西浦先生が日本の実効再生産数を推定した。 コードはrstanで下記から取れる。 https://nbviewer.jupyter.org/github/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/tree/master/解説動画を見逃したのでコードと関連論文からのお勉強になるが、肝としては、 ・知りたいの…

3次元物体の曲率を以前やっていたのだが、自前のスクリプトに重大なミスが発覚したので、プログラミング力の高い人のプログラムから借用することを考える。 離散的な3D オブジェクトから、平均曲率とガウス曲率を計算したいが、意外とない。 と思ったらMeshL…

蛍光イメージング動画があって、そこから細胞の3次元の形を再構成したい。 手順としては、 蛍光イメージの取得：他力本願 2Dでのセグメンテーション：他力本願、大津法 セグメンテーションされた領域の抽出：openCV セグメンテーションされた領域内で欠けて…

物体の体積と表面積を計算したい。 三角メッシュ化されていれば、表面の三角形を足せば表面積はどうにかなる。 問題は体積。 The GNU Triangulated Surface Library(GTS)というもので計算できるっぽい。 sudo apt-get install libgts-dev Python でも使える…

四元数の内積が欲しかったのでメモ。 四元数は2つの虚数単位, , (), と4つの実数, , , を用いて と書ける。これを実数部分(スカラー部)と虚部(ベクトル部)に分けて とも書く。 いま、ふたつの四元数, について、積は となる。 計算して確かめる。三角形の面…