Japan.R 2016 が終わりました。参加された方々はお疲れ様でした。 発表者不在というなんとも謎なLT をしたやつがいたらしいですが、Rmd でRpresentation を作って自動プレゼンするやり方について。 自動プレゼン自体はppt にも実装されています。リハーサル…

読んだ。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 7;101(36):13285-90. antimicrobial cycling という概念がある。細菌感染症に対して抗生物質を使うのだが、うまく治療していても耐性菌は生じることもあるし、適当に使ってしまえばさらに耐性菌のリスクがあが…

こんなページを見つけた。 理系大学院生の普段使いリュックの中身を見せます！ | 人生を楽しむエネルギーブログ 現役の博士課程大学院生の生活を支えるカバンの中身を細かく紹介！ | AbstractLife 入院生活者のかばんの中身らしい。 私のかばんには、いつで…

読んだ。 Bioinformatics. 2016 Oct 6. Nucleic Acids Res. 2009 Aug;37(15):e101. Biclustering をするQUBIC という手法をR で実装しました。クッソ速いです、とのこと。 そもそもbiclustering とはなにかというと、ヒートマップクラスタリングをするときに…

読んだ。 Bioinformatics(2009)25(22):2906-2912. コピーナンバー(CNV)、発現データ(mRNA)、メチル化などのオミックスデータで、症例数 に対してパラメータ数 のデータ行列が複数ある。 各々の実験を勝手にやるのは、それはそれでいいが、CNV、発現、メチル…

読んだ。Am J Hum Genet. 1996 Jun; 58(6): 1323–1337. inheritance vector というものがよくわからなかったのでLander-Green algorithm とともにいくつか検索。inheritance vector と何も考えずに検索するとプログラミングのinheritance が引っかかる。 Par…

読んだ。 Cell. 2016 Sep 8;166(6):1500-1511.e9 TIL (Tumor infiltrating lymphocyte) の発現解析をして、Activate/Dysfunction の順位付けをしている。 その中でminimal hypergeometric というものがあった。 Gene Ontology 解析ではannotation が有意に出…

読んだ。 Accurate Automatic Detection of Densely Distributed Cell Nuclei in 3D Space. PLoS Comput Biol. 2016 Jun 6;12(6):e1004970. プレスリリース 線虫の細胞の3D(4Dもいけるけど)画像のなかで、細胞がくっついているように見えるのもがうまくセグ…

他のグループがやっている解析で、データ分布が四面体のように見える、という話があって、単体を多次元にフィッティングさせるような話を持ってきていた。 Archetypal analysis for machine learning and data mining ちょっとググっていたらシステム生物学…

ある基準時刻からの経過時間が、時:分で納められているデータがある。 これを分単位に変換して、差分を取りたいらしい。 format が決まれば、strptime で文字列を時間に整形できる。 x <- c("0:19", "1:05", "10:20") y <- strptime(x, "%H:%M") difftime(y[…

読んだ。 Jpn J Clin Oncol. 2016 Aug 10. 受動喫煙によって肺がんになるリスクが1.3倍ということがメタアナリシスによって示され、「ほぼ確実」から「確実」とグレードアップされましたよ、という元論文。 COI：筆者ら、国立がん研究センターとは一切関係な…