R

rstanで打ち切りデータがあるときのパラメータ推定をする

これに、打ち切りデータがあるときの平均値の推定問題がある。StanとRでベイズ統計モデリング (Wonderful R)作者:健太郎, 松浦発売日: 2016/10/25メディア: 単行本データが正規分布に従うのだろうが、25を下回るデータはとなっているので、このデータを無視…

新型肺炎COVID-19の重症化率を推定する

読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19 の潜伏期間をrstanで推定する

読んだ。 Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. - PubMed - NCBI最初に武漢で肺炎が発生したときに、88症例について感染履歴を聴取して、ワイブル分布で潜伏期間を…

新型肺炎COVID-19の感染力R0を推定する

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…

rstanで自分で定義した確率分布からサンプリングする:Johnson's SU 分布

本当はこの通りにしたかったが、自作関数のサンプリングが遅すぎたので先に正規分布normalからのサンプリングがvectorかひとつひとつかtargetかで変わるのかを検証していた。 結論から言うと組み込みのvector型サンプリングは速いが、自作関数はひとつひとつ…

rstanでの確率分布からのサンプリングの速さを比較する

rstanで自作関数、というかrstanに実装されていない確率分布からサンプリングをしたくてコードを書いていたが、その前にコードの書き方でサンプリングの効率というか速さが違うので速くなる書き方をしよう、という検証。 結論から言うと、実装されている関数…

令和2年2月21日版の国内コロナ陽性者をgooglevisでやる

www.mhlw.go.jp これの2月20日12:00現在、確認されている国内の発生状況の国内事例(チャーター便帰国者を除く)をgooglevisを使って都道府県名別にプロットしてみようと思った。 googlevisクッソ使いにくい。 厚生労働省もがんばっているのだろうが、(令和…

ふたつの分布が違うのをどう示したらいいですか

こんな記事を書いたらごく狭い範囲で反響があった。 mikuhatsune.hatenadiary.com ガンマ分布の記事感動しました。そんなガンマ分布マスターであられる驚異のアニヲタさんに質問するもの失礼なほど低級な質問なんですが、、、 ある疾患があって、その疾患発…

混合分布:急性期と亜急性期の発症がある

こんな感じのデータを見かけた。 本人が言うには、8日あたりを境目にして、8日までに発症するパターンと、それ以降に発症するパターンに分かれそうだ、という。 データの意味合いと二峰性の具合から、おそらくふたつのガンマ分布が重なっているのでは、とい…

線虫でがん検査、約85%の確率で特定

という記事を観測した。 詳細はいつもの通り不明だが、記事によると、 がん患者1400人に実施した検査では的中率は約85%に上り、特にステージ0~1の患者は87%で判定できた。一般的ながん検査「腫瘍マーカー」よりかなり高確率という。 反応するのは胃、大腸…

「男女間モテ格差」をzero-inflated model で考える

こんな話を見つけた。そもそも、女性の考える「非モテ男性」と実際の「非モテ男性」の認識にすれ違いがありそう。女性は何もしなくても75%は一度は告白される。一方男性は、半数以上が一度も告白されない。女性のリアルからみると「非モテ」とは「下位25%…

メタアナリシスっぽいので公平な入試を受けたい

12月7日の配当記事です。 qiita.comJapan.Rでこの話をした。 mikuhatsune.hatenadiary.comSlideShare は埋め込めるけどRpubs は埋め込めないようだった。 RPubs - 20191207 Japan.R#7 前回の記事との変更として、「女子学生に対して、男子学生の合格」にORを…

アレルとgenotype の頻度を信頼区間付で求めたい

という質問を受けたので1万年と2000年ぶりくらいに遺伝統計やった。 雰囲気としては、こんな感じの値を求めたい。Indian J Endocrinol Metab. 2014 Nov-Dec; 18(6): 850–854. のTable 1 より引用www.ncbi.nlm.nih.gov ここで、データとしては被験者たちのgen…

東京大学での式辞の統計問題を考える

こんな話を見かけた。ちなみに式辞は読んでない。 qiita.comデータ取得まではやってくれていて、解析もしていた。解析者では、東京大学、鳥取大学、島根大学の医学部での男女合格率には差がない、ということだった。 せっかく81大学の男女受験者数と合格者数…

元号が発表されたのでいままでの元号で使われた漢字の関係をみる

とおもってネットワーク解析をしようと思ってグラフを作ったはいいがigraph の扱いを完全に忘れているので保留。 その元号の年数もあるので適当にヒストグラムでも。 n <- read.delim("nengo.txt", stringsAsFactors=FALSE, header=FALSE) library(stringr) …

