医学

COVID-19と無症候性低酸素血症

書いた。 Asymptomatic Hypoxemia as a Characteristic Symptom of Coronavirus Disease: A Narrative Review of Its Pathophysiology. COVID 2022, 2(1), 47-59. COVID-19において、低酸素血症なのにぜんぜん苦しそうにない、いわゆるhappy hypoxia もしく…

クレアチニンクリアランス

薬剤の投与量を考えるときに、クレアチニンクリアランスというものを考慮しないといけないのだが、クレアチニンクリアランスにはクレアチニンと男女と体重が必要である。 そんなものは電子カルテで自動計算してくれればいいのだが、デフォルトではしてくれな…

人工呼吸

読んだ。INTENSIVIST Vol.10 No.3 2018 (特集:人工呼吸器)メディカルサイエンスインターナショナルAmazonINTENSIVIST Vol.4 No.4 2012 (特集:呼吸器離脱)メディカルサイエンスインターナショナルAmazon安かったので呼吸器離脱を買っては積んでいて、某新型肺…

ECMO

読んだ。ECMO・PCPSバイブルメディカ出版AmazonVVECMOが扱える高度医療人()になれと言われて講習会なるものに強制参加させられたら、後日参加者宛に届いた。みなさんご存知の通り、新型肺炎が流行ってVVECMOの機会が増えている。 自分も集中治療をやる前は…

ICUのルーチン・エビデンス

読んだ。ER・ICU 100のスタンダード中外医学社AmazonCOI:著者に知り合いがいたが買ってから気づいた。 良い点:具体的な投与量や計画が載っている。大事なことは別の項目でも同じことが書いてある。 悪い点:同じようなことが書いてある。血糖管理とか同じ…

3連PCR

新型肺炎で2回PCRしたけど陰性で、でも感染症の専門家がやっぱり疑わしいからダメ押しでもう一回PCRやって、というのでやったら陽性だった と言われた。検査には感度と特異度という検査特性が存在するので、検査が陽性だからといって本当にその疾患が陽性で…

新型肺炎の変異株で若年者は本当に重症化しやすいのか

結論から言うと、0.うんぬん%以内の増加は40-50歳代の年齢層であるようだが、それよりも80歳以上の高齢者での死亡率増加が大きく、かつ感染者数が増えており重症のままベッドを占拠しておりながらもすぐに死亡してベッドを空ける、というわけではないので、…

医療裁判の判例

読んだ。医事法判例百選 第2版 (別冊ジュリスト 219)発売日: 2014/03/31メディア: ムック医事法判例百選 (別冊ジュリスト (No.183))メディア: ムック医療過誤判例百選 (別冊ジュリスト (No.102))メディア: 単行本これに1989年と1976年に出た別冊ジュリスト医…

エビデンスはあるのか、というとほとんどないに等しい

読んだ。〜その麻酔管理方法にエビデンスはあるのか?〜 心臓血管麻酔Positive and Negativeリスト25発売日: 2020/09/28メディア: 単行本(ソフトカバー)COI:とあるポイントが期限が迫っていたので新品で買うはめになった3000円くらいでB5版200ページもない…

ACLS

読んだ。というかやってきた。ACLSプロバイダーマニュアル AHAガイドライン2015 準拠作者:American Heart Association(AHA:アメリカ心臓協会)発売日: 2017/02/15メディア: 単行本(ソフトカバー)特に言うことはない。 迅速挿管、という訳があったがこんな語…

Basics of Anesthesia

輪読回で後半から参加して読んだ。Basics of Anesthesia作者:Pardo MD, Manuel,Miller MD MS, Ronald D.発売日: 2017/07/10メディア: ハードカバーアメリカの制度の話にはなるが、救急やICU、オペ室の運営の仕方や労働裁量の話などがあって興味深かった。

新型肺炎の年齢階級別死亡率

新型コロナウイルス 国内感染の状況 こちらの2021年1月13日時点の各年代別感染者数と死亡者数のデータがあったので単純に推定してみる。その1 drcパッケージにあるLL.4関数は、4パラメータモデルのロジスティック曲線に当てはめる。 これで簡単にやるその2 r…

メタアナリシスっぽいので公平な入試を受けたい 令和2年版

この記事はR Advent Calendar 2020 - Qiitaの24日の配当記事です(書くネタなかったけど無理やりこじつけた メタアナリシスの解析にmeta パッケージを使っています。 令和2年版の調査結果というものを観測した。 医学部医学科の入学者選抜における公正確保等…

内科診療ストロングエビデンス

読んだ。内科診療 ストロング・エビデンス作者:谷口 俊文発売日: 2013/12/16メディア: 単行本COI:中古でワンコインだったので買ったがそもそも3500円だったらしい。面白そうだったのが貧血の項で、術後Hb が8を下回った人について、宗教上の理由で輸血を拒…

