多カテゴリへの回帰

二値ならbinaryだが多カテゴリのときにどうするか、ということでnnet::multinomかmlogit::mlogitが使えるがnnet::multinomのほうが使いやすかった。 m <- nnet::multinom(Species ~ ., data=iris) # weights: 18 (10 variable) initial value 164.791843 ite…

クロージングキャパシティ

某試験の勉強をしていると呼吸生理のところでクロージングキャパシティというものが出てくるが、なんのことだか覚えていない。 下記リンクによれば スパイロメトリーから得られる肺容量に関係する情報は,スパイログラム上に表わされるが,残気量を含む成分…

臨床工学技士集中治療テキスト

読んだ。臨床工学技士集中治療テキスト 普及版真興交易医書出版部AmazonCOI:中古でワンコインになっていた。透析が全然分かっていないので読もうと思って読んだら、透析以外にも人工呼吸器や補助循環のことも書いてあるし、集中治療で出くわす病態について…

集中治療で使う循環補助

読んだ。明日のアクションが変わる 補助循環の極意 教えます作者:川上 将司中外医学社AmazonCOI:医局にあったので読んだ。地方小規模病院のなんちゃってクソ雑魚ICU医()なので管理するのはIABPとVAECMOまでであるが、この本はVAD、Impellaのことまで実際…

気道管理

読んだ。Atlas of Airway Management: Techniques and Tools (English Edition)作者:Orebaugh, Steven L.,Bigeleisen, Paul E.Lippincott Williams & WilkinsAmazonCOI:なし献体の矢状断面を使って喉頭展開、チューブの進み方、声門上器具の留置のされ方が…

循環とは、酸素運搬と組織灌流

読んだ。循環とは何か? 虜になる循環の生理学作者:中村 謙介三輪書店AmazonCOI:評判よいらしいから買った。著者は全く知らない。循環とは、よく見るDO2 の式の酸素運搬と、組織灌流、すなわち脳還流などでよく見る脳血流=MAP - ICP のもの。 その他、筆者が…

間質性肺炎、完全に理解した

読んだ。レジデントのための 呼吸器診療最適解作者:中島 啓医学書院AmazonCOI:なし間質性肺炎急性増悪からICU入室が連続していたので読んだ。 間質性肺炎については分類が多すぎてほとんど理解していなかったが、とりあえず分かるようになった。 胸部CTの所…

R shiny で出力される図のサイズを入力パラメータでうまくしたい

R shiny で図を出力するのだが、図の大きさをinputで入力したとき、renderPlotの引数(widthとheight)にそれぞれ持たせようとすると、エラーになる。 状況としてはこんな感じである。 library(shiny) server <- function(input, output, session) { height …

日付を曜日に変換するのに日本語環境と英語環境で罠にハマった話

Rの日付に関する関数で、 format(Sys.Date(), "%a") とすると、日本語環境ならば [1] "月" これをR Shiny で使おうと思っていたら、shiny のサーバーは英語環境なので、デフォルトでは日月火水木金土が出てこず、英語表記のSun Mon... になってしまって罠に…

COVID-19と無症候性低酸素血症

書いた。 Asymptomatic Hypoxemia as a Characteristic Symptom of Coronavirus Disease: A Narrative Review of Its Pathophysiology. COVID 2022, 2(1), 47-59. COVID-19において、低酸素血症なのにぜんぜん苦しそうにない、いわゆるhappy hypoxia もしく…

ランダムに昇進を決めることが全体の価値を最も高める、というPeterの法則とイグノーベル賞の話

読んだ。 [0907.0455] The Peter Principle Revisited: A Computational Studyこんな動画を見た。 www.youtube.com 2010年のイグノーベル賞で、Peterの法則というものをシミュレーションで示した、という話。社員地位構造が階層的な場合、昇進するときに能力…

クレアチニンクリアランス

薬剤の投与量を考えるときに、クレアチニンクリアランスというものを考慮しないといけないのだが、クレアチニンクリアランスにはクレアチニンと男女と体重が必要である。 そんなものは電子カルテで自動計算してくれればいいのだが、デフォルトではしてくれな…

人工呼吸

読んだ。INTENSIVIST Vol.10 No.3 2018 (特集:人工呼吸器)メディカルサイエンスインターナショナルAmazonINTENSIVIST Vol.4 No.4 2012 (特集:呼吸器離脱)メディカルサイエンスインターナショナルAmazon安かったので呼吸器離脱を買っては積んでいて、某新型肺…

年収○千万円は税金で半分持っていかれる、というのは本当なのか?

