SPADEが使いやすくなったので、二次元キャラのプロフィールデータを多次元データとみなして、年齢とプロフィールがどう変わっていくのかをながめた。
グラフレイアウトが前回と変わっているが、左上がロリで右下が年を取っていっている感じ。年齢の作用が強いのか、ラブライブの面子は学年が同じだとすべて同じクラスターに属していたし、如月千早と及川雫が同じクラスターというのはちょっとどうかと思う。
(^q^)「くおえうえーーーるえうおおおｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗ」は真ん中だった。というのも、彼女自体はグラマラスなのだが、年齢が18歳と全体平均ちょっと上なくらいなので、分化としては中間っぽい。
$`0` name age height weight B W H type 1 新垣雛菜 17 155 47 79 55 80 GF 3 見吉奈央 17 170 45 83 53 85 GF 6 椎名心実 17 160 48 83 58 85 GF 7 ミス・モノクローム 17 155 46 78 57 80 GF 8 遠山未涼 17 160 45 70 56 70 GF 13 山田はな 17 151 43 68 60 70 GF 15 前田彩賀 17 159 49 76 58 78 GF 18 川淵一美 17 158 46 73 59 74 GF 20 岸田稚慧 17 154 44 71 62 73 GF 22 加賀美茉莉 17 153 44 73 53 78 GF 23 霧生典子 17 171 49 74 58 78 GF 25 赤瀬川摩姫 17 160 45 77 56 79 GF 29 南條クミコ 17 162 48 78 62 81 GF 30 戸村美知留 17 162 48 85 58 87 GF 33 夏目真尋 17 153 44 79 57 77 GF 35 掛井園美 17 156 47 82 60 83 GF 36 螺子川来夢 17 155 48 78 60 81 GF 40 伊勢崎郁歩 17 157 48 75 55 80 GF 46 古谷朱里 17 163 48 75 59 85 GF 52 皆口英里 17 166 52 78 63 80 GF 53 八束由紀恵 17 161 45 70 56 73 GF 56 上条るい 17 158 44 70 53 73 GF 58 南田七星 17 157 47 78 58 80 GF 60 櫻井明音 17 160 48 85 58 87 GF 62 石田いすき 17 146 45 69 55 74 GF 66 川上瀬莉 17 163 48 80 62 81 GF 69 黒川凪子 17 158 48 79 56 81 GF 71 姫島木乃子 17 145 42 69 53 70 GF 73 湯川基世 17 148 44 72 54 75 GF 74 押井知 17 153 44 75 57 79 GF 75 雪風真弥 17 173 49 68 64 69 GF 76 相楽エミ 17 152 45 83 56 84 GF 77 春宮つぐみ 17 165 46 80 57 78 GF 79 李春燕 17 160 48 82 58 85 GF 80 東野梓 17 158 50 76 63 77 GF 81 佐伯鞠香 17 155 46 79 56 82 GF 83 羽鳥晶 17 166 51 78 60 80 GF 88 高崎瑠依 17 163 48 82 58 85 GF 90 不知火五十鈴 17 146 43 78 55 81 GF 91 風町陽歌 17 156 46 80 56 83 GF 92 東雲レイ 17 153 46 70 55 73 GF 96 白瀬つづり 17 154 44 72 55 74 GF 97 白鳥詩織 17 156 45 76 54 80 GF 99 早見英子 17 165 53 70 61 73 GF 100 熊田一葉 17 162 48 78 62 78 GF 102 岩本樹 17 164 49 73 57 76 GF 106 桐山優月 17 155 46 78 55 80 GF 109 吉川繭子 17 163 50 85 58 86 GF 112 鈴河凜乃 17 157 42 73 57 72 GF 119 岡本未夕 17 162 48 80 60 86 WUG 120 岩崎志保 17 163 45 82 55 81 WUG 127 東條希 17 156 43 90 60 82 LoveLive 128 絢瀬絵里 17 162 47 88 60 84 LoveLive 135 矢澤にこ 17 154 41 74 57 79 LoveLive 136 天海春香 17 158 46 83 56 82 imas 138 菊地真 17 159 44 75 57 78 imas 140 島村卯月 17 159 45 83 59 87 imas 147 三村かな子 17 153 52 90 65 89 imas 150 小日向美穂 17 155 42 82 59 86 imas 166 西園寺琴歌 17 156 46 87 57 85 imas 167 双葉杏 17 139 30 72 52 76 imas 173 道明寺歌鈴 17 155 43 80 57 83 imas 175 井村雪菜 17 163 48 85 60 88 imas 177 榊原里美 17 162 46 91 56 86 imas 182 安部菜々 17 146 40 84 57 84 imas 203 神谷奈緒 17 154 44 83 58 81 imas 207 多田李衣菜 17 152 41 80 55 81 imas 228 綾瀬穂乃香 17 161 46 85 57 84 imas 232 吉岡沙紀 17 166 43 86 60 85 imas 243 速水奏 17 162 43 86 55 84 imas 247 古澤頼子 17 165 45 80 59 83 imas 250 萩原雪歩 17 155 42 81 56 81 