行って来ました。 セガとEXIT TUNESメインで。 一日目 二日目 三日目

NKの助言と教授でもできるMacOSXへのX11とLaTeX、Ghostviewのインストレーションを参考に、TeXを導入した。 \documentclass{jarticle} \usepackage{amsmath} \begin{document} $$ \begin{pmatrix} a_{11} & a_{12} \\ a_{21} & a_{22} \end{pmatrix} $$ \end…

64F 頭痛を訴え外来受診 一次性 偏頭痛 群発頭痛 緊張性頭痛 うつ病 感冒（?） 二次性：何かしらの疾患がある くも膜下出血 脳梗塞 脳腫瘍 硬膜下血腫 側頭動脈炎 悪性高血圧 もやもや病 外傷 髄膜炎 低血糖 褐色細胞腫 高血圧（頭蓋内圧亢進症） 緑内障発作…

数学モデルの考え方、人口問題とモデル修正を例にとって。 モデルをどうするかというはなしについて、捨てて捨てて単純化して、微分方程式に落としこむのだが、捨てたものは覚えておく。 パラメータを厳密に決めて進めるようにする。 上のモデルでは指数関数…

人口問題の続き。 ズレが出てきたので、数学モデルの作り方の過程に戻って修正する。 マルサス法でイケイケドンドンかとおもいきや、やはりずれてくるようだ。 x <- 0:14 # 年度 y <- c(3.9, 5.3, 7.2, 9.6, 12.9, 17.1, 23.2, 31.4, 38.6, 50.2, 62.9, 76, …

微分方程式で数学モデルを作ろう 第一章 Thomas Robert Malthusの人口論を例にとって考えてみる。 ：ある時刻 ：ある時刻での人口数 ：出生数を規定する比例定数 ：死亡数を規定する比例定数 ： ：微小変化量 ある短い時刻の間の全人口の増加は これはオレで…

微分方程式で数学モデルを作ろう 現実社会（ここでは医学）の問題をモデル化するための主な過程 1 現実モデルを定式化する 2 モデルのための仮説を立てる 3 数学問題を定式化する 4 数学問題を解く 5 解の意味を説明する 6 モデルの妥当性を検証する（2へ戻…

微分方程式で数学モデルを作ろう作者: デヴィッド・バージェスモラグ・ボリー,垣田高夫,大町比佐栄出版社/メーカー: 日本評論社発売日: 1990/04/09メディア: 単行本購入: 15人 クリック: 101回この商品を含むブログ (5件) を見る微分方程式を用いた数学モデ…

53F 主訴：咳とともに喀血 吐血との違いは? 喀血：気道系からの出血。咳と一緒に出たらもういいんじゃないか。 吐血：トライツ靭帯より上部の消化管からの出血。嘔吐に血が混じっていたらそうである。 鑑別は気道系で分けてみる。 気管支 気管支喘息 気管支…

数学いらずの医科統計学PART6 の話。 対応のない/あるt検定について。 今回は平均値の比較がしたいということで、t検定を考えている。 t検定は教科書的には、正規分布を仮定しているが、正規分布には平均と分散の2パラメータが必要である。 帰無仮説：若いマ…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER31をRでやってみる。 McNemar検定の話。 ケースとコントロールが一致した、134のサンプルを抽出した。 ケースとコントロールを対応させたままには、McNemar検定を使ってみる data1 <- rbind(c(13, 4), c(25, 92)) mcnema…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER30をRでやってみる。 生存曲線については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Kirk AP (1980)らは、プレドニゾロンまたはプラセボを投与された、慢性活動性肝炎患者の生存を比較した（データはAltman DG …

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER31をRでやってみる。 対応のあるt検定については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Darwin (1876)は、自家受精させた種子からの植物成長と、他家受精させた種子からの植物成長を比較した。 # 他家受精 …

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER30をRでやってみる。 対応のないt検定については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Frazier EP, et al (2006)は、神経伝達物質であるノルアドレナリンが、どの程度膀胱括約筋を弛緩させるか測定した。 …

