2014-01-01から1年間の記事一覧

Cuzick test

読んだ。 N Engl J Med. 2014 Jun 18. N Engl J Med. 2014 Jun 18. どちらの論文も、APOC3というアポリポ蛋白の話で、これの機能欠失型変異ではTGが低めでHDLが高め、結果として血管病変や心疾患が減る… その中の解析でCuzike testというものを知った(Stat M…

素数を数える

ごちうさ10話で、ココアが素数を数えている。 9649, 9661, 9677, 9679, 9689, 9697, 9719, と1192〜1198番目の素数を数えている。 素数ひとつあたり1〜2秒かかるとしても、1時間もかからないので勉強する時間はそんなに減ってない。 勝負して勝てるかどうか…

妊娠週数と推定胎児体重

読んだ。 Obstet Gynecol. 2014 Jul;124(1):16-22. 最初の推定曲線はPediatrics. 1963 Nov;32:793-800.に出たものらしく、いまは1991年のデータObstet Gynecol. 1996 Feb;87(2):163-8.を参照している。で、2011年に集めた新しいデータでやってみたらしく、デ…

Rstanのインストール

巷で話題のRstanをインストールだけしておいた。 OSはubuntu 12.04 LTS. なんか困ったらhttp://heartruptcy.blog.fc2.com/かAnalyze IT.を見れば問題ない。 # 依存関係 install.packages("inline") install.packages("Rcpp") install.packages("coda") # あ…

アンダーバストを推定してブラのカップサイズを予想する

こんな画像が送られてきた。 これのアンダーバストってどう推定してるの?と聞かれたのでぐぐってみると、乳関数というものが存在しているらしい。説明によると、身長にたいする比率として、理想的なスリーサイズが決まる。胸の大きさはトップとアンダーの差…

Bioinformaticsの最新手法 Wanderlust: Trajectory detectionで女の子の成長度を定量化する

Wanderlustという手法がある(Cell. 2014 Apr 24;157(3):714-25.)。Trajectory detectionともいう。どちらで呼べばいいかはようわからん。 FACSデータのような高次元データに対して、SPADEやviSNEなどのように、適当にデータ量を削減しながら、分化系統樹が作…

STAP細胞が見つかるまでひたすら適当な細胞を生成し続けるプログラム

が話題なのでRでやっといた。 stap <- "STAP" tmp <- "" t1 <- proc.time()["elapsed"] while(tmp != stap){ tmp <- paste(sample(LETTERS, size=4, replace=TRUE), collapse="") print(tmp) } t2 <- proc.time()["elapsed"] paste("STAP細胞の作成に", roun…

相関係数が0.18でしたが

検査値Xによって、臨床的アウトカムYが変化する、という図で、こんな感じの図が出てた。 n <- 25 # 標本数 correlation <- 0.18 # 結果の相関 niter <- 100000 # シミュレーション回数 x <- replicate(niter, runif(n, min=5, max=9)) # X変数の取りうる値か…

対応のある分割表 McNemar検定

急性期の脊髄損傷患者にメチルプレドニゾロンを高用量投与するのが有用かどうか、DPCのデータベースからデータを取ってきてPSマッチングにより解析した論文を読んだ。 Emerg Med J. 2014 Mar;31(3):201-6. 結論としては、高用量メチルプレドニゾロン(> 5000m…

種田梨沙が出演すると百合アニメか? Propensity score match による検討

種田梨沙にはまっている。最近ではご注文はうさぎですかのリゼのバイトする姿やお着替えシーンでブヒったり、極黒のブリュンヒルデの寧子のおっぱいのほくろがどうなってんのか小一時間観察したりと楽しい日々である。 そんな種田梨沙だが、ゆゆ式の縁あたり…

Propensity score analysis の sensitivity analysis

Propensity scoreをやってみたわけだが、観察研究を事後解析的になんやかんやするので、観察して得られたパラメータしか持っていない。 その限られたパラメータから、治療が行われる確率としてPSが計算されるので、もし、このモデルに組み込まれておらず、か…

Propensity score matching をやってみたわけだがうまくいかなかった

Propensity scoreを勉強したのでやってみる。 JAMA. 1996 Sep 18;276(11):889-97.のRight heart catheterization datasetを使う。 Propensity scoreに必要なRパッケージについてと、スクリプトはそれぞれリンクから適当にパクる。 結論からいうと論文入手で…

●REC サンプル を真面目に考察する

●REC サンプルという創作マンガが話題になっていた。 清い心を持っていれば話のオチは当然のごとく分かるのだが、この患児がなんの手術を受けるのかを考える。 【画像】この女子小学生漫画でお前らの心がどれだけ汚れてるかわかるぞーwwwwww 12歳、女…

Propensity score

Propensity Scoreというものを知った。近年Propensity scoreを使った報告がめっちゃ増えている。 医学研究において最強の比較試験と言われているのが、RCT(Randomize Control Trial)と呼ばれる研究である。 これは、研究計画のプロトコールを満足する患者が…

