この記事はR Advent Calendar 2013の12月29日の配当記事です。 境界の彼方というアニメで私の大好きな種田梨沙さんがメインヒロインである栗山未来を演じている。 作中で「不愉快です」というセリフが口癖らしく、いたるところで出てくるが、このセリフ、栗…

毎年恒例のクリスマス声優監視が各所で行われているので、今年は便乗してみた。 声優さんのTwitterアカウント一覧.comと声優 - Twitterアカウント一覧をクローリングして声優のTwitterアカウントを取得し、夜のtweet回数をカウントした。 アカウントが存在し…

人口ピラミッドの形を問う問題があったのでシミュレーションしてみる。 死亡率と出生率は適当なS字曲線に従い、死亡率の低下が先にきてから、出生率の低下が起こる。 出生率は全人口に対して何人生まれたかの‰ 死亡率は全人口に対して何人死んだかの‰だが、…

GRAALをもう一回真面目にやってみる(Cancer Inform, J R Soc Interface, Bioinformatics)。 アルゴリズムとしては、ふたつのネットワークとについて(のほうがノード数が少ない)、内のすべてのノードを、内のノードに完全に一対一対応させることを目的とする(…

昔、pixivの出演共起から百合ネットワークを考えたのだが、今回はラブライブ!各話でのキャラ同士の会話回数をカウントして、百合ネットワークがどう変わっているかを見た。 アニメ全13話を視聴して、キャラ同士名前を呼び合っている回数をカウントするのだが…

探偵ナイトスクープで昔、ボブ・ロスの指導を受けたいという依頼があったらしいが、それを見て大爆笑していたら それをペイントでやるという人がいたのでやってみる。 ね、簡単でしょう?(どうみても動画と違う)

これを見たらすぐさまRができす。 # # はコメントアウトといって、入力しても無視されます # たいてい # の後ろに説明が入ります # 適当なデータを定義する a1 <- c(1, 2, 4.3, 1.2, 5, 3.2) # とりあえずプロットする plot(a1) # x軸の値を定義する x <- c(…

この記事はR Advent Calendar 2013の12月7日の配当記事です。 そこそこにRを使っていままでやってきたが、Rの特徴としてときたま挙げられるのがapply関数群だと思う。 一番よく使うのは apply だと思うが、初心者が慣れるのに難しい割にはそんなに解説テキス…

k-diagonal matrixというものがある。 正方行列の対角成分に値があれば diagonal matrixといい、その直上に値がある場合は superdiagonal, 直下なら subdiagonal という。 k番目がどうか…というので一般化すると k本の糸で構成されるネットワークになる。 ma…

プログレスバー(R, Python)で進捗状況をプロンプトに出せるわけだが、プログレスバーがあってもいいんじゃね?と思って描いてみる。 saveGIF関数でGIFのめくる時間間隔が指定できるはずなのに、GIF化したあとで実際その指定した時間通りにプログレスバーが進…

臨床試験における生存解析では、参加登録した患者をランダムに2群に割り付け、新薬Xと旧薬Aをそれぞれの群に投与する。 新薬のMST(中央生存期間)は適当に17ヶ月、旧薬のMSTは10ヶ月。 カプランマイヤーの生存解析では、ハザード比がどの時刻においても新薬群…

NEJM. 2012 Nov;367(18):1742-8. 肺塞栓から始まって精査したら潰瘍性大腸炎、原発性硬化性胆管炎、膜性腎症の合併があったという話。 UCとPSCはどちらもIgG4関連疾患の概念に入るらしく、これらが合併しやすいというのはよくある話。 ネフローゼの鑑別 原発…

GRAph ALigner Algorithm (GRAAL) (wiki)という、ネットワーク同士の相同性(align)を計算してくれるアルゴリズムがある。 # graph 1 edgelist 1 3 1 4 1 6 4 6 5 6 # graph 2 edgelist 1 3 1 4 1 6 2 3 2 4 4 6 5 3 これらを gw format に変換する。 # ター…

NEJM. 2012 Oct 4;367(14):1342-7. ぐぐって見つけた日本語の解説。 バックナンバー

NEJM. 2013 Jan 24;368(4):394. バックナンバー

VOCALOIDのタグを付けて投稿される動画は爆発的に増えている。 タグの共起を抽出してネットワークを描いた。初音ミクが中心にくることは予想に難くないので初音ミクのところを拡大した。 共演ネットワークはいわゆる複雑ネットワークになるだろうと思ったら…