imas 267 大槻唯 17 155 42 84 56 83 imas 271 海老原菜帆 17 162 58 92 65 93 imas 280 若林智香 17 156 45 82 57 83 imas 281 城ヶ崎美嘉 17 162 43 80 56 82 imas 284 日野茜 17 148 40 80 60 82 imas 285 諸星きらり 17 182 60 91 64 86 imas 294 北川真尋 17 158 43 75 57 79 imas 299 難波笑美 17 158 45 82 56 80 imas $`1` name age height weight B W H type 2 弓削楓 18 164 43 78 53 80 GF 9 三嶋ゆらら 18 154 45 77 58 78 GF 10 神楽坂砂夜 18 164 44 88 55 88 GF 12 玉井麗巳 18 163 48 76 56 78 GF 14 村上文緒 18 160 45 86 56 86 GF 16 九重忍 18 164 48 87 58 80 GF 24 望月エレナ 18 165 48 88 55 88 GF 27 栢嶋乙女 18 166 44 68 54 71 GF 28 クロエ・ルメール 18 167 49 86 60 88 GF 31 緒川唯 18 164 48 92 60 85 GF 32 時谷小瑠璃 18 148 43 73 57 78 GF 37 笹原野々花 18 164 47 90 58 89 GF 38 正岡真衣 18 149 38 69 53 70 GF 39 林田たまき 18 160 49 78 58 75 GF 41 一色愛瑠 18 157 49 85 65 87 GF 47 千代浦あやめ 18 161 44 71 55 68 GF 48 小野寺千鶴 18 164 49 82 60 83 GF 50 重藤秋穂 18 169 48 78 57 82 GF 59 日野奏恵 18 163 45 82 56 80 GF 63 浅見景 18 173 51 89 63 89 GF 67 天都かなた 18 162 49 85 54 80 GF 68 伊勢谷里都 18 165 53 76 60 78 GF 70 五代律 18 170 48 68 55 68 GF 72 鍋島ちより 18 159 46 81 62 83 GF 101 有栖川小枝子 18 157 45 80 55 78 GF 104 皆藤蜜子 18 168 53 100 58 85 GF 108 飛原鋭子 18 165 49 77 60 79 GF 118 菊間夏夜 18 164 50 85 59 83 WUG 126 小早川ティナ 18 165 49 88 60 86 WUG 141 中野有香 18 149 40 77 57 81 imas 162 松原早耶 18 156 43 83 58 86 imas 171 月宮雅 18 153 44 86 56 82 imas 189 丹羽仁美 18 157 43 81 55 79 imas 195 四条貴音 18 169 49 90 62 92 imas 204 上条春菜 18 156 42 79 56 80 imas 215 水野翠 18 164 47 80 54 81 imas 218 松永涼 18 160 47 90 56 86 imas 240 塩見周子 18 163 45 82 56 81 imas 259 木村夏樹 18 159 41 82 57 83 imas 265 愛野渚 18 163 47 84 58 85 imas 277 相葉夕美 18 158 42 81 57 80 imas 286 十時愛梨 18 161 46 86 58 88 imas 290 向井拓海 18 163 53 95 60 87 imas 292 杉坂海 18 162 45 88 58 86 imas $`3` name age height weight B W H type 4 綾小路美麗 16 152 43 73 53 80 GF 5 鴫野睦 16 150 43 71 53 73 GF 11 江藤くるみ 16 155 48 78 60 80 GF 17 音羽ユリ 16 154 46 73 58 75 GF 19 小泉由佳 16 163 45 80 55 82 GF 21 甘利燈 16 153 43 72 54 74 GF 26 小日向いちご 16 146 45 83 57 82 GF 34 夢前春瑚 16 150 43 76 54 79 GF 43 柊真琴 16 148 42 85 63 83 GF 45 山野こだま 16 146 48 80 63 82 GF 49 森園芽以 16 157 46 78 55 78 GF 51 三科果歩 16 155 45 74 58 80 GF 54 成瀬まなみ 16 153 43 72 54 73 GF 55 葉月柚子 16 153 44 79 56 80 GF 57 宮内希 16 153 45 77 58 79 GF 61 君嶋里琉 16 160 46 68 55 67 GF 64 小倉愛 16 156 46 78 58 80 GF 65 島田泉 16 154 43 77 53 78 GF 82 円城寺小菊 16 147 38 68 53 70 GF 86 新田萌果 16 145 45 85 56 85 GF 87 朝比奈桃子 16 145 44 75 58 78 GF 94 ユーリヤ・ヴャルコワ 16 157 43 73 60 75 GF 95 優木苗 16 143 42 68 53 70 GF 98 林田希羅 16 165 48 83 58 85 GF 103 長谷川美卯 16 153 42 70 63 72 GF 105 竜ヶ崎珠里椏 16 172 50 85 60 83 GF 107 芙来田伊吹 16 154 43 77 58 75 GF 110 西野彩音 16 148 39 69 54 71 GF 111 大山真由里 16 155 46 77 58 77 GF 116 七瀬佳乃 16 