LINUX
この記事はRStudio Advent Calendar 2016 の9日目の記事です。 Rstudio、使ってますか? 私は使っていません。 インストールはしてあります。Rstudio を使う利点は、OS が異なっても統一された解析環境を用意できることです。R 初心者にR を使ってもらう時に…
というよりPC 環境全般の話。 スクリプトを書いている。 しかし、マウスGUI ユーザーなので残念ながら腱鞘炎になってしまった。 通常のマウスをやめてトラックボールにしたが、母指IP 関節が半端無く痛い。 というわけで利き手とは逆の手にマウスもおいてい…
球面調和関数をやりたいがRではいいものがないのでPythonでやった結果をrPython を使ってRでゴリ押し計算するやり方。R を投げ捨ててPython に移行したかったが、結局R でやっちゃう。 rPython について知りたければ下にスクロール。 球面上の離散的な分布を…
windows 10 よりもさらに凶悪な仕様である。 そもそものモチベーションは、rstan を使おうと思ったらまったくインストールできない。 以前はcran に登録されていなかったので、devtools からrstan サイトを指定してうんぬんかんぬんだったが、現在ではinstal…
いつもの調子でubuntuをインストールしたけれども、ネットがつながらないので悪戦苦闘した。 UbuntuでNICを認識しない場合の対応 ifconfig lo Link encap:ローカルループバック inetアドレス:127.0.0.1 マスク:255.0.0.0 inet6アドレス: ::1/128 範囲:ホスト…
図と表をminipage で並べたいとき。 プリアンブルに書いて \makeatletter \newcommand{\figcaption}[1]{\def\@captype{figure}\caption{#1}} \newcommand{\tblcaption}[1]{\def\@captype{table}\caption{#1}} \makeatother figure でやる。 \begin{figure}[h…
Caffeがはやっている。 画像認識系のDeep learning をするときにいい。というのはこちらに書いてある。 環境は ubuntu 14.04 GPUはない!! インストールはこちらやこちらを参考にコピペするだけ。 ハマったことその1：CPUモード CaffeはGPUがないボンビーにつ…
中古レッツノートが安かったので購入して、SSDに換装した。 こちらを参考にしたらドライバー1本で換装可能である。SSDについては東芝製のものが評価が高いようだが、Crucial のものも相性的にはよさそう(これとかこれとか)ということで買った。 7mm SSDはレ…
GF(仮)を見てる。 クロエ・ルメールのようなニーソキャラが好きなのだが、これをどうにかキャラプロフィールから推定できないか…と思っていたら MNIST手書き文字データをdeep learnignで分類するっていう、あの有名なやつを、Rパッケージであるh2oでやる、と…
これとこれ(取り下げになってるけど)に触発されて次の声優統計ネタにしようと思ってやってみる。 Twitterの投稿時間分布が似ていれば、生活習慣が似ているだろうし、アフレコとかラジオとか仕事がちょっとはかぶっているだろうし、男と女の関係を邪推したり…
Twitterから声優のtweetをひたすら収集するプログラム。 昔やったときは直近200tweetしか取れない、と思っていたら、ID指定でそこからさかのぼれることが判明した。というわけでIDごとにループするようになっている。 連続で取得しすぎるとAPIで弾かれるらし…
声優さんのTwitterアカウント一覧.comのトップページを保存してhtmlテキストからアカウント名と声優名を取ってくるPythonスクリプト。 twitter_cv_list.txtというcsvファイルができる。 2014年10月15日現在で女性266人、男性122人取得した。 import re # inp…
sentence2vec 動かした - laughingのブログに触発されて、昔やったword2vecの拡張版っぽいやつのsentence2vecをやってみる。 最近メタアナリシスに忙しいので論文は全く読まずにライブラリを使ってやっちゃうダメなやつである。 コーパスはとある医療系テキ…
こちらとこちらを参考に、pdftk というコマンドで色々できる。
巷で話題のRstanをインストールだけしておいた。 OSはubuntu 12.04 LTS. なんか困ったらhttp://heartruptcy.blog.fc2.com/かAnalyze IT.を見れば問題ない。 # 依存関係 install.packages("inline") install.packages("Rcpp") install.packages("coda") # あ…
