2012-04-01から1ヶ月間の記事一覧

初音ミク ミクパ・大感謝祭DVD/BD発売決定

ディーヴァステーションより、20120309に行われた初音ミクライブのDVD/BDが出るぞ。 光の速さでポチった。[初音ミク]ミクの日大感謝祭 2DaysコンプリートBOX(初回受注生産限定盤) [Blu-ray]出版社/メーカー: 角川書店発売日: 2012/08/29メディア: Blu-ray購…

Mac OSXのRで日本語をプロットしたい

R13.2なのだが、Macでプロットするとき、日本語がたいてい化ける。 テキストエンコーディング?なにそれおいしいの?という情弱っぷりなので、グーグル先生に聞いた。 R、日本語、プロット、なんかでググるとたくさん出てきた。生態学のデータ解析 - R 作図の…

下腿浮腫(担当AY)

40F 下腿腫脹 鑑別 病態が浮腫のもの 心不全 肝硬変など肝不全 甲状腺機能低下症 甲状腺機能亢進症 病態が灌流障害のもの 抗リン脂質抗体症候群(血栓傾向) 悪性腫瘍、特に女性器腫瘍 脂肪肉腫(頻度は低い、特に中年男性) DVT フィラリア、リンパ水腫 病…

情報サイト

よくまとまっているサイトや情報を得たサイトをまとめる。 解析系 (Rで)塩基配列解析(主に次世代シーケンサーのデータ)(門田幸二) お家でできるMac Bookでやる次世代シーケンスデータ解析(緒方法親) batmanとその解説、説明書、論文 MEDIPSの説明と論…

はじめに

NGSのデータがあるけど、どう解析しようか困っている人はたくさんいるかもしれない。少なくともオレは困っている。グーグル先生に聞いたり論文を読んでいるふりをしたりした結果、辿り着いたことを記して、他の人の役にもたってくれたらそれはとってもうれし…

Next Generation Sequencer Analysis for DNA Methylation

次世代シークエンサー(以下、NGS)を使ったメチローム解析をやりたいメモ。 適宜追加する方針だが、まとめがこのページになればいいな。1. はじめに 2. 情報サイト

MIKUセミナー 石けん膜の数理

数学セミナーの5月号。 話題は表面張力。 1円玉を複数枚、水面に浮かべると、何枚か集まって細密充填構造になるか、壁に寄る。 コインの重さで若干沈んだ水面が等高線を作って、そこに表面張力が働くのだろうが、コイン同士が寄ることで、この等高線が一部融…

MIKUセミナー 世界地図の数理

数学セミナー4月号の記事。 不動点について。 世界地図を2枚用意して、1枚は広げ、一方はくしゃくしゃにして広げた地図の上に放り投げる。 すると、広げた地図とくしゃくしゃに丸めた地図で、上から見て対応する座標はただひとつしかないらしい。 生物学的な…

数学セミナー 連載記事『自分で作る現象数理』

MIKUセミナーで扱うテーマ一覧 第1回「世界地図の数理」2011 Apr 第2回「石けん膜の数理」2011 May 第3回「坂道の数理」2011 Jun 第4回「ブランコの数理」2011 Jul 第5回「指数的増殖と頭打ちの数理」2011 Aug/Sep 第6回「突発的変化の数理」2011 Oct …

スクリプト

シンプレックス法を行ったlp.assign関数とlpSolveパッケージ。 lp.assign function (cost.mat, direction = "min", presolve = 0, compute.sens = 0) { if (!is.matrix(cost.mat)) stop("Matrix of costs required.") if (is.data.frame(cost.mat)) cost.mat …

並列化

前に並列化を試みたときはうまく出来なかったが、今回うまく並列計算できるようにプログラムが書けた。 コツとしては、とにかく1回のシミュレーションでやることを function(){ ~ … } に収めてしまうことだろう。例えば、既に読み込んでいるからといって a <…

誰と同じグループになるか

誰と一緒になるか非常に気にしていた人がいるので(オレもだが)、シミュレーション結果から考える。 10万回の結果から、どのコースに割り当てられるかが求められるので、その結果からクラスタリングした。 ふたりを選んだ時、全く一緒のグループにならない…

シミュレーション

1回シンプレックス法を行うと、全体としての最大値を返してくるが、最大値を取る割当の仕方はひとつではない。 これを10万回繰り返し、割り当てられたコースを記録した。 コースが決まると、自動的に小グループが決まることになるので、これも記録した。 シ…

データの集計

データの集計法は前に書いた通り。 110人の学生のうち、12人は優先的に選べ、コースを確定させた。残りの98人からデータを取った。 こんな感じの行列データが得られた。余裕があったら公開したい。 図はコースの希望の多さである。x軸にコース番号、y軸に希…

シンプレックス法を用いたコース割当シミュレーション

シンプレックス法を用いて、学生に対して実習コースを割り振る、ということをした。 今回、実際にアンケートをして、学生から希望を集めたので、それを使っていろいろやってみる。 データの集計 シミュレーション 誰と同じグループになるか A希望の数はA希望…

A希望の数はA希望のなりやすさに影響するか

A希望は5つ以上記入する約束で、6つやそれ以上書いている人がいた(実は不備で4つの人もいたが)。それによってA希望になりやすくなったのか、なりにくくなったのか考える。 A希望の数が4つ、5つ、6つ以上で分けて、多群検定を行った。 Pairwise comparisons…

みくみくにしてやんよ

昔、ロゴを作った。 あれからリベンジとして、アイコンを作ろうと思った。しかもアニメーションで。 素材はこのブログからいただいた(使用許可をいただきました20120404)。 やり方としては、エクセルで数値をちまちま入力して、値に対応した色を振り、Imag…