Rを使いこなす
The Japanese Clinical Practice Guidelines for Management of Sepsis and Septic Shock 2020 (J-SSCG 2020) 「日本版敗血症診療ガイドライン2020 (J-SSCG2020)」正式版 公開のお知らせ｜日本集中治療医学会 日本版敗血症診療ガイドライン2020 (J-SSCG2020)…
どんな分布（注）からでもサンプリングされた標本の平均をさらに繰り返して標本の分布を考えたとき、その分布は正規分布になる。 というのでいろいろ分布を変えて試してみる。 Rでは接頭語rdpqに続いて分布名があるので、標準で実装されている関数をapropos…
奨励会時の昇級が分かったので追記した。藤井棋士が最後の王座戦に勝利し、全タイトル戦を制覇し八冠となった。 ここで、八冠になるまでに藤井〇〇という称号がいくつかあるわけだが、それぞれを個別の藤井棋士とみなすと、称号保持の期間がどれくらいあるか…
ABCDみたいなことをしたいが、文字をそのままtext関数で配置すると、一色しか使えない。 というわけで一文字ずつ着色するのだが、そうすると文字の配置がずれる。 なのでsubstituteにphantomを使って文字と同じ幅の空白を作って無理やり文字を配置する。 txt …
検定とp値がいつまで経ってもわからないので久々にシミュレーションした。 対照群 と治療群 があって、なんらかの指標となる値に変化があるかどうか調べたい。 比較するのは、母集団（真の分布）である（ここでは真の分布は正規分布であると自分は分かってい…
面白い話題を見つけたので考えてみようと思ったらデータもあったのでやってみた。 ことの発端はここで 産科編 妊娠中期 妊娠中、虫歯の治療はできますか? (周産期医学 49巻13号) | 医書.jp 妊婦に歯科治療を行うと37週未満の早産が減らせるかどうかというRCT…
式の数字の部分は固定で、＋-×÷だけが変えられるようになっている。毎朝、前を通る度に「ほえ～」と感心している。さて明日は……？ pic.twitter.com/W7ogjjzvOz— 田中 草大 (たなか そうた) (@_sotanaka) 2022年10月21日 流行っていたのでRでやってみた。 Pyt…
二値ならbinaryだが多カテゴリのときにどうするか、ということでnnet::multinomかmlogit::mlogitが使えるがnnet::multinomのほうが使いやすかった。 m <- nnet::multinom(Species ~ ., data=iris) # weights: 18 (10 variable) initial value 164.791843 ite…
R shiny で図を出力するのだが、図の大きさをinputで入力したとき、renderPlotの引数（widthとheight）にそれぞれ持たせようとすると、エラーになる。 状況としてはこんな感じである。 library(shiny) server <- function(input, output, session) { height …
Rの日付に関する関数で、 format(Sys.Date(), "%a") とすると、日本語環境ならば [1] "月" これをR Shiny で使おうと思っていたら、shiny のサーバーは英語環境なので、デフォルトでは日月火水木金土が出てこず、英語表記のSun Mon... になってしまって罠に…
書いた。 Asymptomatic Hypoxemia as a Characteristic Symptom of Coronavirus Disease: A Narrative Review of Its Pathophysiology. COVID 2022, 2(1), 47-59. COVID-19において、低酸素血症なのにぜんぜん苦しそうにない、いわゆるhappy hypoxia もしく…
読んだ。 [0907.0455] The Peter Principle Revisited: A Computational Studyこんな動画を見た。 www.youtube.com 2010年のイグノーベル賞で、Peterの法則というものをシミュレーションで示した、という話。社員地位構造が階層的な場合、昇進するときに能力…
結論から言うと、substitute 関数を使って数式を記述し、atop を分子と分母について2行にわたって記述したいテキストに対してそれぞれ使う。ただし、分数表記でいうと微妙に高さがずれるので、atop は中央の括線を書かないので気にしない、ということにすれ…
新型肺炎で2回PCRしたけど陰性で、でも感染症の専門家がやっぱり疑わしいからダメ押しでもう一回PCRやって、というのでやったら陽性だった と言われた。検査には感度と特異度という検査特性が存在するので、検査が陽性だからといって本当にその疾患が陽性で…
ちょっとしたアプリケーションを作って、自分以外の、Rが使えない人でもデータを入力したら出力を得られるような仕様にしたい。 そこで、R のshiny を使ってweb にアクセスしたら使えるようにするわけだが、ローカル環境で構築したshiny アプリではプロット…
