CafeMol はMDシミュレーションを行うツールのひとつ、らしい。CafeMol をインストールしたフォルダで作業する。 ./cafemol ./example/sh3/sh3.inp でいきなりMDシミュレーションができる。その前にインプットファイル ./example/sh3/sh3.inp を以下のように…

タンパク間相互作用はMEGADOCKを用いて計算できる。PDB ID:1PPE という複合体とかいうタンパクのドッキングをサンプルとして行う。データはこちらから入手して解凍したら tutorial というフォルダがあるのでここで作業する。 MEGADOCKはノートPCからスパコン…

sudo apt-get update sudo apt-get upgrade sudo apt-get install emacs sudo apt-get install pymol sudo apt-get install g++ sudo apt-get install gfortran sudo apt-get install python2.7-dev sudo apt-get install python-numpy sudo apt-get install…

タンパク質間相互作用と分子動力学法をやるプログラムの簡単なセミナーに出たのでやってみる。 たぶん日本語のブログでは初の記事ではないかと制作者も言っていた。 必要なプログラムのインストールは一番下。推奨OSはUbuntu 12.04 LTS。 リリース 12.04 (pr…