読んだ Behav Ecol Sociobiol. 2007 Dec;62(2):245-253 dimorphic allometry という二形性の成長を見ていて、その変化点らしきところを推定する。 論文ではT. dichotomus septentrionalis と呼ばれる、いわゆるカブトムシの体の大きさ(body) と角(horn) につ…

読んだ Nature (2016) doi:10.1038/nature18294 PD1/PDL1 系の薬剤は高いので、それが良く効く患者集団を選びたいというのが最近のトレンドｫ!!! 3' 側のUTR がないことで、PD-L1 の発現があがり、それによって免疫機構から逃れるPD1/PD-L1 axis がクッソすご…

物体をいじって球にしている。いま、球になった物体があるとして、これを2次元平面に展開して眺めたい。 地球儀が世界地図になるメルカトル図法みたいな感じ。 もとのうさぎは、各頂点の(離散)ガウス曲率にしたがって色付けしてある。正なら赤、0近くは灰色…

windows 10 よりもさらに凶悪な仕様である。 そもそものモチベーションは、rstan を使おうと思ったらまったくインストールできない。 以前はcran に登録されていなかったので、devtools からrstan サイトを指定してうんぬんかんぬんだったが、現在ではinstal…

体積と表面積の計算をRではなくcpp のままやれば速いということで、Eigen の協力をあおぐわけだが、Eigen の行列式は使うのが少し手間が必要で、Eigen/LUもinclude する必要がある。 matrix.determinant() で求められる。

物体の体積と表面積を計算したい。 三角メッシュ化されていれば、表面の三角形を足せば表面積はどうにかなる。 問題は体積。 The GNU Triangulated Surface Library(GTS)というもので計算できるっぽい。 sudo apt-get install libgts-dev Python でも使える…

四元数の内積が欲しかったのでメモ。 四元数は2つの虚数単位, , (), と4つの実数, , , を用いて と書ける。これを実数部分(スカラー部)と虚部(ベクトル部)に分けて とも書く。 いま、ふたつの四元数, について、積は となる。 計算して確かめる。三角形の面…

普通に三角形を構成する頂点のガウス曲率の平均で三角メッシュのガウス曲率を計算した。 平均曲率よりも曲面上の凹凸をより細かく表現できているっぽい。というのも平均曲率よりも自由度が高いのでそうなのだろう。 tapply を使うよりmatrix にしてcolMean …

読んだ。BMC Cell Biology201011:24 細胞の移動追跡を自動化してやってくれるソフトウェアTime Lapse Analyserの話。 マニュアルでやると細胞全体はもちろんチェックできないし、代表的な20細胞を選んでtracking してもらったら軒並みAMD (average mean dist…