ここでポチポチ入力しながら遊んでいた。 最新手取り給与計算機|手取り給与に落胆!? 知っておきたい手取りと額面の違い | ファンジョブ 税金計算というのをほとんどやったことがない。というのは確定申告くらいはしたことあるので言い過ぎだが、かといっ…

ECMO

読んだ。ECMO・PCPSバイブルメディカ出版AmazonVVECMOが扱える高度医療人()になれと言われて講習会なるものに強制参加させられたら、後日参加者宛に届いた。みなさんご存知の通り、新型肺炎が流行ってVVECMOの機会が増えている。 自分も集中治療をやる前は…

legend 内部で数式を混在させながら左揃えで2行にわたってテキストを書きたい

結論から言うと、substitute 関数を使って数式を記述し、atop を分子と分母について2行にわたって記述したいテキストに対してそれぞれ使う。ただし、分数表記でいうと微妙に高さがずれるので、atop は中央の括線を書かないので気にしない、ということにすれ…

懲役刑と罰金刑の関係

※法律素人なので懲役刑もしくは罰金刑のどちらがよい/悪いを推奨しているわけではありません。実際に刑を受ける場合は弁護士に聞いてください。〇〇年の懲役または△△円の罰金、というフレーズをときたま見かけるが、法律的に一定の指標があるのかどうか気に…

ICUのルーチン・エビデンス

読んだ。ER・ICU 100のスタンダード中外医学社AmazonCOI:著者に知り合いがいたが買ってから気づいた。 良い点:具体的な投与量や計画が載っている。大事なことは別の項目でも同じことが書いてある。 悪い点:同じようなことが書いてある。血糖管理とか同じ…

3連PCR

新型肺炎で2回PCRしたけど陰性で、でも感染症の専門家がやっぱり疑わしいからダメ押しでもう一回PCRやって、というのでやったら陽性だった と言われた。検査には感度と特異度という検査特性が存在するので、検査が陽性だからといって本当にその疾患が陽性で…

Rのshiny をweb公開したときに日本語フォントが表示されないのがlibrary(showtext) で解決しなかった

ちょっとしたアプリケーションを作って、自分以外の、Rが使えない人でもデータを入力したら出力を得られるような仕様にしたい。 そこで、R のshiny を使ってweb にアクセスしたら使えるようにするわけだが、ローカル環境で構築したshiny アプリではプロット…

新型肺炎の変異株で若年者は本当に重症化しやすいのか

結論から言うと、0.うんぬん%以内の増加は40-50歳代の年齢層であるようだが、それよりも80歳以上の高齢者での死亡率増加が大きく、かつ感染者数が増えており重症のままベッドを占拠しておりながらもすぐに死亡してベッドを空ける、というわけではないので、…

医療裁判の判例

読んだ。医事法判例百選 第2版 (別冊ジュリスト 219)発売日: 2014/03/31メディア: ムック医事法判例百選 (別冊ジュリスト (No.183))メディア: ムック医療過誤判例百選 (別冊ジュリスト (No.102))メディア: 単行本これに1989年と1976年に出た別冊ジュリスト医…

Interrupted time series analysis でARIMAを使って真面目にやる

読んだ。 Interrupted time series analysis using autoregressive integrated moving average (ARIMA) models: a guide for evaluating large-scale health interventionsInterrupted time series analysis は介入の前後でlevel(増減、つまり切片)とtrend…

医療事故の舞台裏

読んだ。医療事故の舞台裏―25のケースから学ぶ日常診療の心得作者:長野 展久発売日: 2012/09/01メディア: 単行本COI:中古で安かったので買った。別に判例集を読んでいるが、一般的な判例集とは違い、臨床経過があって、場合によってはいくらか検査値データ…

化合物の構造式を描きたい

という相談を受けた。 化合物なんてまったく扱ってないし構造式も大学入試以来描いたことがないが、こういうのはRで出来るだろうと思って調べたらあった。 ChemmineR: a compound mining framework for R | Bioinformatics | Oxford Academic ChemmineR: Che…

メタアナリシスで、サンプルサイズが最も大きいわけではないのに、weightが最大になるのはおかしくないですか?

という質問を受けた。 結論から言うとおかしくない。メタアナリシスのweight は各研究内の分散 と研究間の分散により (fixed model の場合)もしくは(random effect model の場合) で決まるから、分散が小さい、すなわち推定精度の高い研究はweight が大…

エビデンスはあるのか、というとほとんどないに等しい

読んだ。〜その麻酔管理方法にエビデンスはあるのか?〜 心臓血管麻酔Positive and Negativeリスト25発売日: 2020/09/28メディア: 単行本(ソフトカバー)COI:とあるポイントが期限が迫っていたので新品で買うはめになった3000円くらいでB5版200ページもない…

ACLS

読んだ。というかやってきた。ACLSプロバイダーマニュアル AHAガイドライン2015 準拠作者:American Heart Association(AHA:アメリカ心臓協会)発売日: 2017/02/15メディア: 単行本(ソフトカバー)特に言うことはない。 迅速挿管、という訳があったがこんな語…

判別分析の判別線がおかしい

という相談を受けた。 解析したいデータは2変数なので、例として 判別分析モデルの応用 がついてきたが、3変数の場合はirisを用いて データ解析・マイニングとR言語 もついてきて、こんな感じでやりたい、と言われた。0/1のtype は以下の線形モデルで表現さ…

Basics of Anesthesia

輪読回で後半から参加して読んだ。Basics of Anesthesia作者:Pardo MD, Manuel,Miller MD MS, Ronald D.発売日: 2017/07/10メディア: ハードカバーアメリカの制度の話にはなるが、救急やICU、オペ室の運営の仕方や労働裁量の話などがあって興味深かった。