2012-11-01から1ヶ月間の記事一覧

Kashiwa.R#5に行ってきた

初めてのR エラーはいたときの対処とかで、初心者は挫折するのでここをどうにか頑張ってほしいなあ 話題 代入 データ型 atomic/factor データ構造と要素へのアクセス ディレクトリとデータ入出力 関数のデフォルト設定 開発環境(Rstudioなど) ヘルプ 初めて…

二兎追うものは一兎も得ず

P君に2人の女友達A子さん、B子さんがいる。あるとき、P君が自宅を出発してA子さんの家へ向かった。しかし、自宅からA子さんの家までの距離の1/3進んだところで、思いなおしてB子さんの家へ向かった。そして方向を変えた地点からB子さんの家までの…

行列とベクトル同士の演算

行列は、要素と、行もしくは列をいれると作ることができる。 行もしくは列どちらかが指定されれば、Rが勝手に足りない方を計算してくれる。 matrix(1:15, nr=3, nc=5) [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [1,] 1 4 7 10 13 [2,] 2 5 8 11 14 [3,] 3 6 9 12 15 要素は…

検査と臨床判断(担当YF)

病気である、病気でない 検査陽性である、検査陰性である としたときに、目の前の患者がある病気である事前確率が、検査をすることによってどう上がったり下がったりするかの事後確率を定量的に考える。 いま、感度、特異度の検査が陽性となったときの事後確…

エクセルにデータを渡すときのテキストエンコーディング

とある解析を頼まれて、Rで処理したあとにエクセルで見られるようにデータを渡したら、文字化けしていると言われた。 で、調べてみたら、エクセルはShift JISしか読み込まず、R(のたぶん標準)のUTF-8は対応してくれないらしいので write.csv(res, file=filen…

Hardy–Weinberg 平衡

GWASにおけるHardy–Weinberg 平衡の多重検定がいろんなところで話題になっているので少しいじろうと思ったけど、サーチでかなり引っかかるので library(GWASExactHW) library(genetics) ここらへんが使いやすそうな気がする。

構音障害(担当AM)

65M 右半身が動かしにくい 昼頃、取引先にて右半身の動かしにくくさを自覚、アクセルとブレーキの踏み間違えあり。 帰宅後、近くの車に衝突。家族が気づき、救急要請。 血管 脳出血 脳梗塞 慢性硬膜外血腫 前脊髄動脈梗塞 レビー小体 神経 腫瘍 てんかん 頚…

ハイスループット、実験データの質の管理

ゲノム疫学のためのインフォマティクス2012 ハイスループット、実験データの質の管理 1マーカー1形質テストはサンプルがランダムであることを前提とする。 GWAS用に検定結果を補正する バイアスのあるサンプル:構造化補正 テスト間の非独立性:多重性 同一…

scale free network

PLoS Genet. 2012;8(3):e1002556. Epub 2012 Mar 8.で、scale free networkを用いた解析を行なっている。 その解析にはWGCNAパッケージを使ったらしいのでインストールしてみる。 install.packages(c("dynamicTreeCut", "cluster", "flashClust", "Hmisc", "…

メタアナリシス 続き

前回の続きで、別のパッケージを教えてもらった。 install.packages("meta") install.packages("rmeta") library(meta) library(rmeta) data(catheter, package="rmeta") a <- catheter[complete.cases(catheter$col.trt, catheter$n.trt, catheter$col.ctrl…

PythonでIsotonic regression

Isotonic regressionの応用を考えているが、Rでは少し問題があるのでPythonでやってみようと思って挫折していたのだがなんか急にやる気が出てきたのでやった。 環境はUbuntu 12.04 64bit, Intel Corei5-2540M CPU 2.60 GHz * 4. まずはインストール。 sudo a…