薬剤の投与量を考えるときに、クレアチニンクリアランスというものを考慮しないといけないのだが、クレアチニンクリアランスにはクレアチニンと男女と体重が必要である。 そんなものは電子カルテで自動計算してくれればいいのだが、デフォルトではしてくれな…

という相談を受けた。 化合物なんてまったく扱ってないし構造式も大学入試以来描いたことがないが、こういうのはRで出来るだろうと思って調べたらあった。 ChemmineR: a compound mining framework for R | Bioinformatics | Oxford Academic ChemmineR: Che…

読んだ。一歩進んだ麻酔管理~常識は常に真実か?~作者: 国沢卓之出版社/メーカー: 克誠堂出版発売日: 2019/05/01メディア: 単行本この商品を含むブログを見るCOI：自費で購入見開き2-4ページで1項目でさくさく読める。ページ余白が少なくなんか情報量多く感じ…

Shinyというhtml 上でいろいろパラメータをいじったものを即座に計算して描出するインタラクティブでなんかすごいアプリがあったのだが、rmarkdown と同様に手をつけることなく放置していた。 せっかちな人はこちら → https://yfujii08.shinyapps.io/pkpdsim…

読んだ。 Lancet. 2017 May 27;389(10084):2105-2116. 読んだ印象としては日本ではあまり意味がないかもと思った。 パキスタン、カメルーンなど発展途上国の21ヶ国193施設から、トラネキサム1g群10036人とプラセボ（生食）9985人がリクルートされて、出血多…

読んだ。 Machine learning-based prediction of adverse drug effects: an example of seizure-inducing compounds プレスリリース COI：なし 薬学も電気生理学も情報科学も何ひとつ専門ではないけど、100%予測に釣られたので書く。 seizure (けいれん)を引…

こんな感じのデータを見た。 基本的に痛み止めとして処方されている量から、急に痛みが出た時の頓服量(レスキュー)を知りたいわけだが、データがこんな感じなので予測ができず、タイトレーションは適宜やってみて決める、という話。 相関係数がなぜかspearma…

タンパク質間相互作用と分子動力学法をやるプログラムの簡単なセミナーに出たのでやってみる。 たぶん日本語のブログでは初の記事ではないかと制作者も言っていた。 必要なプログラムのインストールは一番下。推奨OSはUbuntu 12.04 LTS。 リリース 12.04 (pr…

酸素解離曲線をやっていたのだが、SpO2が100%になるときの推定が設定不十分だったので、パラメータを設定して推定しなおした。 SpO2=100%とPaO2=98Torrが対応するらしいのでその値も加えた。 曲線の形がなんかうまくいかなかったのでこちらはLL.4による推定…

1種類の薬剤を加えて、用量反応曲線を描いてきた。 世界的には2剤以上併用して、相乗効果があるかどうかを調べたい人がいるらしい。 臨床的には、例えば、悪性リンパ腫治療としてのRCHOP治療など、作用機序が異なる薬剤を少量ずつ使用することで、副作用を軽…

成長と減衰を薬物動態で考える。 投与量を変更した場合の効果 適当な濃度域内に調節したいとき 間隔を変更した場合の効果 腎機能障害などで排泄が悪い場合 コンパートメントを増やす

微分方程式で数学モデルを作ろうの第2章。

用量反応曲線を描いているのだが、複数の曲線からそれぞれEC50を得たとき、比較したい。 よくある(?)手法として、EC50のSDを求めて、それが曲線間でかぶる範囲があるかないかで差を判定する、という手法があるらしいのだが、これが頭の中で物議を醸していた…

こちらの続き。 データはこちらから。 曲線で囲まれる斜線部の面積を求めてみる。 という関数なので、与えられた濃度で積分してみる。 ただし、x軸は常用対数であることに注意して conc<- c(0.01,0.03,0.1, 0.3,1, 3,10, 30,100,300,1000) resp<- c(1,1,1,7,…

今やっていることで、用量反応曲線の漸近線の有無を評価したい。 毎度おなじみ、こちらのデータを使って漸近線について考えてみる。 用量反応曲線を書くために、R上では以下のロジスティック曲線を推定している。 微分係数が0のとき、傾きが0という高校数学…

こちらの続き。 決定係数を出したかったのだが、drm関数中にはなさそうなので自作する。 n個のデータがあって、とすると ：決定係数 ：実測値 ：回帰による推定値 ：観測値の平均 より と定義されるらしい。 パラメータの数により、上の決定係数の定義は良く…

用量反応曲線（Hill's curve?）を描くことになった。 だがしかし、グーグル先生に聞くと、いろいろ引っかかる（これとかこれ）けれども、用量反応曲線を描いた人はなかなか引っかからない。 というわけでやってみる。 実は昔やろうとして挫折していた。ここ…

風邪をひいたようだ。 看病募集中。 あったかいおかゆをﾌｰﾌｰしてｱｰﾝ。 薬物動態学、というのを学んでいる。 血中濃度をモニターしないといけない薬がいくつかあるとかで そういうとき、というか薬を処方したら問題になるのが、患者がきちんと飲んでいるか。 …

中枢神経に作用する薬剤をマウスに投与して、マウスの行動変化を測定した。 前シナプスから後シナプスへ、神経伝達物質を介して刺激が伝わることでマウスが行動する。ここでは、ドーパミンが行動を規定している（だろう）ものとして、実験を行った。 前シナ…

CardioLabというシミュレーションソフトを用いて、交感神経・副交感神経作用薬の効果を調べ、容量反応曲線およびSchild plotを描いた。 シミュレーションと聞いてwktkだったのに、いざやってみると 教員「じゃ、私の言うとおりに数値入力して」 …教員「じゃ…

薬理学実習なるものがありました。 実習項目はいくつかありましたが、時間の都合上2つだけしかできませんでした。 交感神経・副交感神経作用薬による血圧調節 まあ何をするかざっくり言うと、アドレナリンとアセチルコリンを投与して血圧変化を追いましょう…