高度情報化

mendelayからデスクトップ版やword拡張を使わずにwordに引用文献を入れたかった

1万年と2千年ぶりに原稿書いて、という要望に応えてなんか原稿を書いている。 今までなんか書くときにはtexを使っていたので、文献の管理や引用の挿入はbibファイルで一人完結でやっていた。 文献の管理は無料という理由でとりあえずmendelayを使っていた。 …

ワイヤレスイヤホン

買った。NUARL 完全ワイヤレスイヤホン Bluetooth5 高音質HDSS採用 IPX4防水 最大再生時間35時間 片側紛失サポート有 マイク・リモコン付 NT01AX ブラックゴールド出版社/メーカー: MTIメディア: エレクトロニクスこの商品を含むブログを見るカナル型、ラン…

SIMフリーのiphone SE をau 4G LTE sim で使えた

iphone 5 を計6年間くらい使っていたが、そろそろ電池とかレスポンスとかがあやうくなってきたので替えたいと思っていた。 使っているのはパケット通信なしの電話のみで、必要なのは音楽くらいなので最新機種である必要がなく、あのサイズ感がいいのでiphone…

vim 8.1 にしたら \ の後は / か ? か & でなければなりませんって文句言われるし"Vim: Caught deadly signal ABRT" って言われて突然落ちる

vim 8.0 でvimrc をいい感じにしていたのに、ppa (https://launchpad.net/~jonathonf/+archive/ubuntu/vim) を sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/vim でvim-gnome をインストールすると 8.1 がインストールされるようになっている。 そうすると、いま…

遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析

書いた。 遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析 COI:著者謹呈。編集者とはズブズブの関係。 序文を引用すると、 学問の学びの最初の一歩は,背景となる基礎理論の丁寧な理解から始まる。第1章では,遺伝統計学の基礎理論について,日本を代表する専門家の先生方…

vim のESC をjj と っjに割り当てる

vim を使っていて、みんなが思っているのがESC が遠い。 今まではCapsLock にESC を割り当てていたが、ubuntu 16 になってGUI で設定できると言いながらそれで設定しても設定が活きないときがある。 というわけでjj にESC を割り当てる人が多い。 Vimでの日…

RZ4 のSSD を換装する

以前、SX2 のSSDを換装したのだが、RZ4 を最近使っていて、持ち運びに便利だし意外と電池もちが良かったのでSSD を増やそうということになった。 安心と実績のcrucial(安かった)もともと入っていたのはサムスン製。Crucial [Micron製] 内蔵SSD MX300 525GB…

system 関数を使ってR のコンソールからターミナルへコマンドを送って実行する

R を使っていろいろやっているときに、R だけで完結すればいいが、R で実行できない関数や実装されていない仕様みたいなものがあって、計算がはかどらないときがある。 そういうときは別のプログラムを使ってその部分の計算をして、その結果をファイルに書き…

杏仁豆腐「あんかけどうふ」の待機列がまたもや凄まじかった話

C92 に続いてC93 でもデレマス絵師の杏仁豆腐さんが参加していた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id…

2017年のアニソン10選

基本的に見てて楽しかったアニメの影響が強く、個人の好みとして電波系が多い。iPhone のなかで再生数が多くなる。 順番は発売日順。 長々書いているが、今年度は届かない恋霞ヶ丘詩羽ver (CV:茅野愛衣)の時点でこれが優勝です。 TVアニメ「斉木楠雄のψ難」…

matplotlib.pyplot.show でplot したはいいが、GUI がでてきてコンソールがブロックされるのは誰が得する仕様なのか

window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/widgets.js"; fjs.paren…

ubuntu で「システムプログラムの問題が見つかりました」のダイアログの消し方

「システムプログラムの問題が見つかりました」のダイアログの消し方 - Qiita Ubuntu 12.04 LTS 「システムプログラムの問題が見つかりました」 | pc.casey.jp ウィンドウズのイルカ並にうざい。 しかも、報告しても改善されたことはない。 sudo rm /var/cra…

awk を使って行の要素がすべて0 の行を除外する

RNAseqをしているが、行に5つくらいのデータがあって、それらすべてが0 の行を取り除きたいのだが、いい方法はないかと聞かれた。 列和であれば、$2 とかしてすぐに結果が出せるのはぐぐってよく出る。 しかし、行和をどうこうするのはなかなか出てこない。 …

面白そうな統計の話・論文

Crowdsourced research: Many hands make tight work 黒人サッカー選手が警告を受けやすいかを解析すると、様々な結果が出てしまうという話。 Avoidable waste in the production and reporting of research evidence 適切な疑問を設定すること、適切な研究…

科研費(学振) LaTeX を他の申請書に流用する

この記事が役に立つのは世界で3人以下の自信ある() 研究者が競争的資金を獲得するのに申請書を書くが、科研費LaTeX というものがあり、これによりword で体裁が崩れてイラッ☆っとするリスクが減る。 DC やPD と呼ばれる学振にもこのフォーマットがあり、情報…

