トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム・バイオマーカー・診断基準、転写・翻訳多様性

ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム・バイオマーカー・診断基準、転写・翻訳多様性
だったのだが、前回の進捗の都合でメタアナリシス。
 
ケースコントロールスタディとオッズ比
\begin{matrix}&AA&Aa&aa\\case&49&42&9\\control&25&50&25\end{matrix}
アレルAとアレルaのふたつのオッズ比が出る。
簡単にするためなにかひとつの数にしたい。
無理やりなんらかの制約を入れる。数値は1つにしないと読む人がわからない。

病気=β*アレル本数+c
βは統計処理から算出される。

人数が増えた。
βの推定精度が変わる。

製薬会社がクスリを作りたい。
オッズ比が高ければ高いほどいいか?
有病率? 本人。クスリに重要。
オッズ比? 標的にするのに関連する
アレル頻度? 社会的なあれ。厚労省的に重要性が増す。

予防と診断
予防するために全人口の発病率・有病率を用いて考える。
診断するために特定の疾病を有する確率は、50:50くらい高いかもしれない。少なくとも有病率よりははるかに高いことを疑っている。
2*2の感度特異度表が2*3になっただけ

メタアナリシス:βとORの推定値の出し直し
複数の論文で
OR 2 (1.6~2.5)
OR 1.4 (1.2~1.9)
まあ重なった1.8くらいじゃね?

サンプルサイズが多いと重くしよう。

1.73~1.75 (人数多い)
1.3~1.7 (人数少ない)
ならば?
ふたつの分布の組み合わせを眺めてみる。

日本人 OR 2.1 (1.8~2.25)
ロシア人 OR 4.9 (4.7~5.2)
分布が違いすぎる…

日本人 OR 1.5 (1.3~1.7)
ロシア人 OR 1.1 (0.98~1.2)
関連はあるの?と聞かれたら

日本人A OR 1.5 (1.3~1.7), B 1.6 (1.4~1.9), C 1.1 (0.9~1.2)
ロシア人X OR 1.1 (0.98~1.2), Y 1.08 (0.95~1.2), Z 1.1 (1.05~1.3)

一緒にやる?
別々にやる?

OR違う?
アレル頻度も違う?

日本人 ケ70% コ60% OR>1
ロシア人 ケ60% コ70% OR<1
ORが逆転していることもありうる?
アレルは単なるマーカーでしかない→病気の真の責任多型の連鎖不平衡具合(ハプロタイプの構成)による。
 
Rのメタアナリシス用パッケージでrmetaを見つけた。
あとでやってみる。