PCが壊れて往生したので今更ながらubuntuのインストールについて書く。 ubuntuのインストールメディアを取ってくる。 16GBくらいある適当なUSBを買ってくる。 USBにデータを移して、unetbootinとUniversal USB InstallerでUSBからOSインストールできるように…
という本を書いた。Rで始めた医学・統計学・Bioinformatics作者: Med_KU出版社/メーカー: Med_KU発売日: 2014/03/17メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見るアマゾンKDPから買うと文字化けするため、こちらでは買わず代わりにとらのあなかMelon…
texで書いているものを電子書籍化するのに、epub形式にしないといけないと思っていたらhtmlでもいいらしく、pdf2htmlEXでいけた。これならepsをpngにするという作業もいらず、pdfそのままのレイアウトでhtmlで閲覧できるのでこれで勝つる!! # ubuntu でのイ…
UbuntuでPythonを使っていてイラッ☆とくるのが、Rみたいにタブキーで入力補完ができないということ。 だとしたらこれ、絶対解決に乗り出している人がいると思ったらいた(1, 2)のでやってみる。 Ubutuなら /etc/python.xxx/ に sitecustomize.py というスクリ…
GRAALをもう一回真面目にやってみる(Cancer Inform, J R Soc Interface, Bioinformatics)。 アルゴリズムとしては、ふたつのネットワークとについて(のほうがノード数が少ない)、内のすべてのノードを、内のノードに完全に一対一対応させることを目的とする(…
GRAph ALigner Algorithm (GRAAL) (wiki)という、ネットワーク同士の相同性(align)を計算してくれるアルゴリズムがある。 # graph 1 edgelist 1 3 1 4 1 6 4 6 5 6 # graph 2 edgelist 1 3 1 4 1 6 2 3 2 4 4 6 5 3 これらを gw format に変換する。 # ター…
タンパク質間相互作用と分子動力学法をやるプログラムの簡単なセミナーに出たのでやってみる。 たぶん日本語のブログでは初の記事ではないかと制作者も言っていた。 必要なプログラムのインストールは一番下。推奨OSはUbuntu 12.04 LTS。 リリース 12.04 (pr…
Rでよく svg で出力するのだが、これを png や tiff に変換したいことがあってどうしようかと思ってたら、コマンドでできるらしい。 Batikから batik-1.7.zip (20121112最新)のソースをダウンロードしてきて、ホームディレクトリかどっかにおいて解凍してお…
CPUの温度が調べられると教えてもらったのでやってみる。 sudo apt-get install lm-sensors sudo apt-get install hddtemp エラーが出まくったのでこの2つがあればいけるっぽい。 sudo sensors acpitz-virtual-0 Adapter: Virtual device temp1: +51.9°C (cr…
MeCabの辞書を充実させて、名詞、特に人名が途中でぶった切られる事態を回避したいという話。 MeCabの辞書にはてなキーワードを追加しようを参考に、はてなキーワードの登録単語ライブラリをパクってきてMeCabユーザー辞書に入れる。 データはHatena Develop…
LDAをやってみたわけだが、それなら初音ミクの歌の解析をしたいと思い そうしたら初音ミクの歌詞のデータベースがあるらしいのでそこから歌詞を抽出しようと思って そうしたら投稿日やP情報も取れることに気づいたので、時系列解析や共演関係などのネットワ…
RでやったらPythonでもやってみたくなる。 ここからパクった。 print で出す方法もあるみたいだがとりあえず progressbar モジュールを使ってみる。 from progressbar import * widgets = ["progress:", Percentage(), Bar()] maxval = 1000000 pbar = Progr…
データを取得したわけだが、ここから病院紹介文や給与などを抽出しよう。 まず、作業ディレクトリpmet2013を作り、そこにhtmlファイルがたくさんあるとする。 保存したファイルと病院名を取得する。 #ターミナル ls *html > hospital.txt HTMLファイルにはい…
卒後医師臨床研修という制度が、文部科学省のお達しである。 全国の医学生はマッチングと呼ばれるアルゴリズムによって就職活動を行う。このシステムはマッチング協議会によって行われる。 これはいわゆる就活なので、医学生たちは病院見学に行ったり実習に…
文章の解析で形態素解析というものがあるらしい。 ググればソフトウェアがいくつか出てくるが、その中でMeCabというものが使いやすそうだった。 JUMANはUbuntuターミナル上でのエンコーディングの問題で文字化けが解決しなかったのでMeCab推しでいこう。 イ…
