読んだ。
A comparison of single-cell trajectory inference methods: towards more accurate and robust tools.
single cell のRNAseq などからデータを取得して、細胞分化系統樹を解析するのに多種多様な手法やパッケージが出ている。
59手法を試してみて、分化系統樹にどのような仮定をおくかをフローチャート形式にして、どういう場合にどういう手法を使うのがよいか、まで提言している。
とりあえずSlingshot, monocle, TSCAN, cellTree あたりを使っておけばよさそうである。