159 44 70 58 82 WUG 122 吉川愛 16 155 40 74 56 80 WUG 130 南ことり 16 159 42 80 58 80 LoveLive 132 高坂穂乃果 16 157 45 78 58 82 LoveLive 133 園田海未 16 159 48 76 58 80 LoveLive 139 我那覇響 16 152 41 83 56 80 imas 145 今井加奈 16 153 41 81 56 79 imas 151 緒方智絵里 16 153 42 79 57 80 imas 156 長富蓮実 16 161 45 83 56 85 imas 161 赤西瑛梨華 16 154 55 92 59 88 imas 179 安斎都 16 156 41 78 55 77 imas 180 浅野風香 16 160 48 88 59 84 imas 183 工藤忍 16 154 41 78 54 81 imas 187 佐久間まゆ 16 153 40 78 54 80 imas 192 如月千早 16 162 41 72 55 78 imas 213 藤原肇 16 161 43 80 55 84 imas 225 北条加蓮 16 155 42 83 55 81 imas 237 西川保奈美 16 155 55 88 60 86 imas 241 脇山珠美 16 145 38 72 53 75 imas 242 岡崎泰葉 16 153 43 79 55 80 imas 256 高森藍子 16 155 42 74 60 79 imas 272 及川雫 16 170 56 105 64 92 imas $`30` name age height weight B W H type 42 月白陽子 22 161 49 86 57 88 GF 44 橘響子 22 148 45 83 60 80 GF 85 神崎ミコト 22 168 53 91 58 88 GF 146 持田亜里沙 21 156 45 77 54 76 imas 159 太田優 21 159 45 89 57 87 imas 163 相原雪乃 22 160 51 92 58 90 imas 172 兵藤レナ 27 167 48 92 56 84 imas 174 柳清良 23 158 47 85 58 86 imas 193 三浦あずさ 21 168 48 91 59 86 imas 198 松本沙理奈 22 165 48 92 58 85 imas 200 高橋礼子 31 167 51 91 62 90 imas 201 相川千夏 23 161 43 82 56 85 imas 202 川島瑞樹 28 159 44 87 57 85 imas 206 東郷あい 23 167 45 82 57 83 imas 208 水木聖來 23 155 43 82 55 80 imas 210 三船美優 26 165 46 85 60 85 imas 211 服部瞳子 25 169 48 78 57 80 imas 212 木場真奈美 25 172 50 88 60 89 imas 217 ヘレン 24 158 46 90 58 81 imas 220 高峯のあ 24 168 48 87 55 86 imas 221 高垣楓 25 171 49 81 57 83 imas 223 伊集院惠 21 160 44 86 56 81 imas 224 柊志乃 31 167 43 84 54 83 imas 230 篠原礼 27 171 49 93 58 88 imas 231 和久井留美 26 168 49 81 60 86 imas 257 並木芽衣子 22 160 44 80 57 82 imas 260 松山久美子 21 161 44 81 56 81 imas 262 沢田麻里菜 26 166 47 87 57 87 imas 266 真鍋いつき 22 165 46 85 57 83 imas 274 衛藤美紗希 22 160 45 84 56 80 imas 276 片桐早苗 28 152 47 92 58 84 imas 279 浜川愛結奈 22 168 50 92 58 85 imas 283 仙崎恵磨 21 156 45 81 55 81 imas 288 相馬夏美 25 160 46 83 60 89 imas 307 トレーナー 23 160 45 84 56 85 imas 308 ベテラントレーナー 26 163 45 83 56 84 imas 309 マスタートレーナー 28 166 45 82 56 83 imas $`42` name age height weight B W H type 78 久保田友季 20 160 48 79 61 82 GF 84 荒井薫 20 165 51 81 60 83 GF 89 畑山政子 20 163 49 86 55 85 GF 93 水野楓夏 20 163 47 83 62 82 GF 121 近藤麻衣 20 168 48 85 58 88 WUG 125 鈴木玲奈 20 162 44 78 52 85 WUG 149 間中美里 20 160 46 84 57 85 imas 176 日下部若葉 20 148 40 77 54 78 imas 181 大西由里子 20 156 44 81 58 83 imas 186 クラリス 20 166 45 80 55 82 imas 190 原田美世 20 163 46 86 59 85 imas 197 黒川千秋 20 163 45 86 57 86 imas 205 荒木比奈 20 157 43 83 57 82 imas 226 ケイト 20 157 45 83 59 85 imas 249 鷹富士茄子 20 160 43 88 57 88 imas 261 斉藤洋子 20 157 46 85 57 82 imas 268 姫川友紀 20 161 44 80 57 80 imas $`53` name age height weight B W H type 