2011-01-01から1年間の記事一覧

C81

行って来ました。 セガとEXIT TUNESメインで。 一日目 二日目 三日目

TeXをMacOSに導入する

NKの助言と教授でもできるMacOSXへのX11とLaTeX、Ghostviewのインストレーションを参考に、TeXを導入した。 \documentclass{jarticle} \usepackage{amsmath} \begin{document} $$ \begin{pmatrix} a_{11} & a_{12} \\ a_{21} & a_{22} \end{pmatrix} $$ \end…

クリスマス終了のお知らせ

頭痛(担当AM)

64F 頭痛を訴え外来受診 一次性 偏頭痛 群発頭痛 緊張性頭痛 うつ病 感冒(?) 二次性:何かしらの疾患がある くも膜下出血 脳梗塞 脳腫瘍 硬膜下血腫 側頭動脈炎 悪性高血圧 もやもや病 外傷 髄膜炎 低血糖 褐色細胞腫 高血圧(頭蓋内圧亢進症) 緑内障発作…

12/19 MIKUセミナー

数学モデルの考え方、人口問題とモデル修正を例にとって。 モデルをどうするかというはなしについて、捨てて捨てて単純化して、微分方程式に落としこむのだが、捨てたものは覚えておく。 パラメータを厳密に決めて進めるようにする。 上のモデルでは指数関数…

人口問題 ズレを修正する

人口問題の続き。 ズレが出てきたので、数学モデルの作り方の過程に戻って修正する。 マルサス法でイケイケドンドンかとおもいきや、やはりずれてくるようだ。 x <- 0:14 # 年度 y <- c(3.9, 5.3, 7.2, 9.6, 12.9, 17.1, 23.2, 31.4, 38.6, 50.2, 62.9, 76, …

人口問題

微分方程式で数学モデルを作ろう 第一章 Thomas Robert Malthusの人口論を例にとって考えてみる。 :ある時刻 :ある時刻での人口数 :出生数を規定する比例定数 :死亡数を規定する比例定数 : :微小変化量 ある短い時刻の間の全人口の増加は これはオレで…

数学モデルの作り方

微分方程式で数学モデルを作ろう 現実社会(ここでは医学)の問題をモデル化するための主な過程 1 現実モデルを定式化する 2 モデルのための仮説を立てる 3 数学問題を定式化する 4 数学問題を解く 5 解の意味を説明する 6 モデルの妥当性を検証する(2へ戻…

微分方程式で数学モデルを作ろう

微分方程式で数学モデルを作ろう作者: デヴィッド・バージェスモラグ・ボリー,垣田高夫,大町比佐栄出版社/メーカー: 日本評論社発売日: 1990/04/09メディア: 単行本購入: 15人 クリック: 101回この商品を含むブログ (5件) を見る微分方程式を用いた数学モデ…

喀血(担当HF)

53F 主訴:咳とともに喀血 吐血との違いは? 喀血:気道系からの出血。咳と一緒に出たらもういいんじゃないか。 吐血:トライツ靭帯より上部の消化管からの出血。嘔吐に血が混じっていたらそうである。 鑑別は気道系で分けてみる。 気管支 気管支喘息 気管支…

12/12 MIKUセミナー

数学いらずの医科統計学PART6 の話。 対応のない/あるt検定について。 今回は平均値の比較がしたいということで、t検定を考えている。 t検定は教科書的には、正規分布を仮定しているが、正規分布には平均と分散の2パラメータが必要である。 帰無仮説:若いマ…

対応のあるケースコントロール研究 McNemar検定

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER31をRでやってみる。 McNemar検定の話。 ケースとコントロールが一致した、134のサンプルを抽出した。 ケースとコントロールを対応させたままには、McNemar検定を使ってみる data1 <- rbind(c(13, 4), c(25, 92)) mcnema…

生存曲線の比較

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER30をRでやってみる。 生存曲線については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Kirk AP (1980)らは、プレドニゾロンまたはプラセボを投与された、慢性活動性肝炎患者の生存を比較した(データはAltman DG …

対応のある2群の比較

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER31をRでやってみる。 対応のあるt検定については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Darwin (1876)は、自家受精させた種子からの植物成長と、他家受精させた種子からの植物成長を比較した。 # 他家受精 …

2つの平均値の比較:対応のないt検定

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER30をRでやってみる。 対応のないt検定については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Frazier EP, et al (2006)は、神経伝達物質であるノルアドレナリンが、どの程度膀胱括約筋を弛緩させるか測定した。 …

腹痛(担当YM)

主訴:腹痛 63M 場所で鑑別 LUQ 腎炎 epigastric 膵炎 虚血性心疾患 胃十二指腸潰瘍 RUQ 肝炎 胆石 尿路結石 umbilical 膀胱炎 大動脈瘤 解離性大動脈瘤 LLQ 大腸癌 RLQ 虫垂炎 groin 膀胱炎 whole イレウス 腹膜炎 腸炎 過敏性大腸炎 問診 O:48時間前 R:…