新型肺炎COVID-19の厚生労働省が行なった抗体検査から集団の有病率をrstanで推定する

こんな記事を観測した。 新型コロナウイルス感染症に関する検査について|厚生労働省 Roche社とAbbott社が売っている抗体検査キットを使って、東京、大阪、宮城の住民を無作為に抽出した結果、各社での陽性陰性結果は以下のようになった、という。Roche社で…

新型肺炎COVID-19の山梨大学医学部附属病院でのPCR検査の結果をrstanで解析する

山梨大学医学部附属病院で、慶応大学病院と同じように入院中の患者にPCR検査を行うと、370人中全員が陰性だったらしい。 山梨大病院、すべての入院患者らにPCR検査 全員陰性 [新型コロナウイルス]:朝日新聞デジタル 山梨大の島田真路学長は「陽性者がいる場…

新型肺炎COVID-19の集中治療を要する患者の推移をSIRモデルを使ってrstanで推定する

こんなことをした。 mikuhatsune.hatenadiary.com 集中治療学会が、人工呼吸器を要している患者、ECMOをしている患者、ECMOで死亡した患者、ECMOから回復した患者、など日ベースで公開してる。 これに、毎日の感染者や死亡者のデータをくっつけて、SIRを使っ…

新型肺炎COVID-19 の集中治療学会のデータを引っこ抜く

こんなデータがある。 covid19.jsicm.org COVID-19による全国の人工呼吸器患者数とECMO稼働数(と離脱者数、死亡者数、現在も治療されている最中の数)がjsでグリグリできる。 グリグリできるのはいいが、47都道府県+地方別とデータを取るのが面倒なので、引…

新型肺炎COVID-19の神戸における真のIgG抗体陽性患者数をrstanで推定する

読んだ。 Estimation of seroprevalence of novel coronavirus disease (COVID-19) using preserved serum at an outpatient setting in Kobe, Japan: A cross-sectional study. | medRxiv 神戸市の入院中の患者で、入院中の検査を適当(ランダムサンプリン…

新型肺炎COVID-19の抗体検査から集団の有病率をrstanで推定する

結論から言うと、抗体検査を受けた202人の集団において、9.4%(95% 信用区間で5.4%〜13.9%)が感染者である。ただし、この抗体検査を受けた202人は、東京都(とか他の都道府県一般)のランダムサンプリングとは言えないので、単純に東京都人口の9.4%が感染し…

新型肺炎COVID-19が流行してから全身麻酔件数がどれほど減ったかをrstanで推定する

こんなツイーヨを観測した。コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかアンケート7回目全国の麻酔科の先生におたずねします。今(4/24)現在、オペ室は、— DAJ (@dajhiroki) 2020年4月24日 コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかア…

新型肺炎COVID-19の無症状感染者の割合を慶応大学病院のPCR検査の結果からrstanで推定する

慶応大学病院で、入院中で(新型肺炎COVID-19について)無症状の患者67人をPCR検査すると、6%(=4人)の患者で陽性だった、という話。 某感染症の先生は、めちゃめちゃ単純な推定を使って、一番楽観的な推定で47万人、一番悲観的な推定で430万人、東京に無症…

新型肺炎COVID-19のSEIRS two stain model がrstanで出来たので満足した

諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com しかし、なんか出来そうになった。 mikuhatsune.hatenadiary.com(型の)コロナウイルスの流行具合から、相互に免疫があるものとして、新型肺炎の今後数年の流行がどうなっていくかをSEIRSモデルで、かつ2種類のウ…

新型肺炎COVID-19が今後2022年まで流行が続くというのをrstanで再現しようとしたが断念した

読んだ。 Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period. - PubMed - NCBI COVID-19がこのままだと2022年も続いているのではないか、といろいろ話題になった論文。 githubがおいてあるが、ここにあるデータは GitHub…

新型肺炎COVID-19の無症状感染者の割合をrstanで推定しようとしたが断念した

読んだ。 Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. - PubMed - NCBI COI:なしダイヤモンド・プリンセス号のPCR検査と陽性数および症状の…

新型肺炎COVID-19の感染者数をgooglevis を使って表示する

こんな記事を観測した。 www.ft.com 新型肺炎の感染者数および死亡者数を、ECDCという機関のデータから取得してプロットしている。 Homepage | European Centre for Disease Prevention and Control この機関、いいところがcsv データを整備してくれていて、…

新型肺炎COVID-19の感染者数の推移をSEIRモデルを使ってrstanでシミュレーションする

読んだ。 A Simulation on Potential Secondary Spread of Novel Coronavirus in an Exported Country Using a Stochastic Epidemic SEIR Model. - PubMed - NCBI COI:筆者はこの著者とは直接の関係はないので、純粋に統計解析のツッコミです。こんなツイー…

新型肺炎COVID-19の重症化率を推定する

読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…

新型肺炎COVID-19 の感染陽性患者数の過小報告分をrstanで推定する

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数(PCR陽性ベース)がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

新型肺炎COVID-19の感染力R0を推定する

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…