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新型肺炎の年齢階級別死亡率

新型コロナウイルス 国内感染の状況 こちらの2021年1月13日時点の各年代別感染者数と死亡者数のデータがあったので単純に推定してみる。その1 drcパッケージにあるLL.4関数は、4パラメータモデルのロジスティック曲線に当てはめる。 これで簡単にやるその2 r…

メタアナリシスっぽいので公平な入試を受けたい 令和2年版

この記事はR Advent Calendar 2020 - Qiitaの24日の配当記事です(書くネタなかったけど無理やりこじつけた メタアナリシスの解析にmeta パッケージを使っています。 令和2年版の調査結果というものを観測した。 医学部医学科の入学者選抜における公正確保等…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 12話

侑と歩夢回だったが孤立したノードがたくさん。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 11話

歩夢のレズメンヘラっぷりが炸裂したが果林としずくが相変わらずハブられていた。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 -…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 9話と10話

9話 彼方ちゃん孤立 10話 エマ孤立 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スク…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 8話

しずく回だったがかすみんが活躍しすぎ。 冒頭の侑が歩夢、果林、愛さんを呼ぶシーンがなければこの人たちは孤立するところだった。 彼方さんは孤立した。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 7話

彼方回だったが姉妹のいざこざを同好会でやられても…と思った。 果林とエマはだいぶ出番ないが大丈夫か? 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び…

ハザード比

カプランマイヤーによる生存曲線をやっていてCox proportional hazard モデルによるハザード比を出そうとして、シミュレーションデータで遊んでいただけの話。 prodlim パッケージにあるSimSurv 関数は、変数X1とX2があるが、とりあえずこれらは考えず、まっ…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 6話

りなりー回だったが今回はしずくもグラフに参加していた。 けどやっぱり陽キャギャルの愛さんのことが好きになってしまう。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイド…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 5話

エマさん回だったわけだが、しずくがはぶられているが大丈夫か? 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話

愛さんがキーパーソンすぎるわけだが、あんな娘現実におったらこっちが勝手に惚れてしまって振られてしまうやつじゃんェ… 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会が始まった。 ラブライブ!虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会 以前、ラブライブのμ'sとAqours のメンバーの名前呼びグラフを作ったので、アニメを観ながら名前を呼んだ回数をカウントし、スクリプトをそのまま流用して同じ…

ソシャゲの生存率

こんな記事を観測した。 【悲報】ソシャゲの「10年生存率」、ほぼ0と判明する | やらおん!こんな面白い解析ネタがあったのに乗り遅れた。 しかし、図の生存曲線がどのように作られたかが謎である。カプランマイヤーなのだろうか。 しかも、10年で「ほぼ」0%…

二次計画法を久しぶりにやる

二次計画法をRでやる必要が出てきたので久しぶりにやってみる。 二次計画法はRはでは ただし、行列 が正定値行列でないと matrix D in quadratic function is not positive definite! と言われてしまうので、逆行列を持つように微妙に変化させた行列を無理や…

zip になってるshape ファイルをRのみの操作でダウンロードして扱いたい

という相談を受けた。 昔は地図を扱うときにsp というパッケージを使っていたが、最近ではsf が流行りだそうだ。 notchained.hatenablog.com インタラクティブにしたければleaflet があるが、普通にプレゼンとか論文の図にしたい、ということでsf を使いたい…

新型肺炎COVID-19の日本の実効再生産数を推定したrstanのコードを解説してみる

西浦先生が日本の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいの…

新型肺炎COVID-19の山梨大学医学部附属病院でのPCR検査の結果をrstanで解析する

山梨大学医学部附属病院で、慶応大学病院と同じように入院中の患者にPCR検査を行うと、370人中全員が陰性だったらしい。 山梨大病院、すべての入院患者らにPCR検査 全員陰性 [新型コロナウイルス]:朝日新聞デジタル 山梨大の島田真路学長は「陽性者がいる場…

