という相談を受けた。
化合物なんてまったく扱ってないし構造式も大学入試以来描いたことがないが、こういうのはRで出来るだろうと思って調べたらあった。
ChemmineR: a compound mining framework for R | Bioinformatics | Oxford Academic
ChemmineR: Cheminformatics Toolkit for R
ChemmineRを使ってみよう【1】 - アメリエフの技術ブログ
SDFでファイルをもらったのでSDFでやってみる。
化合物の情報はpubchemというデータベースからいろいろ取ってこれるので、ここからフェンタニルを取ってきてプロットしてみる。
sdfset <- read.SDFset("https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/CID/3345/record/SDF/?record_type=3d&response_type=display") plot(sdfset, print_cid=sdfset@SDF[[1]]@header["Molecule_Name"])
