Python
デスクトップ自動化とかRPA（Robotic Process Automation）とかそういうのでデスクトップのGUIを自動で処理することがある。 Linux だとxte xautomation かxdotool, Python ならpyautogui で出来るが、日本語入力が弱いので最終的にpyperclip を利用したコピ…
二次計画法をRでやる必要が出てきたので久しぶりにやってみる。 二次計画法はRはでは ただし、行列 が正定値行列でないと matrix D in quadratic function is not positive definite! と言われてしまうので、逆行列を持つように微妙に変化させた行列を無理や…
西浦先生が日本の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいの…
R を使っていろいろやっているときに、R だけで完結すればいいが、R で実行できない関数や実装されていない仕様みたいなものがあって、計算がはかどらないときがある。 そういうときは別のプログラムを使ってその部分の計算をして、その結果をファイルに書き…
window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/widgets.js"; fjs.paren…
ゼロから作るDeep Learning ―Pythonで学ぶディープラーニングの理論と実装作者: 斎藤康毅出版社/メーカー: オライリージャパン発売日: 2016/09/24メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (18件) を見る写経しながらR で書き換えつつやってみ…
SNP とかなんでもいいのだが、行列データがあって、ある列のデータのうち条件をみたすものだけを抽出して、和を取りたい。 それをR とかPython を使わずに、シェルというかawk で完結したいのだが、という悩みを同僚が言ってきたのでやってみた。 一発でsum …
こちらを参考にインストールする。 これとか。
読んだ。 MAGIC: A diffusion-based imputation method reveals gene-gene interactions in single-cell RNA-sequencing data コードはPython で書かれている。computational flowcytometry のDana Peer ラボ。RNA-seq のデータ行列が取るであろう高次元空間…
ある関数があって、最小化もしくは最大化したい。これらは正負を入れ替えればよいでの最小化を考える。 いま、適当に という関数があったとする。これの最小値とそのときのの組を求めたい。 2変数なので3次元に図示するとこんな感じである。最小値はひとつ定…
3次元物体の曲率を以前やっていたのだが、自前のスクリプトに重大なミスが発覚したので、プログラミング力の高い人のプログラムから借用することを考える。 離散的な3D オブジェクトから、平均曲率とガウス曲率を計算したいが、意外とない。 と思ったらMeshL…
読んだ。ゼロから作るDeep Learning ―Pythonで学ぶディープラーニングの理論と実装作者: 斎藤康毅出版社/メーカー: オライリージャパン発売日: 2016/09/24メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (18件) を見るCOI：自費で買った。著者は知り…
結論から言えばsys.argv を使う。 http://www.yukun.info/blog/2008/07/python-command-line-arguments.html 【python】sys.argv で引数をとる - metabo346の日記 コマンドライン引数入力できるPythonプログラムをつくる - 剥いだ布団とメモランダム.old Pyt…
蛍光イメージング動画があって、そこから細胞の3次元の形を再構成したい。 手順としては、 蛍光イメージの取得：他力本願 2Dでのセグメンテーション：他力本願、大津法 セグメンテーションされた領域の抽出：openCV セグメンテーションされた領域内で欠けて…
読んだ。科学技術計算のためのPython―確率・統計・機械学習作者: Jose Unpingco,石井一夫,加藤公一,小川史恵出版社/メーカー: エヌ・ティー・エス発売日: 2016/12メディア: 単行本この商品を含むブログ (1件) を見るCOI：ラボで買った。本人は全く知らない。…
機械学習などで予測モデルを立てたときに絶対に突っ込まれるのが「それ他のデータセットでも言えんの?」ということで、モデルの性能を評価しないといけない。一般的には手持ちのデータからモデルを作って、それとは別のデータに対してそのモデルが有用かとい…