新型肺炎COVID-19の集中治療を要する患者の推移をSIRモデルを使ってrstanで推定する

こんなことをした。 mikuhatsune.hatenadiary.com 集中治療学会が、人工呼吸器を要している患者、ECMOをしている患者、ECMOで死亡した患者、ECMOから回復した患者、など日ベースで公開してる。 これに、毎日の感染者や死亡者のデータをくっつけて、SIRを使っ…

新型肺炎COVID-19 の集中治療学会のデータを引っこ抜く

こんなデータがある。 covid19.jsicm.org COVID-19による全国の人工呼吸器患者数とECMO稼働数(と離脱者数、死亡者数、現在も治療されている最中の数)がjsでグリグリできる。 グリグリできるのはいいが、47都道府県+地方別とデータを取るのが面倒なので、引…

新型肺炎COVID-19の神戸における真のIgG抗体陽性患者数をrstanで推定する

読んだ。 Estimation of seroprevalence of novel coronavirus disease (COVID-19) using preserved serum at an outpatient setting in Kobe, Japan: A cross-sectional study. | medRxiv 神戸市の入院中の患者で、入院中の検査を適当(ランダムサンプリン…

新型肺炎COVID-19の抗体検査から集団の有病率をrstanで推定する

結論から言うと、抗体検査を受けた202人の集団において、9.4%(95% 信用区間で5.4%〜13.9%)が感染者である。ただし、この抗体検査を受けた202人は、東京都(とか他の都道府県一般)のランダムサンプリングとは言えないので、単純に東京都人口の9.4%が感染し…

新型肺炎COVID-19が流行してから全身麻酔件数がどれほど減ったかをrstanで推定する

こんなツイーヨを観測した。コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかアンケート7回目全国の麻酔科の先生におたずねします。今(4/24)現在、オペ室は、— DAJ (@dajhiroki) 2020年4月24日 コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかア…

新型肺炎COVID-19のSEIRS two stain model がrstanで出来たので満足した

諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com しかし、なんか出来そうになった。 mikuhatsune.hatenadiary.com(型の)コロナウイルスの流行具合から、相互に免疫があるものとして、新型肺炎の今後数年の流行がどうなっていくかをSEIRSモデルで、かつ2種類のウ…

新型肺炎COVID-19の感染推移を時間依存パラメータを含むSEIRSモデルで推定しようと思って断念していたが出来るかもしれない

諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com というのも、SEIRSモデルでS→Eになるパラメータ が、時間依存的なパラメータとして で定義されるが、これはrstanではできなさそうである。というのが、integrate_ode関数が時間依存のパラメータをどう頑張っても取…

新型肺炎COVID-19が今後2022年まで流行が続くというのをrstanで再現しようとしたが断念した

読んだ。 Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period. - PubMed - NCBI COVID-19がこのままだと2022年も続いているのではないか、といろいろ話題になった論文。 githubがおいてあるが、ここにあるデータは GitHub…

新型肺炎COVID-19の無症状感染者の割合をrstanで推定しようとしたが断念した

読んだ。 Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. - PubMed - NCBI COI:なしダイヤモンド・プリンセス号のPCR検査と陽性数および症状の…

新型肺炎COVID-19の感染者数をgooglevis を使って表示する

こんな記事を観測した。 www.ft.com 新型肺炎の感染者数および死亡者数を、ECDCという機関のデータから取得してプロットしている。 Homepage | European Centre for Disease Prevention and Control この機関、いいところがcsv データを整備してくれていて、…

新型肺炎COVID-19の感染者数の推移をSEIRモデルを使ってrstanでシミュレーションする

読んだ。 A Simulation on Potential Secondary Spread of Novel Coronavirus in an Exported Country Using a Stochastic Epidemic SEIR Model. - PubMed - NCBI COI:筆者はこの著者とは直接の関係はないので、純粋に統計解析のツッコミです。こんなツイー…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19 の潜伏期間をrstanで推定する

読んだ。 Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. - PubMed - NCBI最初に武漢で肺炎が発生したときに、88症例について感染履歴を聴取して、ワイブル分布で潜伏期間を…