doMC

RでdoMCを使ったお手軽並列計算から、doMCの使い方。 Mac、Linux、Windowsで並列計算用Rパッケージが使える、使えない、があるらしい。とりあえず今はMacを使っているのでそこらへんの検証は後回し。 install.packages("doMC") library(doMC) #計算コア数ベ…

2012-03-26

foreachとdoSNOW

foreach＋doSNOWパッケージを使って、並列処理をやってみたから、foreachとdoSNOWの使い方その1。 install.packages("foreach") install.packages("doSNOW") library(foreach) library(doSNOW) #基本系（返却値リスト） foreach(i = 1:3) %do% {sqrt(i)} #.c…

2012-03-26

使うCPUはいくつがいいのか

こんな質問があったので、これを改変してみる。 aaa2<-function(x){ mean(rnorm(100)) } elapsed.time <- matrix(0, 8, 2) colnames(elapsed.time) <- c("single", "multi") for(i in 1:8){ cl<-makeCluster(i, type="SOCK") clusterExport(cl, "aaa2") elap…

2012-03-26

snow

Rで並列処理 (snowライブラリ)から、パッケージsnowの使い方その1。 install.packages("snow") library(snow) #localhostに2個のノードを割り当てられます。 cl <- makeSOCKcluster(c("localhost", "localhost")) #試しにgetwd()でそれぞれの環境のカレント…

2012-03-26

並列計算をやる

とにかく、並列計算をしたいけど、スクリプトをどう書けばいいかわからない人（自分のことだが）用に、いくつかのサイトからスクリプトを集めてきた。勝手に転載してます。何かあったら言ってください。環境 Mac OS X 10.6.8 2.4 GHz Intel Core 2 Duo 8 GB…

2012-03-26

どうすればRで並列計算できるのか〜そもそも並列計算って何？

という訳でまず先生の記事から。snowパッケージというものがあるらしい。うん、なるほどわからん。こちらにもまとめてある。うん、なるほどわk(ry。毎度おなじみのR wiki先生とグーグル先生に聞いてみる。そもそも、並列計算とは何か、という話なのだが、…

2012-03-26

並列計算したい

計算量が多くなってきた。最近、並列計算というのが流行っているらしい。今までは、Rコンソールとターミナル（コマンドプロンプト）でRを複数起動させて、loopを適度に分割して計算していた、という超アナログ手法だった。そんなことしなくてもRにも実装…

2012-03-26

Rで並列計算

R 並列計算高度情報化 Rを使いこなす

並列計算したいどうすればRで並列計算できるのか〜そもそも並列計算って何？並列計算をやる snow 使うCPUはいくつがいいのか foreachとdoSNOW doMC

2012-03-25

Isotonic regressionの高速化

R Rを使いこなす

Isotonic regressionを扱っている。制約条件行列の作成で、行列が大きくなると時間がかかるので、for loopをなんとか回避して関数の高速化を行った。 library(quadprog) #for loopの関数 f1 <- function(Mat, multiple=3){ N <- nrow(Mat) # 観測用量点の数…

2012-03-19

randomForest関数

R 統計 Rを使いこなす

randomForest Random Forests不徹底入門 NA not permitted in predictors Can not handle categorical predictors with more than The response has five or fewer unique values