2020-03-01から1ヶ月間の記事一覧

新型肺炎COVID-19の重症化率を推定する

読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19 の潜伏期間をrstanで推定する

読んだ。 Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. - PubMed - NCBI最初に武漢で肺炎が発生したときに、88症例について感染履歴を聴取して、ワイブル分布で潜伏期間を…

新型肺炎COVID-19の感染力R0を推定する

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…

rstanで自分で定義した確率分布からサンプリングする:Johnson's SU 分布

本当はこの通りにしたかったが、自作関数のサンプリングが遅すぎたので先に正規分布normalからのサンプリングがvectorかひとつひとつかtargetかで変わるのかを検証していた。 結論から言うと組み込みのvector型サンプリングは速いが、自作関数はひとつひとつ…

rstanでの確率分布からのサンプリングの速さを比較する

rstanで自作関数、というかrstanに実装されていない確率分布からサンプリングをしたくてコードを書いていたが、その前にコードの書き方でサンプリングの効率というか速さが違うので速くなる書き方をしよう、という検証。 結論から言うと、実装されている関数…

臨床に直結しそうで、ベッドサイドですぐに役立ちそうなエビデンスはぶっちゃけ書かれていない

読んだ。臨床に直結する集中治療のエビデンス―ベッドサイドですぐに役立つリファレンスブック発売日: 2013/03/01メディア: 単行本COI:定価は高かったけど古くなったのでくっそ安くなってたので買って積んでた。読み始めてから知り合いがいたことに気づいた…

こういうことだったようだ:酸素療法・NPPV・CHDF

読んだ。こういうことだったのか!! 酸素療法作者:小尾口 邦彦発売日: 2017/04/19メディア: 単行本(ソフトカバー)こういうことだったのか!! NPPV作者:小尾口 邦彦発売日: 2017/07/19メディア: 単行本(ソフトカバー)こういうことだったのか!! CHDF作者:小…