2014-06-01から1ヶ月間の記事一覧

Cuzick test

読んだ。 N Engl J Med. 2014 Jun 18. N Engl J Med. 2014 Jun 18. どちらの論文も、APOC3というアポリポ蛋白の話で、これの機能欠失型変異ではTGが低めでHDLが高め、結果として血管病変や心疾患が減る… その中の解析でCuzike testというものを知った(Stat M…

素数を数える

ごちうさ10話で、ココアが素数を数えている。 9649, 9661, 9677, 9679, 9689, 9697, 9719, と1192〜1198番目の素数を数えている。 素数ひとつあたり1〜2秒かかるとしても、1時間もかからないので勉強する時間はそんなに減ってない。 勝負して勝てるかどうか…

妊娠週数と推定胎児体重

読んだ。 Obstet Gynecol. 2014 Jul;124(1):16-22. 最初の推定曲線はPediatrics. 1963 Nov;32:793-800.に出たものらしく、いまは1991年のデータObstet Gynecol. 1996 Feb;87(2):163-8.を参照している。で、2011年に集めた新しいデータでやってみたらしく、デ…

Rstanのインストール

巷で話題のRstanをインストールだけしておいた。 OSはubuntu 12.04 LTS. なんか困ったらhttp://heartruptcy.blog.fc2.com/かAnalyze IT.を見れば問題ない。 # 依存関係 install.packages("inline") install.packages("Rcpp") install.packages("coda") # あ…

アンダーバストを推定してブラのカップサイズを予想する

こんな画像が送られてきた。 これのアンダーバストってどう推定してるの?と聞かれたのでぐぐってみると、乳関数というものが存在しているらしい。説明によると、身長にたいする比率として、理想的なスリーサイズが決まる。胸の大きさはトップとアンダーの差…

Bioinformaticsの最新手法 Wanderlust: Trajectory detectionで女の子の成長度を定量化する

Wanderlustという手法がある(Cell. 2014 Apr 24;157(3):714-25.)。Trajectory detectionともいう。どちらで呼べばいいかはようわからん。 FACSデータのような高次元データに対して、SPADEやviSNEなどのように、適当にデータ量を削減しながら、分化系統樹が作…

STAP細胞が見つかるまでひたすら適当な細胞を生成し続けるプログラム

が話題なのでRでやっといた。 stap <- "STAP" tmp <- "" t1 <- proc.time()["elapsed"] while(tmp != stap){ tmp <- paste(sample(LETTERS, size=4, replace=TRUE), collapse="") print(tmp) } t2 <- proc.time()["elapsed"] paste("STAP細胞の作成に", roun…

相関係数が0.18でしたが

検査値Xによって、臨床的アウトカムYが変化する、という図で、こんな感じの図が出てた。 n <- 25 # 標本数 correlation <- 0.18 # 結果の相関 niter <- 100000 # シミュレーション回数 x <- replicate(niter, runif(n, min=5, max=9)) # X変数の取りうる値か…