主訴：腹痛 63M 場所で鑑別 LUQ 腎炎 epigastric 膵炎 虚血性心疾患 胃十二指腸潰瘍 RUQ 肝炎 胆石 尿路結石 umbilical 膀胱炎 大動脈瘤 解離性大動脈瘤 LLQ 大腸癌 RLQ 虫垂炎 groin 膀胱炎 whole イレウス 腹膜炎 腸炎 過敏性大腸炎 問診 O：48時間前 R：…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER28 Lucas ME, et al;2005は、コレラワクチンが有効かどうかを調査した。 フィッシャーの正確確率検定を使ってみる。 Lucas <- matrix(c(10, 33, 94, 78), nr = 2, nc = 2) fisher.test(Lucas) Fisher's Exact Test for C…

PART6 CHAPTER27 用語の確認。本中の語を転載する。 罹患率incidence：新たな疾患発症例の比率 有病率prevalence ：疾患を有している群の比率 前向き研究prospective study（縦断研究longitudinal ~）：2群を選ぶ。一方の群は可能性のある危険因子に暴露され…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER26をRでやってみる。 観察された分布と期待される分布の比較 カイ二乗適合度検定についての話。 Kales SN, et al; N Engl J Med. 2007では、消防士の勤務中に心疾患での死亡が多いかどうかを論じている。 消火活動中に心…

主訴：発赤 13歳少年 丘疹と水疱どちらが出るかで鑑別してみる。 丘疹（ぶつぶつない） アレルギー 風疹 麻疹（色素沈着、二峰性発熱、koplik斑） 突発性発疹（解熱後の発疹） ツツガムシ 水疱（ぶつぶつある） 水痘・帯状疱疹 HHV関連は多い アレルギー 薬 …

こちらから。 リサンプリングの話。 t検定は正規分布を仮定しているが、リサンプリングは正規分布を仮定できないときでも使える。 計算機の進化によって大量のシミュレーションができるようになった。 ただ、いつでも使えるからいつでもやるわけでもなく、t…

p値の続き（その1）。 PART4 CHAPTER15のシミュレーション。 Heal(2009)は、手術創に対する抗生物質投与が創感染を減少させるか調べた。 これをランダム割付けで試験した（後述）。データだけもらってくる。 ランダム割付けの結果、488人に抗生物質、484人に…

p値の続きのこちらの続き。 ブートストラップ法を用いてp値を計算してみようと試みている。 信頼区間のときにやったのと同じようなことである。 本では、12人からの体温サンプルを500回リサンプリングしている。 このとき、わずか7つが平均が37.0を超えたら…

p値の続き。 PART4 CHAPTER15のシミュレーション。 こちらで体温を扱ったのでこれを流用してみる。 平均的な正常体温は37.0度だと多くの書物は示しているらしい。 ここで、130人の体温をランダムにサンプリングしたら、平均は36.82度、95%信頼区間は36.75~36…

ライフサイエンス統合データベースセンターから来られた先生の話。 FANTOM：ゲノム注釈ツール SayaMatcher：ゲノム配列に自分の探したい配列パターンをmatchさせることを始めとした生物情報解析ツール群 ライフサイエンス統合データベース：ライフサイエンス…

友達からの問題。 を[tex:01]をになる回数の期待値は? という問題。 一回の試行の期待値がだから2くらいじゃね?と思ってシミュレーションしてみる。 # 和が初めて1を超えるときを返す関数 f<- function(vec){ return(head(which(vec>1),1)) } pp<- seq(1,100…

56F 結膜が黄色いほどの黄疸が2週間続く。 ビリルビンについて T-Bil 2-3mg/dl 正常は1以下 測定できるのは直接Bil。 生理 脾臓でヘモグロビン 間接ビリルビン（脂溶性）Albと結合して肝臓へ グルクロン酸抱合により直接ビリルビン（水溶性）に変換されて排…

初音ミク感謝祭が開催されることが発表されました。 ライブがOSCE前?何それおいしいの?

こちらから。 IsoGeneパッケージを導入する。 IsoGeneを取る前に、Bioconductorのaffyパッケージを入手する。 ・Windowsの場合 Rconsoleの上のタブで、パッケージ->リポジトリを選び、小窓のBioC softwareを設定する。 その後 install.package("affy") insta…

58F 救急外来に息切れを主訴に来院 肺に関する鑑別が多く挙がるだろう 呼吸器系 COPD 喘息 肺癌（肺門部は?：扁平上皮癌、小細胞癌） 肺塞栓 肺炎 間質性肺炎 肺水腫 ARDS 悪性中皮腫 気胸 縦隔腫瘍 癌性胸膜炎 両側反回神経麻痺 循環器系 横隔神経麻痺 心不…