日本の祭りのなかでもトップクラスの有名っぷりで、今もオレがプログラミングしている…

A4で分かるこのブログの半年