ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 臨床データの取扱い 臨床データ あり-なしの2値 連続値 取りうる値 下限値?単位、範囲、時間 カテゴリ 血清中のなにかの検査値

GWASにおけるHardy–Weinberg 平衡の多重検定がいろんなところで話題になっているので少しいじろうと思ったけど、サーチでかなり引っかかるので library(GWASExactHW) library(genetics) ここらへんが使いやすそうな気がする。

ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 ハイスループット、実験データの質の管理 1マーカー1形質テストはサンプルがランダムであることを前提とする。 GWAS用に検定結果を補正する バイアスのあるサンプル：構造化補正 テスト間の非独立性：多重性 同一…

メタアナリシスの講義を受けたのでrmetaを使ってメタアナリシスがどんなんかをひたすらプロットしていく。 install.packages("rmeta") library(rmeta) data(catheter) このデータは銀加工かなんかをされたカテーテルの細菌感染具合を調べたものらしい。 加工…

ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム・バイオマーカー・診断基準、転写・翻訳多様性 だったのだが、前回の進捗の都合でメタアナリシス。 ケースコントロールスタディとオッズ比 アレルAとアレルaの…

ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 ゲノム(2)マルチプルテスティング、メタアナリシス、シングル・セル・シークエンシング マルチプルテスティング 複数の検定をしている 疾患Xの有無とSNPのジェノタイプとの関係の有無をGWASした 複数のSNPについて…

ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 ゲノム(1)、ハプロタイプ、連鎖不平衡、因子の組合せ、アレル特異的機能差 case 100 ctrl 100 SNP 100,000 とすると 100,000 * 200 のgenotypeがある。 アレルを表すなら、3種類の文字があればよい 文字と区切り(\…

ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 オミックスデータの取扱い：概論 オミックスデータの取り扱いについてだが、臨床データに関する解析についてのコマが多くて、臨床医にとっても有益な気がする。 オミックスの領域は複数あるが、マルチオミックスは…