10万枚の胸部X線画像をCNNした

読んだ。 ChestX-ray8: Hospital-scale Chest X-ray Database and Benchmarks on Weakly-Supervised Classification and Localization of Common Thorax Diseases. IEEE CVPR 2017 3万人の患者から10万枚程度の胸部X線画像を入手し、CNNによりAtelectasis, C…

Docker でmeshlabserver を使おうと思ったらcannot connect to X server とエラーが出る

Docker で仮想環境っぽいところだったり、サーバーなどでGUI、グラフィック系のドライバーがなさそうなところでmeshlab とかそういうのを実行すると、上記のエラーがでる。 wkhtmltopdfをUbuntuで使うためのメモ | Network Project 5 を参考に、xvfb-run を…

awk を使ってターミナル上で必要な部分の列和を計算する

SNP とかなんでもいいのだが、行列データがあって、ある列のデータのうち条件をみたすものだけを抽出して、和を取りたい。 それをR とかPython を使わずに、シェルというかawk で完結したいのだが、という悩みを同僚が言ってきたのでやってみた。 一発でsum …

ubuntu 16.04 でcaps lock をESC に変えたい

vim を使っていて、caps lock がESC ならうれしくて、ubuntu 14 まではxmodmap で設定していたが、ubuntu 16 からはこれだとうまくいかないようである。 sudo apt-get install gnome-tweak-tool でtweak から、タイピング > Caps Lock キーの動作にいき、Cap…

UEFI のOS が存在しているPC にubuntu 16.04 をデュアルブートする

昔、windows7 があるPC にubuntu をインストールした。 今回、let's note RZ4 の8GB が安く手に入ったので、windows8 がある環境にubuntu16.04 をデュアルブートできるようにしようとしたら、UEFI で手こずった。 結論からいうとRufus を使ってUFEI対応のUSB…

rs でテキストを転置(行と列をいれかえる)したいがsegmentation fault で死ぬ

なんでもいいのだがスペースで区切られた、横に長いファイルがあるとする。 seq -s" " 1 20 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 これを行から列に変換して縦に長いファイルが欲しい。というのも、paste コマンドなどを使って結合したいから…

tmux を使う

tmux を勧められた。 以前、vim を導入したときにvim-r-plugin を使うのにtmux が必要で、tmux のpane を使えばRstudio っぽく、コードを書く領域とRが実行できる領域が出現して、コマンドショートカットでコードをRコンソールに送ることができる、という話…

手動で細胞の動きを追跡したい

細胞でもなんでもいいが、視野内の物体の動きを軌跡として取得したい。 最近流行りのディープラーニングでは下調べが足りないがいろいろあるっぽい。しかし、これらの手法を使うにしても自前で開発するにしても、正解データと比較して性能評価が必要である。…

beamer poster でプレゼンテーション

beamer でスライドプレゼンテーションをしたが、今回はポスター発表をbeamer で作った。 ネットでbeamer poster のsty ファイルを見てみたのだが、華美すぎて鬱陶しい。 個人的には究極グレースケールで終わらせたい。 window.twttr = (function(d, s, id) {…

Python でコマンドライン引数、標準入力を受け取る

結論から言えばsys.argv を使う。 http://www.yukun.info/blog/2008/07/python-command-line-arguments.html 【python】sys.argv で引数をとる - metabo346の日記 コマンドライン引数入力できるPythonプログラムをつくる - 剥いだ布団とメモランダム.old Pyt…

beamer でプレゼンテーション

ここに書いてあることはすべて個人の感想です。別にデザインについて勉強してきたわけではないので有識者の人は適当に読み流してください。 beamer を使ってスライドを作成してプレゼンしてきた。結果としてはppt と比べて遜色ない発表ができた(適当 beamer …

今年読んだ一番好きな論文2016

この記事は今年読んだ一番好きな論文2016 の25日目の記事です。 今年読んだ論文ではこれがよかったです。 Computational flow cytometry: helping to make sense of high-dimensional immunology data. Nature Reviews Immunology 16, 449–462 (2016) レビュ…

Rstudio を使わない人にとってのRstudio

この記事はRStudio Advent Calendar 2016 の9日目の記事です。 Rstudio、使ってますか? 私は使っていません。 インストールはしてあります。Rstudio を使う利点は、OS が異なっても統一された解析環境を用意できることです。R 初心者にR を使ってもらう時に…

29cm vs 28.3cm

こんなページを見つけた。 理系大学院生の普段使いリュックの中身を見せます! | 人生を楽しむエネルギーブログ 現役の博士課程大学院生の生活を支えるカバンの中身を細かく紹介! | AbstractLife 入院生活者のかばんの中身らしい。 私のかばんには、いつで…

vim の設定

というよりPC 環境全般の話。 スクリプトを書いている。 しかし、マウスGUI ユーザーなので残念ながら腱鞘炎になってしまった。 通常のマウスをやめてトラックボールにしたが、母指IP 関節が半端無く痛い。 というわけで利き手とは逆の手にマウスもおいてい…