という相談を受けた。 化合物なんてまったく扱ってないし構造式も大学入試以来描いたことがないが、こういうのはRで出来るだろうと思って調べたらあった。 ChemmineR: a compound mining framework for R | Bioinformatics | Oxford Academic ChemmineR: Che…

こんな感じのデータを見た。 基本的に痛み止めとして処方されている量から、急に痛みが出た時の頓服量(レスキュー)を知りたいわけだが、データがこんな感じなので予測ができず、タイトレーションは適宜やってみて決める、という話。 相関係数がなぜかspearma…

SKATという手法があるらしい。 kernel methodというなんとも中二病的ネーミングの手法を用いて、レアバリアントがどうたらこうたら言っていたがちょっと追いつけなかった。 SKATをやってみる。 昔やったロジスティック回帰をやると library(SKAT) data(SKAT.…

1種類の薬剤を加えて、用量反応曲線を描いてきた。 世界的には2剤以上併用して、相乗効果があるかどうかを調べたい人がいるらしい。 臨床的には、例えば、悪性リンパ腫治療としてのRCHOP治療など、作用機序が異なる薬剤を少量ずつ使用することで、副作用を軽…

用量反応曲線を描いているのだが、複数の曲線からそれぞれEC50を得たとき、比較したい。 よくある(?)手法として、EC50のSDを求めて、それが曲線間でかぶる範囲があるかないかで差を判定する、という手法があるらしいのだが、これが頭の中で物議を醸していた…

こちらから。 IsoGeneパッケージを導入する。 IsoGeneを取る前に、Bioconductorのaffyパッケージを入手する。 ・Windowsの場合 Rconsoleの上のタブで、パッケージ->リポジトリを選び、小窓のBioC softwareを設定する。 その後 install.package("affy") insta…

こちらの続き。 データはこちらから。 曲線で囲まれる斜線部の面積を求めてみる。 という関数なので、与えられた濃度で積分してみる。 ただし、x軸は常用対数であることに注意して conc<- c(0.01,0.03,0.1, 0.3,1, 3,10, 30,100,300,1000) resp<- c(1,1,1,7,…

今やっていることで、用量反応曲線の漸近線の有無を評価したい。 毎度おなじみ、こちらのデータを使って漸近線について考えてみる。 用量反応曲線を書くために、R上では以下のロジスティック曲線を推定している。 微分係数が0のとき、傾きが0という高校数学…

こちらの続き。 決定係数を出したかったのだが、drm関数中にはなさそうなので自作する。 n個のデータがあって、とすると ：決定係数 ：実測値 ：回帰による推定値 ：観測値の平均 より と定義されるらしい。 パラメータの数により、上の決定係数の定義は良く…

用量反応曲線（Hill's curve?）を描くことになった。 だがしかし、グーグル先生に聞くと、いろいろ引っかかる（これとかこれ）けれども、用量反応曲線を描いた人はなかなか引っかからない。 というわけでやってみる。 実は昔やろうとして挫折していた。ここ…

Pythonを使ってファイル操作、文字列の抽出の練習。 公共のデータベースから Send to > File > Format; Synonyms(txt) > Create File で、pcsubstance_result.txtというファイルを入手しました。 簡単に中身 1. ZINEB; zinc ethane-1,2-diylbis(dithiocarbam…

先生のメモ 経済協力開発機構（OECD）毒性試験ガイドライン 遺伝毒性試験（癌原性試験）についてはp554から。 エームス試験の感度・特異度評価。 p5のtable4 生物学的安全性試験の基本的考え方に関する参考資料について 細胞毒性については、p7から陰性対照…