LINUX

vim 8.1 にしたら \ の後は / か ? か & でなければなりませんって文句言われるし"Vim: Caught deadly signal ABRT" って言われて突然落ちる

vim 8.0 でvimrc をいい感じにしていたのに、ppa (https://launchpad.net/~jonathonf/+archive/ubuntu/vim) を sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/vim でvim-gnome をインストールすると 8.1 がインストールされるようになっている。 そうすると、いま…

Rmd をコマンドでrender したい

rmarkdown を使っているとき、Rstudio ならknitr ボタン、コマンドならrender でRmd ファイルがコンパイルされる。 昔、同僚が「R を開かずにコマンドでrender したいすっね〜」って言っていたのでワンライナーで自作してあげたのだが、いまさらながら自分も…

Rでパスを省略せずに取得したい

R の場合、HOME ディレクトリは ~ で省略されるが、これを使って例えばR の外部のプログラムを実行させるときの引数にするとき、パスを省略せずに書かないといけない場合がある。 例えば、Python の os.path.expanduser みたいなやつ。 関数を探してもすぐに…

vim のESC をjj と っjに割り当てる

vim を使っていて、みんなが思っているのがESC が遠い。 今まではCapsLock にESC を割り当てていたが、ubuntu 16 になってGUI で設定できると言いながらそれで設定しても設定が活きないときがある。 というわけでjj にESC を割り当てる人が多い。 Vimでの日…

RZ4 のSSD を換装する

以前、SX2 のSSDを換装したのだが、RZ4 を最近使っていて、持ち運びに便利だし意外と電池もちが良かったのでSSD を増やそうということになった。 安心と実績のcrucial(安かった)もともと入っていたのはサムスン製。Crucial [Micron製] 内蔵SSD MX300 525GB…

system 関数を使ってR のコンソールからターミナルへコマンドを送って実行する

R を使っていろいろやっているときに、R だけで完結すればいいが、R で実行できない関数や実装されていない仕様みたいなものがあって、計算がはかどらないときがある。 そういうときは別のプログラムを使ってその部分の計算をして、その結果をファイルに書き…

matplotlib.pyplot.show でplot したはいいが、GUI がでてきてコンソールがブロックされるのは誰が得する仕様なのか

window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/widgets.js"; fjs.paren…

ubuntu で「システムプログラムの問題が見つかりました」のダイアログの消し方

「システムプログラムの問題が見つかりました」のダイアログの消し方 - Qiita Ubuntu 12.04 LTS 「システムプログラムの問題が見つかりました」 | pc.casey.jp ウィンドウズのイルカ並にうざい。 しかも、報告しても改善されたことはない。 sudo rm /var/cra…

awk を使って行の要素がすべて0 の行を除外する

RNAseqをしているが、行に5つくらいのデータがあって、それらすべてが0 の行を取り除きたいのだが、いい方法はないかと聞かれた。 列和であれば、$2 とかしてすぐに結果が出せるのはぐぐってよく出る。 しかし、行和をどうこうするのはなかなか出てこない。 …

科研費(学振) LaTeX を他の申請書に流用する

この記事が役に立つのは世界で3人以下の自信ある() 研究者が競争的資金を獲得するのに申請書を書くが、科研費LaTeX というものがあり、これによりword で体裁が崩れてイラッ☆っとするリスクが減る。 DC やPD と呼ばれる学振にもこのフォーマットがあり、情報…

Docker でmeshlabserver を使おうと思ったらcannot connect to X server とエラーが出る

Docker で仮想環境っぽいところだったり、サーバーなどでGUI、グラフィック系のドライバーがなさそうなところでmeshlab とかそういうのを実行すると、上記のエラーがでる。 wkhtmltopdfをUbuntuで使うためのメモ | Network Project 5 を参考に、xvfb-run を…

awk を使ってターミナル上で必要な部分の列和を計算する

SNP とかなんでもいいのだが、行列データがあって、ある列のデータのうち条件をみたすものだけを抽出して、和を取りたい。 それをR とかPython を使わずに、シェルというかawk で完結したいのだが、という悩みを同僚が言ってきたのでやってみた。 一発でsum …

ubuntu 16.04 でcaps lock をESC に変えたい

vim を使っていて、caps lock がESC ならうれしくて、ubuntu 14 まではxmodmap で設定していたが、ubuntu 16 からはこれだとうまくいかないようである。 sudo apt-get install gnome-tweak-tool でtweak から、タイピング > Caps Lock キーの動作にいき、Cap…

