こちらで、ある配列中のAGCTの数を数えている。
要素の数を数えるのは
table
がよいが、配列にないものはカウントされない。
s0 <- c("A", "G", "G", "C", "C", "C") table(s0)
s0 A C G 1 3 2
リンクの行列にapplyで適応すると、長さがまちまちのリストとして結果が返ってくる。
これを回避するには、配列をfactor化する。
base <- c("A", "G", "C", "T") factor(s0, base)
[1] A G G C C C Levels: A G C T
table(factor(s0, base))
A G C T 1 2 3 0
こうすると、結果が全て長さ4で揃うので、applyした結果は行列になってくれる。
