数理モデル

新型肺炎COVID-19の日本の実効再生産数を推定したrstanのコードを解説してみる

西浦先生が日本の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいの…

新型肺炎COVID-19の集中治療を要する患者の推移をSIRモデルを使ってrstanで推定する

こんなことをした。 mikuhatsune.hatenadiary.com 集中治療学会が、人工呼吸器を要している患者、ECMOをしている患者、ECMOで死亡した患者、ECMOから回復した患者、など日ベースで公開してる。 これに、毎日の感染者や死亡者のデータをくっつけて、SIRを使っ…

新型肺炎COVID-19が流行してから全身麻酔件数がどれほど減ったかをrstanで推定する

こんなツイーヨを観測した。コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかアンケート7回目全国の麻酔科の先生におたずねします。今(4/24)現在、オペ室は、— DAJ (@dajhiroki) 2020年4月24日 コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかア…

新型肺炎COVID-19の無症状感染者の割合を慶応大学病院のPCR検査の結果からrstanで推定する

慶応大学病院で、入院中で(新型肺炎COVID-19について)無症状の患者67人をPCR検査すると、6%(=4人)の患者で陽性だった、という話。 某感染症の先生は、めちゃめちゃ単純な推定を使って、一番楽観的な推定で47万人、一番悲観的な推定で430万人、東京に無症…

新型肺炎COVID-19のSEIRS two stain model がrstanで出来たので満足した

諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com しかし、なんか出来そうになった。 mikuhatsune.hatenadiary.com(型の)コロナウイルスの流行具合から、相互に免疫があるものとして、新型肺炎の今後数年の流行がどうなっていくかをSEIRSモデルで、かつ2種類のウ…

新型肺炎COVID-19の感染推移を時間依存パラメータを含むSEIRSモデルで推定しようと思って断念していたが出来るかもしれない

諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com というのも、SEIRSモデルでS→Eになるパラメータ が、時間依存的なパラメータとして で定義されるが、これはrstanではできなさそうである。というのが、integrate_ode関数が時間依存のパラメータをどう頑張っても取…

新型肺炎COVID-19が今後2022年まで流行が続くというのをrstanで再現しようとしたが断念した

読んだ。 Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period. - PubMed - NCBI COVID-19がこのままだと2022年も続いているのではないか、といろいろ話題になった論文。 githubがおいてあるが、ここにあるデータは GitHub…

新型肺炎COVID-19の感染者数の推移をSEIRモデルを使ってrstanでシミュレーションする

読んだ。 A Simulation on Potential Secondary Spread of Novel Coronavirus in an Exported Country Using a Stochastic Epidemic SEIR Model. - PubMed - NCBI COI:筆者はこの著者とは直接の関係はないので、純粋に統計解析のツッコミです。こんなツイー…

新型肺炎COVID-19の重症化率を推定する

読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19の感染力R0を推定する

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…

アレルとgenotype の頻度を信頼区間付で求めたい

という質問を受けたので1万年と2000年ぶりくらいに遺伝統計やった。 雰囲気としては、こんな感じの値を求めたい。Indian J Endocrinol Metab. 2014 Nov-Dec; 18(6): 850–854. のTable 1 より引用www.ncbi.nlm.nih.gov ここで、データとしては被験者たちのgen…

フェンタニルの持続静注と部位効果濃度

フェンタニルの持続静注をすることで術後鎮痛を行うことがあるが、フェンタニルを低用量で開始するだけでは目標とする鎮痛濃度に達するにはものすごい時間がかかる。 例えば、身長160cm、体重50kg、年齢40歳の男性に20ug/hr でフェンタニルの持続静注をする…

ようやくShinyを使ってインタラクティブにパラメータをいじって遊べるシミュレーターをweb上にあげることができた

Shinyというhtml 上でいろいろパラメータをいじったものを即座に計算して描出するインタラクティブでなんかすごいアプリがあったのだが、rmarkdown と同様に手をつけることなく放置していた。 せっかちな人はこちら → https://yfujii08.shinyapps.io/pkpdsim…

(サッカー解説)2点差は危険なスコアですね ← ???

