EBImageといえばこれだったが、図に文字を描けるdrawtextが使えなくなっていたのでヒートマップにゴリ押しした結果がこちら。 library(EBImage) # システムファイルからサンプルデータを読み出す。 nuc <- readImage(system.file("images", "nuclei.tif", pa…

spsurveyで日本地図を描くのだが、沖縄だけ遠いから絶妙に日本海側に描く方法をゴリ押しした。 library(spsurvey) jpn_GA <- read.shape("JPN_adm/JPN_adm1.shp") # 日本全体の設定 xl <- c(129, 146) yl <- c(30.8, 45) cols <- bluered(100) lmat <- matri…

文章がいくつかあってなんか面白いことできないかと聞かれたのでwordcloudはどうですかと言ったものはいいが、やったことがなかったのでやってみる。 wordcloudでできる。 library(wordcloud) library(tm) data(SOTU) corp <- SOTU corp <- tm_map(corp, rem…

昔、Mac OSXのRで日本語をプロットしたいという話で、.Rprofileをいじくってどうこうやったが、こんな面倒なことできれば避けたいし、共用PCなどでそういった設定をいじるのが難しげなときに、コマンドでできるらしい。 png("test.png") par(family="HiraMar…

クロス集計などで行列を作ったとき、「エクセルみたいに棒グラフ並べたやつ作ってよ」と頼まれたので探したらepadeパッケージでできるようだ。 persp関数と違って視野をうまくまわせないっぽいので引数のxwとzwをなんとかいじくってごり押しする。また、ラベ…

viSNEという、FCMデータのような高次元データを低次元に削減する手法を知ったのでやってみる。 Nat Biotechnol. 2013 Jun;31(6):545-52. キモとしては、t-SNEと呼ばれる次元削減法で、多次元データの中でとが似る確率と、次元削減データの中でとが似る確率を…

SPADEが使いやすくなったので、二次元キャラのプロフィールデータを多次元データとみなして、年齢とプロフィールがどう変わっていくのかをながめた。 グラフレイアウトが前回と変わっているが、左上がロリで右下が年を取っていっている感じ。年齢の作用が強…

SPADEを昔やったけど、免疫システムの多次元データ解析という総説があって、「FCSの高次元データ、とりあえずSPADE使ってみなよ」的なことが書いてあったのだが、BioconductorのSPADEはFCSデータ専用感が満載なので、行列データが生で存在していても使えるよ…