他の病原体と比較したエボラという図を見た。
x軸には一人の感染者が何人の新たな感染者を生むか、y軸には感染した場合の死亡率がプロットされている。
死亡率0〜10%の病原体は多く、この領域だけ対数軸になっているのだが、ここは変換してゴリ押しした。
感染者数が多い病原体は麻疹などの空気感染のものが多い。幸いにもこれらの病原体の死亡率は割と低くなっている。
死亡率が高い病原体はエボラ出血熱のような接触感染、HIVのような性感染、他は糞便など、濃厚に接触しないと感染しないものが多い、という感じ。
このプロットがどうやって作られたのかと不思議がっている知り合いがいたのでRでゴリ押しした。ggplotは使わない主義。
入手したデータとプロット、微妙に違うけど無視!!
# データの読み込み dat <- read.delim("clipboard") # y軸について変換する。 # 0 〜 10%のところ Y <- rep(0, length(dat$case.fatality.rate)) idx <- dat$case.fatality.rate <= 10 & dat$case.fatality.rate > 0 y <- log(dat$case.fatality.rate[idx], 10) y1 <- (y+2) Y <- replace(Y, idx, y1) # 10 〜 100%のところ idx <- dat$case.fatality.rate > 10 y <- dat$case.fatality.rate[idx] y2 <- (y-10)/(100-10)*(12-3) + 3 Y <- replace(Y, idx, y2) # 感染経路 tr <- dat$primary.mode.of.transmission # 感染経路の色付け led.col <- c("darkslategray4", "tan", "violet", "black", "skyblue", "orange", grey(0.7)) # 0 - 10% の対数軸が 0 - 3, 10 - 100% の実数軸が 3 - 12 に対応する。 xl <- 0:12 yl <- c(0, 0.1, 1, 10*(1:10)) xmax <- 19 # x軸の最大値 poly.x <- rep(c(0, xmax), each=2) # 灰色に塗りつぶす用 poly.y <- rep(c(-1, 100), each=2) # 灰色に塗りつぶす用 ab.v <- c(1, 5, 7, 12, xmax) # 縦軸の実線 ab.h <- c(2, 4, 7, 12) # 横軸の実線 cex <- 1.5 # 文字サイズ # ここからプロット par(mar=c(3, 3, 3, 6)) plot(yl, xl, xaxt="n", yaxt="n", type="n", xlim=c(0, xmax), axes=FALSE, xlab="", ylab="") mtext("The Microbe-scope", 3, line=1.5, cex=cex) poly.x <- rep(c(par()$usr[1], par()$usr[2]), each=2) polygon(poly.x, c(0, 2, 2, 0), col=grey(0.9), border=NA) polygon(poly.x, c(4, 7, 7, 4), col=grey(0.9), border=NA) abline(h=xl, v=0:xmax, lty=3, col=grey(0.7)) polygon(poly.x, c(12, 13, 13, 12), col="white", border=NA) polygon(c(xmax, 20, 20, xmax), poly.y, col="white", border=NA) abline(h=c(0, ab.h), lty=3, col=grey(0.7)) abline(h=2, v=1, col="black") abline(v=tail(ab.v, -1), col=gray(0.7)) polygon(c(-xmax, 0, 0, -xmax), poly.y, col="white", border=NA) polygon(poly.x, c(-12, 0, 0, -12)-10e-3, col="white", border=NA) axis(1, at=0:xmax, labels=0:xmax, lwd=0, padj=-2.5) #axis(2, at=xl, labels=paste(yl, "%", sep=""), lwd=0, las=1) text(par()$usr[1]+0.7, xl, paste(yl, "%", sep=""), xpd=TRUE, pos=2) tx <- c("not very", "quite contagious", "very", "highly", "vaccinate now!") text((c(0, head(ab.v, -1)) + ab.v)/2, par()$usr[4], tx, xpd=TRUE) tx <- c("not too deadly\nhigh-risk group\n(infants, the aged)", "quite deadly\nunlucky/unhealthy", "deadly\nhigh chance", "extremely dead\ndeath likely") text(xmax, (c(0, head(ab.h, -1)) + ab.h)/2, tx, xpd=TRUE, pos=4) legend(14.5, 12, legend=levels(tr), text.col=led.col, bg="white", title="PRIMARY TRANSMISSION METHOD", cex=0.7, pch=16, col=led.col) text(1-0.4, 0-1.2, "R0 = 1\ndesease not\nlikely to spread", xpd=TRUE, pos=4, cex=0.6, col=grey(0.3)) mtext("CONTAGIOUSNESS average basic reproduction number", 1, line=1.2, cex=cex) mtext("DEADLINESS case fatality rate", 2, line=1.2, cex=cex) points(dat$average.basic.reproductive.rate, Y, col=led.col[c(tr)], pch=16) text(dat$average.basic.reproductive.rate, Y, dat$microbe, col=led.col[c(tr)], pos=4, cex=0.7, xpd=TRUE)
microbe case fatality rate average basic reproductive rate primary mode of transmission Bird Flu (H5N1) 60 1 airborne Bubonic Plague (untreated) 60 1 bites C.Difficile 24 1.25 fecal-oral Campylobacter 1.2 0.19 food Chicken Pox 0 8.5 airborne Cholera 1.63 2.13 airborne Dengue Fever 5 3 bites Diphtheria 7.5 6.5 body fluids E.coli 4 1.15 fecal-oral Ebola 50 2.5 body fluids Hepatitis B 0.75 4.04 body fluids HIV (treated) 2.1 3.5 sexual contact HIV (untreated) 80 3.5 sexual contact Influenza Pandemic 1918 2.5 3 airborne Lyme Disease 0.2 4.4 bites Malaria (P. falciparum) 0.5 80 bites Malaria (P. malariae) 0.5 16 bites Measles 0.3 15 airborne MERS 45 0.5 airborne MRSA 20 1.625 surfaces Mumps 1 12.5 airborne Norovirus 0.01 2 surfaces Pertussis (Whooping Cough) 4 14.5 airborne Polio 22 6 fecal-oral Rabies (treated) 1 1.6 bites Rabies (untreated) 100 1.6 bites Rhinovirus 0 6 airborne Rotavirus 0 17.6 fecal-oral Rubella 0 6 airborne Salmonella 1 0.8 food SARS 9.6 2.4 airborne Scarlet Fever 0.5 2.8 body fluids Seasonal Flu 0.1 2.5 airborne Smallpox 15 6 airborne Swine Flu (H1N1) 0.2 1.5 airborne Syphilis (untreated) 33 0.9 sexual contact Tuberculosis (untreated) 60 5.7 airborne Typhoid 20 2.8 fecal-oral Pneumonic Plague (untreated) 100 3.2 airborne