113 島田真夢 15 159 46 75 57 83 WUG 114 林田藍里 15 155 45 77 58 85 WUG 129 小泉花陽 15 156 44 82 60 83 LoveLive 131 西木野真姫 15 161 43 78 56 83 LoveLive 134 星空凛 15 155 43 75 59 80 LoveLive 142 水本ゆかり 15 155 42 81 56 82 imas 152 五十嵐響子 15 154 43 81 58 80 imas 160 前川みく 15 152 45 85 55 81 imas 165 小早川紗枝 15 148 42 78 56 80 imas 168 楊菲菲 15 152 41 82 58 84 imas 169 桃井あずき 15 145 40 80 55 78 imas 184 栗原ネネ 15 161 44 77 54 78 imas 188 村松さくら 15 145 38 75 55 77 imas 196 渋谷凛 15 165 44 80 56 81 imas 244 大石泉 15 157 41 83 55 82 imas 245 松尾千鶴 15 161 45 78 54 81 imas 253 星井美希 15 161 45 86 55 83 imas 254 水瀬伊織 15 153 40 77 54 79 imas 255 本田未央 15 161 46 84 58 87 imas 269 喜多見柚 15 156 43 82 57 82 imas 275 星輝子 15 142 35 73 53 75 imas 278 野々村そら 15 157 46 84 57 85 imas 293 喜多日菜子 15 151 38 78 56 78 imas 298 キャシー・グラハム 15 168 49 83 56 85 imas 300 浜口あやめ 15 154 42 78 55 80 imas 302 土屋亜子 15 156 42 85 54 83 imas $`54` name age height weight B W H type 115 片山実波 14 150 40 72 57 84 WUG 137 高槻やよい 14 145 37 74 54 78 imas 153 柳瀬美由紀 14 144 33 75 54 77 imas 157 関裕美 14 155 43 78 55 80 imas 178 輿水幸子 14 142 37 74 52 75 imas 191 池袋晶葉 14 148 39 75 53 74 imas 222 神崎蘭子 14 156 41 81 57 80 imas 246 森久保乃々 14 149 38 73 55 76 imas 263 矢口美羽 14 150 41 81 56 80 imas 270 上田鈴帆 14 158 42 76 55 79 imas 287 ナターリア 14 155 43 84 55 86 imas 297 三好紗南 14 149 39 75 56 80 imas 304 南条光 14 140 41 79 58 80 imas $`55` name age height weight B W H type 117 久海菜々美 13 148 39 74 50 79 WUG 124 鈴木萌歌 13 146 35 69 55 75 WUG 144 椎名法子 13 147 38 76 55 79 imas 234 白坂小梅 13 142 34 65 50 70 imas 236 氏家むつみ 13 152 42 78 57 80 imas 238 成宮由愛 13 150 40 72 51 73 imas 248 望月聖 13 150 37 82 56 86 imas 251 双海亜美 13 158 42 78 55 77 imas 252 双海真美 13 158 42 78 55 77 imas 273 小関麗奈 13 148 41 75 50 77 imas 301 村上巴 13 146 37 74 53 76 imas 303 首藤葵 13 145 39 73 53 75 imas $`57` name age height weight B W H type 123 相沢菜野花 19 160 42 80 58 84 WUG 148 奥山沙織 19 156 47 83 57 81 imas 155 江上椿 19 161 46 80 57 80 imas 164 宮本フレデリカ 19 164 46 83 57 85 imas 170 涼宮星花 19 158 45 82 57 83 imas 194 秋月律子 19 156 43 85 57 85 imas 199 桐野アヤ 19 160 43 86 56 86 imas 214 新田美波 19 165 45 82 55 85 imas 219 小室千奈美 19 164 45 84 56 82 imas 227 瀬名詩織 19 165 48 85 58 83 imas 233 梅木音葉 19 172 49 86 58 85 imas 235 岸部彩華 19 162 46 89 59 85 imas 239 藤居朋 19 163 45 78 57 83 imas 289 槙原志保 19 162 46 86 57 91 imas 296 小松伊吹 19 165 48 85 59 88 imas 305 イヴ・サンタクロース 19 165 44 81 56 80 imas 306 ルーキートレーナー 19 157 45 77 56 82 imas $`58` name age height weight B W H type 154 櫻井桃華 12 145 39 72 53 75 imas 185 古賀小春 12 140 35 72 54 77 imas 216 橘ありす 12 141 34 68 52 67 imas 282 城ヶ崎莉嘉 12 149 36 72 54 75 imas $`99` name age height weight B W H type 143 福山舞 10 132 28 64 56 70 imas 158 横山千佳 9 127 31 60 55 65 imas 209 佐々木千枝 11 139 33 73 49 73 imas 229 佐城雪美 10 137 30 63 47 65 imas 258 龍崎薫 9 132 32 65 51 70 imas 264 赤城みりあ 11 140 36 75 55 78 imas 291 市原仁奈 9 128 29 61 57 67 imas 295 メアリー・コクラン 11 150 40 83 58 87 imas
