本当に関節痛か 急性か慢性か 部位 単関節か多関節か 増悪寛解因子 随伴症状(膠原病) を確認する。 O:急性(~6w)か慢性か。急性なら感染症か反応性関節炎 P:小関節、大関節、対称性、全身性、移動性 Q:炎症症状があるか(熱感・発赤) R:放散痛 S:歩けるか、動…

CPUの温度が調べられると教えてもらったのでやってみる。 sudo apt-get install lm-sensors sudo apt-get install hddtemp エラーが出まくったのでこの2つがあればいけるっぽい。 sudo sensors acpitz-virtual-0 Adapter: Virtual device temp1: +51.9°C (cr…

ある塩基配列の変異パターンを解析しているのだが、それでKa/Ks (dN/dS)比というモデルを勉強した。 しかしこれには計算法がたくさんあるらしい。 サンプルデータは http://evolution.genetics.washington.edu/book/primates.dna をコピペして使う。 library…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER29の生存曲線の比較で、ウィル・ロジャース現象に触れている。 これは、2群の生存解析において、新しい検査法の出現により、悪性腫瘍がさらに早期に発見できるようになると 非腫瘍群(腫瘍が見つかっていなかった人)が、…

MeCabの辞書を充実させて、名詞、特に人名が途中でぶった切られる事態を回避したいという話。 MeCabの辞書にはてなキーワードを追加しようを参考に、はてなキーワードの登録単語ライブラリをパクってきてMeCabユーザー辞書に入れる。 データはHatena Develop…

トピックモデルを使ってラブライブの歌を解析したのだが、LDAの苦手な点として、各トピックを独立に設定してしまうらしい。 CTMはトピック間の関係を考慮しているので、トピック立てすぎて効率が低下、という事態が減るらしい(こちら)。 スクフェスにはスマ…

SKATという手法があるらしい。 kernel methodというなんとも中二病的ネーミングの手法を用いて、レアバリアントがどうたらこうたら言っていたがちょっと追いつけなかった。 SKATをやってみる。 昔やったロジスティック回帰をやると library(SKAT) data(SKAT.…

相関係数にはPearson, Spearman, Kendallがあるらしい。 Usage: var(x, y = NULL, na.rm = FALSE, use) cov(x, y = NULL, use = "everything", Arguments: x: a numeric vector, matrix or data frame. y: ‘NULL’ (default) or a vector, matrix or data fra…

確率分布と関係性。 基本的には、いくつかのパラメータを用いて関数が記述され、あるパラメータを固定した時にXX分布がYY分布に等しい、みたいな正確な関係(exact relation)と、有るパラメータ(たいていn)を無限大に飛ばしたらZZ分布に等しくなる、みたいな…

LDAをやってみたわけだが、トピック間の関係も考慮したCorrelated Topic Model (CTM)というものがあるらしい。 Cでしかできない?と思っていたら、これは以前紹介したtopicmodelsパッケージでできるようだ。ldaパッケージと互換性があると以前書いたのでやっ…