遺伝統計夏の学校というものに来ている。
データベースが増えすぎていてすべてはもちろんわからないので、知った時に知識を増やしておこう。
スライドより一覧。
ゲノム・遺伝子情報のWebツール
UCSC Genome Browser https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway
ゲノム配列の標準的な閲覧サイト。遺伝子周辺のヒトゲノム領域において、塩基配列・遺伝子情報・エピゲノム情報・SNP、等の情報を閲覧することができます。
NCBI Gene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
遺伝子情報を集約した標準的なデータベースです。
HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee) http://www.genenames.org/
遺伝子の名称をまとめた公式サイトです。
EMBL-EBI http://www.ebi.ac.uk/
遺伝子情報を集約した標準的なデータベースです
Ensembl http://asia.ensembl.org/index.html
遺伝子情報を集約した標準的なデータベースです
miRBase http://www.mirbase.org/
マイクロRNA情報を集約した標準的なデータベースです。
IMGT/HLA http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
HLA遺伝子配列情報（＝白血球の血液型）を集約したデータベースです。
遺伝子変異・SNP情報のWebツール
dbSNP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
SNP情報を集約した標準的なデータベースです
ClinVar http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
疾患リスクに重点を置いてSNP情報を集約したデータベースです。
1000 Genomes Project http://www.1000genomes.org/
多数の人類集団2500人の全ゲノムシークエンス結果を公開しています。
NHLBI Exome Sequencing Project (ESP) http://evs.gs.washington.edu/EVS/
複数集団６千人の全エクソームシークエンス結果を公開しています。
ExAC Browser http://exac.broadinstitute.org/
複数集団６万人の全エクソームシークエンス結果を公開しています。
HaploReg http://www.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php
SNP同士の連鎖不平衡関係（集団内分布の非独立性）やエピゲノム情報を提供するデータベースです。
SNP@Evolutinon http://124.16.129.22/db/index.php
各遺伝子変異が集団の中で受ける選択圧（生存の有利/不利）の指標がまとめられています。
疾患感受性遺伝子情報・解析結果のWebツール
GWAS catalog https://www.ebi.ac.uk/gwas/
GWAS結果（疾患名・遺伝子名・SNP名・論文名）のアーカイブサイトです。
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) http://www.omim.org/
希少疾患を中心に、感受性遺伝子情報を集約したデータベースです。
GIANT consortium http://portals.broadinstitute.org/collaboration/giant/index.php/GIANT_consortium_data_files
身長/肥満GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
MAGIC http://www.magicinvestigators.org/downloads/
インスリン代謝GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
AMD Gene Consortium http://csg.sph.umich.edu//abecasis/public/amdgene2012/
AMD GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
Global Lipids Genetics Consortium http://csg.sph.umich.edu//abecasis/public/lipids2013/
脂質GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
Global Urate Genetics Consortium http://metabolomics.helmholtz-muenchen.de/gugc/
尿酸値/痛風GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
CKDGEN http://www.nhlbi.nih.gov/research/intramural/researchers/pi/fox-caroline/datasets
腎機能GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
The International Genomics of Alzheimer's Project http://web.pasteur-lille.fr/en/recherche/u744/igap/igap_download.php
アルツハイマー病GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
IBD Genetics http://www.ibdgenetics.org/downloads.html
炎症性腸疾患GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
遺伝統計学分野HP http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/tools.html
関節リウマチGWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
ReproGen Consortium http://www.reprogen.org/data_download.html
初潮開始年齢GWASの全SNPの結果がダウンロードできるサイトです。
Locus Zoom http://locuszoom.sph.umich.edu/locuszoom/
GWAS解析結果の、領域内SNP P値の図を書くことができるサイトです。
COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic
がん体細胞変異情報が蓄積されたカタログデータベースです。
エピゲノム情報のWebツール
GEO database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
遺伝子発現データベースサイトです。
GTEx Portal http://www.gtexportal.org/home/
900名の献体から得られた体内組織の遺伝子発現データが公開されたサイトです。
PBMC eQTL browser http://genenetwork.nl/bloodeqtlbrowser/
5000名の末梢血由来遺伝子発現eQTL解析結果の公開サイトです。
Human Genetic Variation Database http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/SnpDB/index.html
日本人集団エクソーム解析で得られた、ゲノム変異のデータベースです。
ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) https://www.encodeproject.org/
組織特異的エピゲノム情報を網羅的するENCODEプロジェクトのサイトです。
geuvadis http://www.geuvadis.org/web/geuvadis
eQTL 解析の遺伝子発現量データ
創薬情報のWebツール
DRUGBANK http://www.drugbank.ca/
治療薬とその標的遺伝子に関するデータベースサイトです。
TTD (Therapeutic Targets Database) http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/TTD_HOME.asp
治療薬とその標的遺伝子に関するデータベースサイトです。
SuperTarget http://insilico.charite.de/supertarget/index.php
治療薬とその標的遺伝子に関するデータベースサイトです。特に標的遺伝子に注力されています。
STITCH http://stitch.embl.de/cgi/show_input_page.pl
化合物とタンパク質が構成するネットワーク情報のサイトです。
STRING http://string-db.org/
タンパク質間相互作用ネットワーク情報のサイトです。