Python3 でcv2 を使う

こちらを参考にインストールする。 これとか。

UEFI のOS が存在しているPC にubuntu 16.04 をデュアルブートする

昔、windows7 があるPC にubuntu をインストールした。 今回、let's note RZ4 の8GB が安く手に入ったので、windows8 がある環境にubuntu16.04 をデュアルブートできるようにしようとしたら、UEFI で手こずった。 結論からいうとRufus を使ってUFEI対応のUSB…

rs でテキストを転置(行と列をいれかえる)したいがsegmentation fault で死ぬ

なんでもいいのだがスペースで区切られた、横に長いファイルがあるとする。 seq -s" " 1 20 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 これを行から列に変換して縦に長いファイルが欲しい。というのも、paste コマンドなどを使って結合したいから…

tmux を使う

tmux を勧められた。 以前、vim を導入したときにvim-r-plugin を使うのにtmux が必要で、tmux のpane を使えばRstudio っぽく、コードを書く領域とRが実行できる領域が出現して、コマンドショートカットでコードをRコンソールに送ることができる、という話…

手動で細胞の動きを追跡したい

細胞でもなんでもいいが、視野内の物体の動きを軌跡として取得したい。 最近流行りのディープラーニングでは下調べが足りないがいろいろあるっぽい。しかし、これらの手法を使うにしても自前で開発するにしても、正解データと比較して性能評価が必要である。…

beamer poster でプレゼンテーション

beamer でスライドプレゼンテーションをしたが、今回はポスター発表をbeamer で作った。 ネットでbeamer poster のsty ファイルを見てみたのだが、華美すぎて鬱陶しい。 個人的には究極グレースケールで終わらせたい。 window.twttr = (function(d, s, id) {…

Python でコマンドライン引数、標準入力を受け取る

結論から言えばsys.argv を使う。 http://www.yukun.info/blog/2008/07/python-command-line-arguments.html 【python】sys.argv で引数をとる - metabo346の日記 コマンドライン引数入力できるPythonプログラムをつくる - 剥いだ布団とメモランダム.old Pyt…

beamer でプレゼンテーション

ここに書いてあることはすべて個人の感想です。別にデザインについて勉強してきたわけではないので有識者の人は適当に読み流してください。 beamer を使ってスライドを作成してプレゼンしてきた。結果としてはppt と比べて遜色ない発表ができた(適当 beamer …

Rstudio を使わない人にとってのRstudio

この記事はRStudio Advent Calendar 2016 の9日目の記事です。 Rstudio、使ってますか? 私は使っていません。 インストールはしてあります。Rstudio を使う利点は、OS が異なっても統一された解析環境を用意できることです。R 初心者にR を使ってもらう時に…

vim の設定

というよりPC 環境全般の話。 スクリプトを書いている。 しかし、マウスGUI ユーザーなので残念ながら腱鞘炎になってしまった。 通常のマウスをやめてトラックボールにしたが、母指IP 関節が半端無く痛い。 というわけで利き手とは逆の手にマウスもおいてい…

球面調和関数をrPython でやる

球面調和関数をやりたいがRではいいものがないのでPythonでやった結果をrPython を使ってRでゴリ押し計算するやり方。R を投げ捨ててPython に移行したかったが、結局R でやっちゃう。 rPython について知りたければ下にスクロール。 球面上の離散的な分布を…

update したらログインできなくなるという謎仕様

windows 10 よりもさらに凶悪な仕様である。 そもそものモチベーションは、rstan を使おうと思ったらまったくインストールできない。 以前はcran に登録されていなかったので、devtools からrstan サイトを指定してうんぬんかんぬんだったが、現在ではinstal…

let's note SZ5 にubuntu14.04 をインストールしたけれどもネットがつながらず苦労した話

いつもの調子でubuntuをインストールしたけれども、ネットがつながらないので悪戦苦闘した。 UbuntuでNICを認識しない場合の対応 ifconfig lo Link encap:ローカルループバック inetアドレス:127.0.0.1 マスク:255.0.0.0 inet6アドレス: ::1/128 範囲:ホスト…

TeX メモ

図と表をminipage で並べたいとき。 プリアンブルに書いて \makeatletter \newcommand{\figcaption}[1]{\def\@captype{figure}\caption{#1}} \newcommand{\tblcaption}[1]{\def\@captype{table}\caption{#1}} \makeatother figure でやる。 \begin{figure}[h…

Caffeを使うときにハマったこと

Caffeがはやっている。 画像認識系のDeep learning をするときにいい。というのはこちらに書いてある。 環境は ubuntu 14.04 GPUはない!! インストールはこちらやこちらを参考にコピペするだけ。 ハマったことその1:CPUモード CaffeはGPUがないボンビーにつ…

SSDに換えたった

中古レッツノートが安かったので購入して、SSDに換装した。 こちらを参考にしたらドライバー1本で換装可能である。SSDについては東芝製のものが評価が高いようだが、Crucial のものも相性的にはよさそう(これとかこれとか)ということで買った。 7mm SSDはレ…

GF(仮)のキャラがニーソなのかどうなのかを Deep learning を使ってなんとか知りたい

GF(仮)を見てる。 クロエ・ルメールのようなニーソキャラが好きなのだが、これをどうにかキャラプロフィールから推定できないか…と思っていたら MNIST手書き文字データをdeep learnignで分類するっていう、あの有名なやつを、Rパッケージであるh2oでやる、と…