またコミケでの声優統計ネタで声優の音声解析をやろうと思った。 昔Rで音声解析をやろうと思ってやったら.wavが読み込めなくて諦めていたが実は loadSample ではなく readWave もしくは readMP3 だとうまくいくことに気づいたのでやってみる。 ubuntuででき…

湿疹三角形というものがあるらしいので、有向グラフ描いた。 微妙なレイアウトはtkplotでがんばってtkplot.getcoordsすると座標が得られる。 "紅斑","丘疹" "紅斑","小水疱" "紅斑","落屑" "丘疹","落屑" "丘疹","小水疱" "小水疱","膿疱" "小水疱","湿潤" "…

昔、声優統計でDTMをしたのだが、その下準備に初音ミクでDTMをしようとしてしたはいいけど結果を書いてなかったので書く。 結果としてはよくわからんがこんな感じのトピックを抽出した。 Topic 6: 元気な歌? タ,意味,とか,かご,分かる,穴,気がつく,se,なんか…

声優統計第三号がC85に当選となったのでネタとしてはTwitterを解析しようと思った。 ということでまずはデータ取り(タイムライン取得)をやる。 結論としてはRでやるよりPythonでやるほうがよかった。あとはAPIがバージョンが変わったとかなんとかでたくさん…

覚えていなくていつも間違えるからメモ。 依存の型 身体依存 精神依存 耐性 代表的な薬物 アルコール ++ +++ + モルヒネ +++ +++ +++ ヘロイン,コデイン バルビツール酸 +++ ++ ++ フェノバルビタール,睡眠薬 コカイン - +++ - 大麻 - ++ - マリファナ,ハシ…

欠損値をどうにかこうにか補おうということでimputationがある。 欠損データ分析には欠損値のメカニズムとして MCAR, MAR, MNAR を挙げている。リンクのサンプルデータとして、欠損値を含む変数, 解析上の変数, 別の変数, 欠損値かどうかの確率変数(欠損値な…

就職活動の結果が出たわけだが、やはり都市部では人が多く、東北日本海側で人手不足だった。 愛知で50%のフルマッチ、宮崎県ではフルマッチしたプログラムは0件だった。 前回の中間発表で熊本県が謎の人気だったが、今回もフルマッチ病院が多めだったようだ。…

NEJM. 2012 Aug 2;367(5):452-7. いろいろな感染症の潜伏期一覧 バックナンバー

機械学習の評価として、Recall, Precision, F値, Matthews correlation coefficient (MCC)があるので、Rでできる機械学習をひたすらやって性能評価をしてみる。 今回は交差検証は行わず、データセットの全てのデータでモデルを構築して、それを元のデータに…

面白い問題を教えてもらった。 虫食い算をRで総当りで解くらしい。 S E N D +) M O R E M O N E Y 行列構造を保って演算するようにがんばる。 f1 <- function(){ library(gtools) perm <- permutations(10, 8, v=0:9, set=TRUE, repeats.allowed=FALSE) # パ…

bagplotというのを聞いた。aplpackパッケージでできるらしい。 library(aplpack) dat <- cbind(rnorm(100)+100, rnorm(100)+300) dat <- rbind(dat, c(105, 295)) plot(dat) bagplot(dat,factor=2.5,create.plot=TRUE,approx.limit=300, show.outlier=TRUE,s…

NEJM. 2012 Jul 5;367(1):67-72. Gloves and Stocking 型の感覚鈍麻になる疾患 DANG THERAPIST D:DM A:alcohol N:nutrient G:GBS T:tumor H:hereditary CMT E:endcrine R:renal A:amyloidosis P:porphirin I:HIV, spiroheta, Lyme S:salcoidosis T:toxic バ…

ネットワークのコミュニティ検出をやろうやろうと思って長らく放置していたのでやる。 重複がないコミュニティはigraph, 重複があるコミュニティはlinkcommでできるので、重複があるほうをする。 linkcomm クラスというのができるので扱いにくいかと思ったら…

数学いらずの医科統計学PART7 CHAPTER43で、サンプルサイズについて書いてある。 パッケージならpwr、デフォルトならpower.*.test関数群でできる。 最近はやりのびっぐでーたなら、メモリに乗ってPCで解析できる分だけとにかく持っているデータを使えばいい…