高校サッカーを見ていた。2017年度は前橋育英が初優勝で幕を閉じた。 どの試合だったか忘れてしまったが、2点差がついたときに解説が「2点差は危険」ということを言っていた。 調べてみると、やはりよく言われていることのようだが、実際にデータをとってみ…

杏仁豆腐「あんかけどうふ」の待機列が牛歩だったので待ち行列モデルで考えてみる

C92 1日目の「あんかけどうふ」というサークルは、デレマスのみくにゃんなどで有名な杏仁豆腐氏の作品が出るサークルということで、叶姉妹のサークル、けものフレンズのたつき監督と並んで3大徹夜サクチケ転売屋の巣窟、という下馬評があったりなかったり。 …

single cell RNA-seq のdropout

読んだ。 MAGIC: A diffusion-based imputation method reveals gene-gene interactions in single-cell RNA-sequencing data コードはPython で書かれている。computational flowcytometry のDana Peer ラボ。RNA-seq のデータ行列が取るであろう高次元空間…

糖質制限ダイエットを始めたらたった1日で体重が2kg減った

親戚が集まったときの会で、ふいにそんなことを言われた。その人としては減量をがんばったということを言いたかったのだろうが、自分自身、糖質制限ダイエットに対してエビデンスを持っていないことと、1日で2kg 減るっていうのは、偶然「2日間連続で体重を…

性なる夜に

こんなツイートがあった。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.c…

今日は来る人が少なくて静かな日だね(ニコッ というフラグ発言

読んだ。 PLoS One. 2016 Dec 9;11(12):e0167480. doi: 10.1371/journal.pone.0167480. J(^o^)PAN I/II という顔文字の入った臨床研究なんて初めて見た!! とかそういう話はどうでもいいです。 救急外来では、午前中に受診者がいないと、ふいに誰かが「今日は…

antimicrobial cycling

読んだ。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 7;101(36):13285-90. antimicrobial cycling という概念がある。細菌感染症に対して抗生物質を使うのだが、うまく治療していても耐性菌は生じることもあるし、適当に使ってしまえばさらに耐性菌のリスクがあが…

multi-armed bandit problem

multi-armed bandit problem というものがある。 元々はギャンブラーがどのスロットマシーンをやれば、利益を最大化できるかという話から始まったらしいが、最近は教科学習として流行って、webコンテンツのクリック率だとかそういう分野で使われている。 こ…

HWE とLD

アレルA とアレルa がある。 アレルA の存在確率がのとき、アレルa の存在確率はである。 1世代交配して得られる遺伝子型はである。 これは、アレルA とアレルA を持つ者同士は強制的に子孫残してね、というような神の見えざる手が働かない、つまり、完全に…

成長速度の変化点

読んだ Behav Ecol Sociobiol. 2007 Dec;62(2):245-253 dimorphic allometry という二形性の成長を見ていて、その変化点らしきところを推定する。 論文ではT. dichotomus septentrionalis と呼ばれる、いわゆるカブトムシの体の大きさ(body) と角(horn) につ…

Kalman filter を用いてparticle tracking

読んだ。BMC Cell Biology201011:24 細胞の移動追跡を自動化してやってくれるソフトウェアTime Lapse Analyserの話。 マニュアルでやると細胞全体はもちろんチェックできないし、代表的な20細胞を選んでtracking してもらったら軒並みAMD (average mean dist…

Interrupted time-series analysis

Interrupted time-series analysisという解析法をやろうと思ったのでやってみたメモ。 J Clin Pharm Ther. 2002 Aug;27(4):299-309.(PDF)を読めばいい。 データとしては、次の図のような日時と処方数のデータについて、とあるイベントが起きたときのそのイベ…

世界一わかりやすいワクチン講義(誇大広告)

炎上案件を見かけた。本当は祭りになっているときに早めに投下して鮮度を大事にしたかったけど、個人的用事で忙しいこととシミュレーションプログラムを作るのに時間がかかったこともあり、この記事の鮮度はもう0よッ… おそらく一般人が全然知らないワクチン…

駄目絶対音感

声優統計第四号において、駄目絶対音感の例として、レベルネオのCMの声優を日笠陽子と誤答する例が紹介されている。実際には早見沙織である。 声優の声の解析は声優統計および自分自身においても長らく滞っている分野であり、声優統計第五号がいろんなまとめ…

挑戦回数による合格率の変化

とある試験は受験回数の制限はないが、受験回数が増えるごとに合格率が低下していくことが指摘されている。 というわけでデータを入手してプロットしてみた。 # データ # 受験回数, 受験者数, 合格者数のデータフレーム trial,candidate,passed 1,7742,7205 …

人口ピラミッド

人口ピラミッドの形を問う問題があったのでシミュレーションしてみる。 死亡率と出生率は適当なS字曲線に従い、死亡率の低下が先にきてから、出生率の低下が起こる。 出生率は全人口に対して何人生まれたかの‰ 死亡率は全人口に対して何人死んだかの‰だが、…