Rを使いこなす

ランダムに昇進を決めることが全体の価値を最も高める、というPeterの法則とイグノーベル賞の話

読んだ。 [0907.0455] The Peter Principle Revisited: A Computational Studyこんな動画を見た。 www.youtube.com 2010年のイグノーベル賞で、Peterの法則というものをシミュレーションで示した、という話。社員地位構造が階層的な場合、昇進するときに能力…

legend 内部で数式を混在させながら左揃えで2行にわたってテキストを書きたい

結論から言うと、substitute 関数を使って数式を記述し、atop を分子と分母について2行にわたって記述したいテキストに対してそれぞれ使う。ただし、分数表記でいうと微妙に高さがずれるので、atop は中央の括線を書かないので気にしない、ということにすれ…

3連PCR

新型肺炎で2回PCRしたけど陰性で、でも感染症の専門家がやっぱり疑わしいからダメ押しでもう一回PCRやって、というのでやったら陽性だった と言われた。検査には感度と特異度という検査特性が存在するので、検査が陽性だからといって本当にその疾患が陽性で…

Rのshiny をweb公開したときに日本語フォントが表示されないのがlibrary(showtext) で解決しなかった

ちょっとしたアプリケーションを作って、自分以外の、Rが使えない人でもデータを入力したら出力を得られるような仕様にしたい。 そこで、R のshiny を使ってweb にアクセスしたら使えるようにするわけだが、ローカル環境で構築したshiny アプリではプロット…

新型肺炎の変異株で若年者は本当に重症化しやすいのか

結論から言うと、0.うんぬん%以内の増加は40-50歳代の年齢層であるようだが、それよりも80歳以上の高齢者での死亡率増加が大きく、かつ感染者数が増えており重症のままベッドを占拠しておりながらもすぐに死亡してベッドを空ける、というわけではないので、…

Interrupted time series analysis でARIMAを使って真面目にやる

読んだ。 Interrupted time series analysis using autoregressive integrated moving average (ARIMA) models: a guide for evaluating large-scale health interventionsInterrupted time series analysis は介入の前後でlevel(増減、つまり切片)とtrend…

化合物の構造式を描きたい

という相談を受けた。 化合物なんてまったく扱ってないし構造式も大学入試以来描いたことがないが、こういうのはRで出来るだろうと思って調べたらあった。 ChemmineR: a compound mining framework for R | Bioinformatics | Oxford Academic ChemmineR: Che…

メタアナリシスで、サンプルサイズが最も大きいわけではないのに、weightが最大になるのはおかしくないですか?

という質問を受けた。 結論から言うとおかしくない。メタアナリシスのweight は各研究内の分散 と研究間の分散により (fixed model の場合)もしくは(random effect model の場合) で決まるから、分散が小さい、すなわち推定精度の高い研究はweight が大…

判別分析の判別線がおかしい

という相談を受けた。 解析したいデータは2変数なので、例として 判別分析モデルの応用 がついてきたが、3変数の場合はirisを用いて データ解析・マイニングとR言語 もついてきて、こんな感じでやりたい、と言われた。0/1のtype は以下の線形モデルで表現さ…

新型肺炎の年齢階級別死亡率

新型コロナウイルス 国内感染の状況 こちらの2021年1月13日時点の各年代別感染者数と死亡者数のデータがあったので単純に推定してみる。その1 drcパッケージにあるLL.4関数は、4パラメータモデルのロジスティック曲線に当てはめる。 これで簡単にやるその2 r…

高水準関数の作図後に低水準関数で作図したときの線の扱いをなんとかしたい

意味的にはこんな感じである。 plotで作図すると高水準関数といって、とりあえず作図されるが、その後に低水準関数と呼ばれる、例えばpointsやlineといった関数で後付でお絵描きができる。 自分がよくやるのはplotしたあとに、ある領域はこうである、みたい…

メタアナリシスっぽいので公平な入試を受けたい 令和2年版

この記事はR Advent Calendar 2020 - Qiitaの24日の配当記事です(書くネタなかったけど無理やりこじつけた メタアナリシスの解析にmeta パッケージを使っています。 令和2年版の調査結果というものを観測した。 医学部医学科の入学者選抜における公正確保等…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 12話

侑と歩夢回だったが孤立したノードがたくさん。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 11話

歩夢のレズメンヘラっぷりが炸裂したが果林としずくが相変わらずハブられていた。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 -…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 9話と10話