結論から言うと、0.うんぬん%以内の増加は40-50歳代の年齢層であるようだが、それよりも80歳以上の高齢者での死亡率増加が大きく、かつ感染者数が増えており重症のままベッドを占拠しておりながらもすぐに死亡してベッドを空ける、というわけではないので、…
読んだ。 Interrupted time series analysis using autoregressive integrated moving average (ARIMA) models: a guide for evaluating large-scale health interventionsInterrupted time series analysis は介入の前後でlevel（増減、つまり切片）とtrend…
という相談を受けた。 化合物なんてまったく扱ってないし構造式も大学入試以来描いたことがないが、こういうのはRで出来るだろうと思って調べたらあった。 ChemmineR: a compound mining framework for R | Bioinformatics | Oxford Academic ChemmineR: Che…
という質問を受けた。 結論から言うとおかしくない。メタアナリシスのweight は各研究内の分散 と研究間の分散により （fixed model の場合）もしくは（random effect model の場合） で決まるから、分散が小さい、すなわち推定精度の高い研究はweight が大…
という相談を受けた。 解析したいデータは2変数なので、例として 判別分析モデルの応用 がついてきたが、3変数の場合はirisを用いて データ解析・マイニングとR言語 もついてきて、こんな感じでやりたい、と言われた。0/1のtype は以下の線形モデルで表現さ…
新型コロナウイルス 国内感染の状況 こちらの2021年1月13日時点の各年代別感染者数と死亡者数のデータがあったので単純に推定してみる。その1 drcパッケージにあるLL.4関数は、4パラメータモデルのロジスティック曲線に当てはめる。 これで簡単にやるその2 r…
意味的にはこんな感じである。 plotで作図すると高水準関数といって、とりあえず作図されるが、その後に低水準関数と呼ばれる、例えばpointsやlineといった関数で後付でお絵描きができる。 自分がよくやるのはplotしたあとに、ある領域はこうである、みたい…
この記事はR Advent Calendar 2020 - Qiitaの24日の配当記事です（書くネタなかったけど無理やりこじつけた メタアナリシスの解析にmeta パッケージを使っています。 令和2年版の調査結果というものを観測した。 医学部医学科の入学者選抜における公正確保等…
侑と歩夢回だったが孤立したノードがたくさん。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく １〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹…
歩夢のレズメンヘラっぷりが炸裂したが果林としずくが相変わらずハブられていた。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく １〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 -…
9話 彼方ちゃん孤立 10話 エマ孤立 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく １〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スク…
しずく回だったがかすみんが活躍しすぎ。 冒頭の侑が歩夢、果林、愛さんを呼ぶシーンがなければこの人たちは孤立するところだった。 彼方さんは孤立した。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく １〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の…
彼方回だったが姉妹のいざこざを同好会でやられても…と思った。 果林とエマはだいぶ出番ないが大丈夫か? 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく １〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び…
カプランマイヤーによる生存曲線をやっていてCox proportional hazard モデルによるハザード比を出そうとして、シミュレーションデータで遊んでいただけの話。 prodlim パッケージにあるSimSurv 関数は、変数X1とX2があるが、とりあえずこれらは考えず、まっ…
りなりー回だったが今回はしずくもグラフに参加していた。 けどやっぱり陽キャギャルの愛さんのことが好きになってしまう。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく １〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイド…