ケースコントロール研究

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER28 Lucas ME, et al;2005は、コレラワクチンが有効かどうかを調査した。 フィッシャーの正確確率検定を使ってみる。 Lucas <- matrix(c(10, 33, 94, 78), nr = 2, nc = 2) fisher.test(Lucas) Fisher's Exact Test for C…

前向き研究と実験研究

PART6 CHAPTER27 用語の確認。本中の語を転載する。 罹患率incidence:新たな疾患発症例の比率 有病率prevalence :疾患を有している群の比率 前向き研究prospective study(縦断研究longitudinal ~):2群を選ぶ。一方の群は可能性のある危険因子に暴露され…

統計学的検定法 カイ二乗適合度検定

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER26をRでやってみる。 観察された分布と期待される分布の比較 カイ二乗適合度検定についての話。 Kales SN, et al; N Engl J Med. 2007では、消防士の勤務中に心疾患での死亡が多いかどうかを論じている。 消火活動中に心…

発赤(担当AY)

主訴:発赤 13歳少年 丘疹と水疱どちらが出るかで鑑別してみる。 丘疹(ぶつぶつない) アレルギー 風疹 麻疹(色素沈着、二峰性発熱、koplik斑) 突発性発疹(解熱後の発疹) ツツガムシ 水疱(ぶつぶつある) 水痘・帯状疱疹 HHV関連は多い アレルギー 薬 …

11/28 MIKUセミナー

こちらから。 リサンプリングの話。 t検定は正規分布を仮定しているが、リサンプリングは正規分布を仮定できないときでも使える。 計算機の進化によって大量のシミュレーションができるようになった。 ただ、いつでも使えるからいつでもやるわけでもなく、t…

例題をやってみる その2

p値の続き(その1)。 PART4 CHAPTER15のシミュレーション。 Heal(2009)は、手術創に対する抗生物質投与が創感染を減少させるか調べた。 これをランダム割付けで試験した(後述)。データだけもらってくる。 ランダム割付けの結果、488人に抗生物質、484人に…

例題をやってみる その1の続き ブートストラップ法

p値の続きのこちらの続き。 ブートストラップ法を用いてp値を計算してみようと試みている。 信頼区間のときにやったのと同じようなことである。 本では、12人からの体温サンプルを500回リサンプリングしている。 このとき、わずか7つが平均が37.0を超えたら…

例題をやってみる その1

p値の続き。 PART4 CHAPTER15のシミュレーション。 こちらで体温を扱ったのでこれを流用してみる。 平均的な正常体温は37.0度だと多くの書物は示しているらしい。 ここで、130人の体温をランダムにサンプリングしたら、平均は36.82度、95%信頼区間は36.75~36…

ライフサイエンス統合データベースセンター

ライフサイエンス統合データベースセンターから来られた先生の話。 FANTOM:ゲノム注釈ツール SayaMatcher:ゲノム配列に自分の探したい配列パターンをmatchさせることを始めとした生物情報解析ツール群 ライフサイエンス統合データベース:ライフサイエンス…

問題をシミュレーションで解く

友達からの問題。 を[tex:01]をになる回数の期待値は? という問題。 一回の試行の期待値がだから2くらいじゃね?と思ってシミュレーションしてみる。 # 和が初めて1を超えるときを返す関数 f<- function(vec){ return(head(which(vec>1),1)) } pp<- seq(1,100…

黄疸(担当MO)

56F 結膜が黄色いほどの黄疸が2週間続く。 ビリルビンについて T-Bil 2-3mg/dl 正常は1以下 測定できるのは直接Bil。 生理 脾臓でヘモグロビン 間接ビリルビン(脂溶性)Albと結合して肝臓へ グルクロン酸抱合により直接ビリルビン(水溶性)に変換されて排…

初音ミク感謝祭

初音ミク感謝祭が開催されることが発表されました。 ライブがOSCE前?何それおいしいの?

dose-responseの大規模データ

こちらから。 IsoGeneパッケージを導入する。 IsoGeneを取る前に、Bioconductorのaffyパッケージを入手する。 ・Windowsの場合 Rconsoleの上のタブで、パッケージ->リポジトリを選び、小窓のBioC softwareを設定する。 その後 install.package("affy") insta…

呼吸困難(担当HA)

58F 救急外来に息切れを主訴に来院 肺に関する鑑別が多く挙がるだろう 呼吸器系 COPD 喘息 肺癌(肺門部は?:扁平上皮癌、小細胞癌) 肺塞栓 肺炎 間質性肺炎 肺水腫 ARDS 悪性中皮腫 気胸 縦隔腫瘍 癌性胸膜炎 両側反回神経麻痺 循環器系 横隔神経麻痺 心不…