今回の話 パラメーターで表すこと モデルを立てる パラメータ：本当に知りたいことを変数Xにおいてみる Xを知るために：実験しましょう。観測するのは別のこと。 X←Y（数えられるもの）：何かしらの関係振り返ってみて 塩基 X：種間の差 Y：塩基配列の違い Y…

年明けから臨床系の講義が始まり、GW明けから症候学勉強会を10回やりました。 上半期の臨床系講義としては、薬物動態・治療診学・社会医学・循環器・血液・内分泌・呼吸器・消化器・泌尿器・腎臓・神経・感染症・免疫・耳鼻咽喉科・婦人科・産科・口腔・形成…

19F 主訴 腹痛を訴え救急車で搬送された 腹痛はここ(20110706)でいうように、腹部領域別に挙げるのが主流らしいが、上半期の講義内容をふまえ、臓器別に鑑別診断を挙げてみることにしよう。 消化器疾患 ヘルニア イレウス 腹膜炎 虫垂炎 腸重積 急性膵炎 腸…

48F 貧血による全身倦怠感 貧血のアプローチの仕方 血液検査と所見 汎血球減少：骨髄系 RBCのみ減少か 小球性貧血：鉄代謝 正球性貧血：破壊亢進、生産不良 大球性貧血：核酸合成異常、分裂異常 小球性貧血 鉄欠乏性貧血（最多） サラセミア 慢性炎症（ヘプ…

42F 主訴 fatigue 医学英語で言うfatigueは、日本語で言うところの全身倦怠感、易疲労感、脱力感、労作時呼吸困難なども含む。 今回は全身倦怠感に近い主訴。 特に何も考えずに鑑別診断を挙げてみる。 更年期障害 貧血（頻度：鉄欠乏性が多そう） 心不全（全…

前々回 DNA配列比較 コーディング配列とRNA配列の評価は違う（かも） 前回 細胞に介入 タンパクの発現量を変える 表現型に違いが出るか 介入したかしないか、と表現型、を比較しているのではなくて 発現量、と表現型、の比較になっている→量的関係の回帰直線…

ここを見ていたら無性にやりたくなったこちらのネタ。 madoka<- function(M,W,C,D,B,K,F,Time){ data<- matrix(0,Time,2) data[1,1]<- M; data[1,2]<- W for(t in 2:Time){ t.counter<- t W<- W + F*W + (B-K)*M M<- M + C - (D+B)*M if((W<0)||(M<0)){ brea…

32F 主訴：悪心・嘔吐 嘔吐の原因で鑑別してみる 嘔吐中枢の直接刺激 脳出血、脳腫瘍、聴神経腫瘍、くも膜下出血 内蔵・腹膜の刺激による反射性嘔吐 食中毒、虫垂炎、嘔吐下痢症（ロタ）、GI潰瘍、GERD、腹膜炎、GI穿孔、糸球体腎炎、尿路結石 化学受容体の…

20110713 graduateschoolgenome 解析の対象を抜き出す 前回から DNAの配列 データQC 今回のデータ RNAiでタンパク発現抑制sh#1 対照shControl それぞれにH2O2を添加、生存に差があるか? 細胞の（いろんな）ストレス応答と関係があるか、ないか ストレス応答…

こちらから。 source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()

第十一章 アイデンティティの危機 identicalとequalとsame 一にして同じもの(identical)と、別物だが同等なもの(equal) identicalなものには、固有のIDを振って識別。 プログラミング的な話として、 Mathematica：を、二乗したら2になる数として扱える。 浮…

PCを替えたので、Rのパッケージ等いろいろ引き継がないといけない。 前はWindowsだったが、今回のPCはMacで、今までproxyに引っかかっていた。 対策 # 適宜入力値を変えてください。 Sys.setenv("http_proxy"="http://proxyhostname:portnumber/") よさげな…

65歳、男性 主訴：腹痛 鑑別：腹部のとこが痛いかでアプローチしてみる。 Whole 帯状疱疹 筋肉痛 ヘルニア 胃腸炎、イレウス、過敏性腸症候群、腹膜炎、腹膜垂炎 腸間膜虚血 DKA、鉛中毒、急性副腎不全 家族性地中海熱 RUQ(Right Upper Quadrant) 胆嚢炎、胆…

遺伝・ゲノム医学コースの特別講座的なもの。 実験系のデータ量はどんどん増えている。 解析屋にデータを渡して何かやってもらう、あるいは、自分で何か解析する需要が大きくなっている。 実験データを管理するのは大切。だが、どうやればうまく管理できるか…

DNA配列の違いを数値化したい。 27の標本：属ー種ー亜種と分類されている。 44の遺伝子：microRNAとtargetDNAのペア。実際は22の遺伝子ペア。 配列：500〜700塩基。 知りたいのは Q1：標本の属性の違いが遠近に関係あるか?ないか? Q2：遺伝子配列が種の間で…

第十章 第三の基数 10進法で表される数字Mを、r進法で表したとき（例えば2進法）、各桁は0か1で、これがw桁並ぶとする。 このとき、本中では効率rwを定義していた。 今日はNKメインで、各桁同じ数字ではなく、各桁をrで統一しない進法（こちら）で一般的に「…

研究科横断型教育プログラム 統計遺伝学 初回内容