低水準関数

Rでプロット画面を充実させたいとき、 par(new = TRUE) で上書きしていくスタイルと、低水準関数と呼ばれるお絵かき関数群でプロットに付け足していくスタイルがある。 ダメ出し:par(new=TRUE) は使わないという話があって、これはどういうことかと質問され…

多変量での検定

こんな感じのデータで検定できるかどうか聞かれた。 データの意味としては、O群とC群で画像のズレがx軸とy軸でとれるらしく、2群で差がありそうなことを言いたいらしい。 多変量に拡張された平均値の差の検定としてWilks検定があるらしい。RではMANOVAででき…

膠質浸透圧がTPで近似できるらしい話

読んでる。ジェネラリストのための内科診断リファレンス: エビデンスに基づく究極の診断学をめざして作者: 上田剛士,酒見英太出版社/メーカー: 医学書院発売日: 2014/02/10メディア: 単行本この商品を含むブログ (2件) を見る 非心原性肺水腫のMEMOで、膠質…

意識高すぎて休日にword2vecをいじるしかやることなかった

word2vecという、ニューラルネットワーク的なことを用いて文書集合からコーパスを構築して、単語のベクトル演算ができるようになる手法があるらしい。 艦これ加賀さんから乳を引いてみるという話を聞いてスゲー!!ってなったので、Twitterでやってみたとか英…

課金してURカードが引けないときの引き際

昔、リボライブをしてURカードを全種集めて、なおかつ2枚集めて覚醒させるのにどれくらいお金がかかるかをやったけれども、適度に課金するライトユーザーなら、なんでもいいからURカードが欲しいと思うだろう。 公式では50個のラブカストーンで1%の確率でUR…

スクフェスのRが出る確率

スクフェスでRカードに新規絵が出たらしく、友情ポイントも余りまくっているので使った。 10回勧誘が100回以上できるくらいにポイントがあったけど、練習していたらお金が尽きたので50回の10回勧誘、つまり500回ガチャをした。 で、31人Rカードが出たので、5…

ぼくのかんがえた さいきょうの おくすり

「偏差値の低そうな学校名」に関する考察とぼくのかんがえた さいきょうの せいゆう キャスティングを丸パクリして、薬品名から最も価格の高いおくすりを創りだす。 診療報酬情報提供サービスの医薬品マスターをダウンロードする。 R上で薬品名をアイウエオ…

PCの修理

WindowsのOS更新でWindowsもubuntuも起動できなくなるという事態に2回も見舞われて、結局HDDぶっ壊して修理に出すはめになった。 Let's Note CF-SX1GEBDR (HDD 500GB) パナソニック公式修理 保証期間が切れていたので聞いてみたら、HDD交換だけで52500円だっ…

ubuntuのセットアップ

PCが壊れて往生したので今更ながらubuntuのインストールについて書く。 ubuntuのインストールメディアを取ってくる。 16GBくらいある適当なUSBを買ってくる。 USBにデータを移して、unetbootinとUniversal USB InstallerでUSBからOSインストールできるように…

Rで始めた医学・統計学・Bioinformatics

という本を書いた。Rで始めた医学・統計学・Bioinformatics作者: Med_KU出版社/メーカー: Med_KU発売日: 2014/03/17メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見るアマゾンKDPから買うと文字化けするため、こちらでは買わず代わりにとらのあなかMelon…

問題なんか何もないよ✧ヾ(❀╹◡╹)ノ゙

ケッコー結構いけるもんネ(*≧o≦)b❤ 失敗だって笑顔でさぁ!☆♡ヾ(*'∀`*)ノ♡ キミと一緒(/≧∇)/\(∇≦\)/♪♡ 乗り越えて行こう✧:.゚٩(๑>◡ きんいろモザイクOPテーマ Jumping!! より。 桜Trick 10話で、楓とゆずとモブの3人が大縄跳びを1000回飛んでいた。 長縄…

えっ?このブログやめるの?

たぶんブログ更新は続く。

今後何をしたいか

ソーマ君は2巻の読み切りでこんなことを言ってました。 数限りない食材と 数限りない調理法 俺は全部を試してみたい 料理ってものを食い尽くしてみたい! 生き急いでもそれでも足りない 遺伝学で近年、NGSだとかGWASだとかで、各個人のゲノム構成の細かな差異…

退学しました

とか退職しましたとか、年度末になったらこういうタイトルのエントリが増えてはてぶ増えてやった−なんていうのが多いけど、ぶっちゃけこれは釣りタイトルである。が、学舎を退くという点では間違っていないので書く。 長い3行、という人には、要約すると ニ…

電子書籍化

texで書いているものを電子書籍化するのに、epub形式にしないといけないと思っていたらhtmlでもいいらしく、pdf2htmlEXでいけた。これならepsをpngにするという作業もいらず、pdfそのままのレイアウトでhtmlで閲覧できるのでこれで勝つる!! # ubuntu でのイ…

非適合アプローチによるスクリーニング

昔、HIV検査で適当数混ぜてプールして、陽性になったプールだけ再検査してHIVを見つける、というようなことを書いた。 これは適合アプローチと言われるらしい。 情報系の人と話していて、非適合アプローチということを聞いた。概念としてはHIV検査を受けた人…