フェンタニルの持続静注と部位効果濃度

フェンタニルの持続静注をすることで術後鎮痛を行うことがあるが、フェンタニルを低用量で開始するだけでは目標とする鎮痛濃度に達するにはものすごい時間がかかる。 例えば、身長160cm、体重50kg、年齢40歳の男性に20ug/hr でフェンタニルの持続静注をする…

googlevis をはてなブログにそのまま貼れる

前にこんな話をした。 mikuhatsune.hatenadiary.com 旧はてなダイアリーではhtml の扱いがよくわからなかったので、グラフ上の値を取得できるreactive なグラフはよくわからなかった。 はてなブログではhtml の扱いが強化されているっぽいので、googlevisやp…

googlevis でいろいろ触れるプロットを作る

この記事はR Advent Calendar 2018 の24日目の記事です。 R でプロットするときに、標準ではgraphics のなかにあるplot を使ってべたなプロットを作ると思うが、最近ではggplot なんかが流行っている。 最近、プロット上にマウスカーソルを持ってくるとデー…

第113回医師国家試験を項目反応理論で解析します(予告)、の予備実験

予備実験用の解答サンプルシートはこちら 第112回から適当に20問とってきたもの。 ↓ https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfiLVA-1m7NC5SMmyi0X1ftSYJzhWuOac6kr-WMR8gKgFLWVA/viewform shiny 上でその20問の項目反応理論(IRT) ↓ https://yfujii08.shi…

昔は3日間あった試験が今では2日間しかないのだから勉強量は2/3 でいいでしょう?

昔、とある試験を受けたのだが、最近では改定されて3日間あった日程が2日間に減っているらしい。 ならば昔の受験生がいままで一生懸命勉強に費やしていた期間は今の人達は2/3 でいいんじゃね?(適当 と後輩を煽っていたのだが、以前試験勉強に飽きたので今ま…

自然科学研究のためのR入門: 再現可能なレポート執筆実践 (Wanderful R)

読んだ。自然科学研究のためのR入門―再現可能なレポート執筆実践― (Wonderful R 4)作者: 江口哲史,石田基広,市川太祐,高橋康介,高柳慎一,福島真太朗,松浦健太郎出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2018/10/11メディア: 単行本この商品を含むブログ (1件) を見…

ようやくShinyを使ってインタラクティブにパラメータをいじって遊べるシミュレーターをweb上にあげることができた

Shinyというhtml 上でいろいろパラメータをいじったものを即座に計算して描出するインタラクティブでなんかすごいアプリがあったのだが、rmarkdown と同様に手をつけることなく放置していた。 せっかちな人はこちら → https://yfujii08.shinyapps.io/pkpdsim…

gganatogram を使って人体を描く

こんなのを見かけた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/w…

医薬データ解析のためのベイズ統計学

読んだ。医薬データ解析のためのベイズ統計学作者: Emmanuel Lesaffre,Andrew B. Lawson,宮岡悦良,遠藤輝,安藤英一,鎗田政男,中山高志出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2016/02/25メディア: 単行本この商品を含むブログ (3件) を見るめっちゃ時間がかかって…

VARで本当にPKが多くなっているのか

ロシアW杯でVAR が導入されたことにより、PK の数が多いような印象である。実際、予選リーグの時点で過去最高だとか、いろいろ言われている。毎日新聞によると https://mainichi.jp/articles/20180703/ddm/035/050/161000c VARは、得点▽PK▽レッドカード…

W杯の試合観戦中にトイレはいついくべきか

こんなツイートを観測した。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter…

single cell の分化系統樹解析

読んだ。 A comparison of single-cell trajectory inference methods: towards more accurate and robust tools. single cell のRNAseq などからデータを取得して、細胞分化系統樹を解析するのに多種多様な手法やパッケージが出ている。 59手法を試してみて…

決勝トーナメントに向けて初戦が大事というが初戦はどれくらい大事なのか

2018FIFAワールドカップが始まった。日本の決勝トーナメント進出は初戦に勝利できるかにかかっている! とかなんとかよく聞くが、実際に初戦に勝利するのはどれだけ大事かは定量的に言われていない気がする。 2002年と2010年に決勝トーナメントに進出したので…

なぜ人は新刊を落とすのか

こんなツイートを見かけた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter…