医薬データ解析のためのベイズ統計学

読んだ。医薬データ解析のためのベイズ統計学作者: Emmanuel Lesaffre,Andrew B. Lawson,宮岡悦良,遠藤輝,安藤英一,鎗田政男,中山高志出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2016/02/25メディア: 単行本この商品を含むブログ (3件) を見るめっちゃ時間がかかって…

レプリカ交換法

読んだ。 Bayesian estimation of phase response curves. Neural Netw. 2010 Aug;23(6):752-63. Phase response curve (PRC) という神経細胞の発火の記録を推定したいが、周期のズレや発火タイミングの変化などで普通にやったら推定が収束しないらしい。 レ…

VARで本当にPKが多くなっているのか

ロシアW杯でVAR が導入されたことにより、PK の数が多いような印象である。実際、予選リーグの時点で過去最高だとか、いろいろ言われている。毎日新聞によると https://mainichi.jp/articles/20180703/ddm/035/050/161000c VARは、得点▽PK▽レッドカード…

W杯の試合観戦中にトイレはいついくべきか

こんなツイートを観測した。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter…

single cell の分化系統樹解析

読んだ。 A comparison of single-cell trajectory inference methods: towards more accurate and robust tools. single cell のRNAseq などからデータを取得して、細胞分化系統樹を解析するのに多種多様な手法やパッケージが出ている。 59手法を試してみて…

vim 8.1 にしたら \ の後は / か ? か & でなければなりませんって文句言われるし"Vim: Caught deadly signal ABRT" って言われて突然落ちる

vim 8.0 でvimrc をいい感じにしていたのに、ppa (https://launchpad.net/~jonathonf/+archive/ubuntu/vim) を sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/vim でvim-gnome をインストールすると 8.1 がインストールされるようになっている。 そうすると、いま…

決勝トーナメントに向けて初戦が大事というが初戦はどれくらい大事なのか

2018FIFAワールドカップが始まった。日本の決勝トーナメント進出は初戦に勝利できるかにかかっている! とかなんとかよく聞くが、実際に初戦に勝利するのはどれだけ大事かは定量的に言われていない気がする。 2002年と2010年に決勝トーナメントに進出したので…

なぜ人は新刊を落とすのか

こんなツイートを見かけた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter…

就学年数が長いから近視になるのか近視になるから就学年数が長いのか

読んだ。 BMJ. 2018 Jun 6;361:k2022. 観察研究では、どちらも関連があるが、この論文の結論から言えば就学年数が長いから近視になり、近視だから就学年数が長い、ということにはならない。これを近視に関する多型でメンデリアンランダマイゼーションした場…

行列演算だから速いだろうと油断してはいけない

回帰分析の最小二乗法による係数の推定は で求められる。ここで、標本数、パラメータ数 とすると である。 普通に演算すると、 に をかけて をかける、という順番だが、 として先に と をかけて としてから にかけるのが高速である。 20180607追記 スーパー…

ホーム&アウェー方式のアウェーゴールは妥当なのか

チャンピオンズリーグを見ていた。 CL というか本拠地があってホームでもアウェーでも試合を行うタイプのスポーツにあるのが、先に言ったホームとアウェーで戦い方というか試合に影響する部分が大きい、ということである。 サッカーは特にホーム&アウェーの…

ギブスサンプリング

Metropolis-Hastings サンプリングをやったので、ギブスサンプリングをやってみる。 ある変数 について、 番目を取り除いた を ( 番目が抜けている) で順次サンプリングして、その値を入れなおしてまたサンプリングする、を について行う。 結局、あるひと…

ものすごいわかりやすかったKullback-Leibler divergence

情報量を と置くと、 単調に減少する ふたつの分布が独立ならば、加算的に扱える というので、 と書いておく。 符号化してその平均長を考えると はエントロピーである。 さてここで、 はわからないけど、理論的にこれならば、上のエントロピーが成り立つ。し…

線形回帰の最小二乗法をベクトル偏微分で解く

の最小化を偏微分で求めるが、ベクトル演算とベクトル微分が「これは知ってて当然でしょ」という感じでさっくり飛ばされることが多いのでしつこいくらいにひとつずつやる。下準備 微分されるベクトル変数は, 係数のベクトルは とする。基本的に または とか…

DNA型が一致しないときに突然変異ということで一致判定できるか

こんな記事を見かけた。 http://www.yomiuri.co.jp/national/20180511-OYT1T50044.html 判例 平成29(あ)882 困惑している人が多い。 意外と知られていない知識「突然変異によるDNA型の変化はまれにある」裁判での逆転有罪の科学的根拠に驚きの声 - Togetter …

Rmd をコマンドでrender したい

rmarkdown を使っているとき、Rstudio ならknitr ボタン、コマンドならrender でRmd ファイルがコンパイルされる。 昔、同僚が「R を開かずにコマンドでrender したいすっね〜」って言っていたのでワンライナーで自作してあげたのだが、いまさらながら自分も…

ランダムウォークで乱数を生成する

機械学習のTA なのに機械学習素人なので機械学習と統計の講義を聞いている。 多次元な確率分布から乱数をいい感じに取ってくる方法に、ランダムウォークを使う。 多次元な確率分布としては、単純に2次元正規分布、とする。二次元の正規分布は、x1 とx2 のそ…

グラフの検定

グラフの相同性とか統計量とかの話で、cug.test という検定を後輩から教えてもらった。 sna パッケージでできる。 グラフ隣接行列からランダムな隣接行列を作りまくって分布を作成して、p値を計算するらしい。 グラフとしてはこんな感じで 検定は以下のよう…

遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析

書いた。 遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析 COI:著者謹呈。編集者とはズブズブの関係。 序文を引用すると、 学問の学びの最初の一歩は,背景となる基礎理論の丁寧な理解から始まる。第1章では,遺伝統計学の基礎理論について,日本を代表する専門家の先生方…

アンケート調査でN数はいくら必要なのか

こんな話を見かけた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/w…

時系列分析と状態空間モデルの基礎: RとStanで学ぶ理論と実装

読んだ。時系列分析と状態空間モデルの基礎: RとStanで学ぶ理論と実装作者: 馬場真哉出版社/メーカー: プレアデス出版発売日: 2018/02/14メディア: 単行本この商品を含むブログ (3件) を見るCOI:自費で買った。 時系列分析とRstan を使った状態空間モデルの…

(臨床系の)統計解析でやらかしがちな10個のミス

読んだ。 Common scientific and statistical errors in obesity research. Obesity (Silver Spring). 2016 Apr;24(4):781-90. PNAS の特集で統計とか解析の再現性というなかで Issues with data and analyses: Errors, underlying themes, and potential so…

心不全の心血管イベント発症率を予測するモデル()

読んだ。 The impact of creating mathematical formula to predict cardiovascular events in patients with heart failure. Sci Rep. 2018 Mar 5;8(1):3986. プレスリリース COI:なし 慢性心不全患者の血液検査、診察所見、検査データなどから、心血管イ…

Grid Error Analysis

糖尿病の研究をしたいという知り合いから、Grid Error Analysis をしたいのだが、という相談を受けた。 ぶっちゃけ聞いたことがなかったが、要は糖尿病患者が自身で簡易血糖観測器を用いて測定した血糖と、本当の血糖の値が正しいかどうかを考えているだけ。…

帰無仮説検定で有意になった項目についてROC 解析をしてください

と査読で言われた。 状況設定としてはこんな感じである。いま、とある検査項目 (連続量)について、予後を予測するマーカーになるか検討したい。ここで、デザインとしてはとりあえず研究を立ち上げてみました、というような後ろ向き観察研究で、予後転帰が…

FKが一番上手いのは誰? 「過去5年間の成功率」で見る“ベスト・フリーキッカー”TOP20

という記事を見かけた。 FKが一番上手いのは誰? 「過去5年間の成功率」で見る“ベスト・フリーキッカー”TOP20 現在、最もフリーキックが上手い選手は誰なのか……。イギリス誌『FourFourTwo』が、「2013−14シーズンからの5年間で最もフリーキックの成功率が高か…

Rでパスを省略せずに取得したい

R の場合、HOME ディレクトリは ~ で省略されるが、これを使って例えばR の外部のプログラムを実行させるときの引数にするとき、パスを省略せずに書かないといけない場合がある。 例えば、Python の os.path.expanduser みたいなやつ。 関数を探してもすぐに…

くぁwせdrftgyふじこlp を可視化する

ゆるキャン△で東山奈央がくぁwせdrftgyふじこlp を発音したのが話題になっていた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement…

vim のESC をjj と っjに割り当てる

vim を使っていて、みんなが思っているのがESC が遠い。 今まではCapsLock にESC を割り当てていたが、ubuntu 16 になってGUI で設定できると言いながらそれで設定しても設定が活きないときがある。 というわけでjj にESC を割り当てる人が多い。 Vimでの日…

RZ4 のSSD を換装する

以前、SX2 のSSDを換装したのだが、RZ4 を最近使っていて、持ち運びに便利だし意外と電池もちが良かったのでSSD を増やそうということになった。 安心と実績のcrucial(安かった)もともと入っていたのはサムスン製。Crucial [Micron製] 内蔵SSD MX300 525GB…