球面調和関数をRでやったりPythonでやったりしていたのだが、球面調和関数展開して係数をもっているときに、物体が回転してしまうとルジャンドル関数が回転してしまうので、係数も回転に応じて適当に変換しないといけない。 これはたいてい、回転後のパラメ…
読んだ。 Cell. 2016 Sep 8;166(6):1500-1511.e9 TIL (Tumor infiltrating lymphocyte) の発現解析をして、Activate/Dysfunction の順位付けをしている。 その中でminimal hypergeometric というものがあった。 Gene Ontology 解析ではannotation が有意に出…
他のグループがやっている解析で、データ分布が四面体のように見える、という話があって、単体を多次元にフィッティングさせるような話を持ってきていた。 Archetypal analysis for machine learning and data mining ちょっとググっていたらシステム生物学…
読んだ。 (読んでた)Python機械学習プログラミング 達人データサイエンティストによる理論と実践 (impress top gear)作者: Sebastian Raschka,株式会社クイープ,福島真太朗出版社/メーカー: インプレス発売日: 2016/06/30メディア: 単行本（ソフトカバー）こ…
球面調和関数を使って.obj データを級数展開してくれるやつを後輩が書いてくれたのでやってみる。 例えばこれ(J Med Syst. 2014 May;38(5):20.)では、病気の肝臓と健康な肝臓をCT画像から構成して、球面調和関数による比較分類を行っている。 肝硬変が進んだ…
というよりPC 環境全般の話。 スクリプトを書いている。 しかし、マウスGUI ユーザーなので残念ながら腱鞘炎になってしまった。 通常のマウスをやめてトラックボールにしたが、母指IP 関節が半端無く痛い。 というわけで利き手とは逆の手にマウスもおいてい…
GPUを使ってみようと思うのだが、メモリがうんたらかんたら言われて、巨大なデータを入力すると動かないので、Python でやったら実はいい感じに動くのではないかと思ってやってみる。 Python ならpycuda, gnumpy があるようだが、gnumpy のほうがnumpy ベー…
球面調和関数をやりたいがRではいいものがないのでPythonでやった結果をrPython を使ってRでゴリ押し計算するやり方。R を投げ捨ててPython に移行したかったが、結局R でやっちゃう。 rPython について知りたければ下にスクロール。 球面上の離散的な分布を…
multi-armed bandit problem というものがある。 元々はギャンブラーがどのスロットマシーンをやれば、利益を最大化できるかという話から始まったらしいが、最近は教科学習として流行って、webコンテンツのクリック率だとかそういう分野で使われている。 こ…
スカウト? された。 知り合いの知り合いから話を聞きつけてコンタクトしてきたらしい。 医療、生物学のデータに対して機械学習、特にdeep learning を使いたいらしい。 deep learning そのものを扱える情報系の人や、データをとって加工できるSE は人材が集…
この記事はごちうさ住民 Advent Calendar 2015 の第26日目の記事です(2年連続の勝手に参加。 ネタと解析がなやましい これが私の最大限です 11月の始めころになんとなしにググっていたところ、上記のアドベントカレンダーが今年も行われることに気づいた。 …
グラム染色をしている。 グラム染色をしたあとで顕微鏡で観察し、写真をとる。 適当に画像を分割して菌体が観察できている視野を水増ししてdeep learning の学習データ用になんとかする。 こんな感じの画像が撮れる。 これは大腸菌を分離してグラム染色した…
Caffeがはやっている。 画像認識系のDeep learning をするときにいい。というのはこちらに書いてある。 環境は ubuntu 14.04 GPUはない!! インストールはこちらやこちらを参考にコピペするだけ。 ハマったことその1：CPUモード CaffeはGPUがないボンビーにつ…
推定の章 4, 6, 8, 12, 20面サイコロがひとつずつあって、どれを振ったかわからないが1回振って6が出たらしい。 このとき、N面サイコロが選ばれる確率を考える。 side <- c(4, 6, 8, 12, 20) n <- 6 p <- ifelse(side < n, 0, 1/side) ps <- post_p <- p/sum…