9話 彼方ちゃん孤立 10話 エマ孤立 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スク…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 8話

しずく回だったがかすみんが活躍しすぎ。 冒頭の侑が歩夢、果林、愛さんを呼ぶシーンがなければこの人たちは孤立するところだった。 彼方さんは孤立した。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 7話

彼方回だったが姉妹のいざこざを同好会でやられても…と思った。 果林とエマはだいぶ出番ないが大丈夫か? 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び…

ハザード比

カプランマイヤーによる生存曲線をやっていてCox proportional hazard モデルによるハザード比を出そうとして、シミュレーションデータで遊んでいただけの話。 prodlim パッケージにあるSimSurv 関数は、変数X1とX2があるが、とりあえずこれらは考えず、まっ…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 6話

りなりー回だったが今回はしずくもグラフに参加していた。 けどやっぱり陽キャギャルの愛さんのことが好きになってしまう。 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイド…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 5話

エマさん回だったわけだが、しずくがはぶられているが大丈夫か? 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話 - 驚異のアニヲタ社…

虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 4話

愛さんがキーパーソンすぎるわけだが、あんな娘現実におったらこっちが勝手に惚れてしまって振られてしまうやつじゃんェ… 虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会の名前呼び合いグラフをかく 1〜3話 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備

ソシャゲの生存率

こんな記事を観測した。 【悲報】ソシャゲの「10年生存率」、ほぼ0と判明する | やらおん!こんな面白い解析ネタがあったのに乗り遅れた。 しかし、図の生存曲線がどのように作られたかが謎である。カプランマイヤーなのだろうか。 しかも、10年で「ほぼ」0%…

交互作用項のある回帰分析で標準化偏回帰係数を求めるのに標準化はいつするべきか

みたいな相談を受けた。 回帰分析は最近ほとんどしないし、そもそもしたとしても交互作用の項は変数が増えるし解釈も面倒になるのでしたことがないのが本音だが、聞かれたので考えた。 結論から言うと、変数は先に標準化して、そして積を取るようである。 ir…

Rのプロット領域の角に文字をおきたい

論文のsub figure でAとかBとかを角に置きたいが、角の座標を取得したい。 Rのプロット領域の仕様として、余白 margin と描出されない外領域がある。 box 関数を使うと余白領域または外領域を囲ってくれるが、これは.External.graphics で関数を参照するのを…

二次計画法を久しぶりにやる

二次計画法をRでやる必要が出てきたので久しぶりにやってみる。 二次計画法はRはでは ただし、行列 が正定値行列でないと matrix D in quadratic function is not positive definite! と言われてしまうので、逆行列を持つように微妙に変化させた行列を無理や…

Rのformula をdata.frame の色々な変数の組み合わせで内容を変えながらやりたいのだが

というような質問を受けた。 glm関数とかでみかける、 A ~ B + C みたいな式の、A,B,Cをfor loopとかで内容変えながら生成する方法はないかとおもって。 A,B,Cはデータの列名やけど、その名前を変数に格納して渡しても無理でさ。 いちいちもとのデータの列名…

zip になってるshape ファイルをRのみの操作でダウンロードして扱いたい

という相談を受けた。 昔は地図を扱うときにsp というパッケージを使っていたが、最近ではsf が流行りだそうだ。 notchained.hatenablog.com インタラクティブにしたければleaflet があるが、普通にプレゼンとか論文の図にしたい、ということでsf を使いたい…

新型肺炎COVID-19の日本の実効再生産数を推定したrstanのコードを解説してみる

西浦先生が日本の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいの…

新型肺炎COVID-19の山梨大学医学部附属病院でのPCR検査の結果をrstanで解析する

山梨大学医学部附属病院で、慶応大学病院と同じように入院中の患者にPCR検査を行うと、370人中全員が陰性だったらしい。 山梨大病院、すべての入院患者らにPCR検査 全員陰性 [新型コロナウイルス]:朝日新聞デジタル 山梨大の島田真路学長は「陽性者がいる場…

新型肺炎COVID-19 の集中治療学会のデータを引っこ抜く

こんなデータがある。 covid19.jsicm.org COVID-19による全国の人工呼吸器患者数とECMO稼働数(と離脱者数、死亡者数、現在も治療されている最中の数)がjsでグリグリできる。 グリグリできるのはいいが、47都道府県+地方別とデータを取るのが面倒なので、引…