# SPADE library(spade) library(flowViz) dat <- read.csv("animegirls.csv") dat1 <- subset(dat, select=-c(name, type)) fcs <- new("flowFrame", as.matrix(dat1)) write.FCS(fcs, "animedata.fcs") data_file_path = "animedata.fcs" output_dir <- "fcs" SPADE.driver(data_file_path, out_dir=output_dir) # Compute and annotate FCS file with density density_file_path <- "hoge.density.fcs" SPADE.addDensityToFCS(data_file_path, density_file_path) # Downsample FCS file based on density downsample_file_path <- "hoge.density.fcs" SPADE.downsampleFCS(density_file_path, downsample_file_path) # Create tree from downsampled FCS file cells_file_path <- paste(output_dir, "clusters.fcs", sep="") clust_file_path <- paste(output_dir, "clusters.table", sep="") graph_file_path <- paste(output_dir, "mst.gml", sep="") SPADE.FCSToTree(downsample_file_path, cells_file_path, graph_file_path, clust_file_path) ## Add cluster to FCS files (known as "upsampling") data_file_path = "animedata.fcs" output_dir <- "fcs" cells_file_path <- "clusters.fcs" upsample_file_path <- "upsamle.fcs" SPADE.addClusterToFCS(data_file_path, upsample_file_path, cells_file_path) up <- read.FCS("upsamle.fcs") write.table(up@exprs[, "cluster"], "clusterID.txt", row.names=FALSE, col.names=FALSE) cl <- unlist(read.csv("clusterID.txt", header=FALSE)) sp <- split(dat, cl) names(sp) <- sort(unique(cl)) - 1 mst_graph <- igraph0:::read.graph(paste(output_dir,"mst.gml",sep=.Platform$file.sep),format="gml") clust <- read.table(paste(output_dir, "/clusters.table", sep=""), sep=" ", header=TRUE) lay0 <- read.table(paste(output_dir,"layout.table", sep=.Platform$file.sep)) library(gplots) plotlay <- rbind(matrix(rep(c(1,3,5), each=4), 2), matrix(rep(c(7,9,11), each=4), 2)) plotlay[2, c(1,3,5)] <- c(2,4,6) plotlay[4, c(1,3,5)] <- c(8,10,12) layout(plotlay, heights=rep(c(7,1), 2)) lay1 <- layout.norm(as.matrix(lay0), -1, 1, -1, 1) rd0 <- 0.04 rd1 <- c(0.2, 0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.2, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1) th <- c(306, 200, 10, 80, -20, -20, 230, -10, 70, 20, -20)*pi/180 ch <- c("東條希\n絢瀬絵里\n矢澤にこ", "クロエ・ルメール", "南ことり\n高坂穂乃果\n園田海未\n如月千早", "三浦あずさ", "近藤麻衣\n鈴木玲奈", "小泉花陽\n西木野真姫\n星空凛\n渋谷凛\n星井美希", "神崎蘭子", "双海亜美\n双海真美", "秋月律子", "城ヶ崎莉嘉", "横山千佳") pos <- c(4, 2, 4, 3, 4, 4, 1, 4, 4, 4, 4) for(m in head(seq(ncol(clust)), -1)){ cut0 <- seq(min(clust[,m]), max(clust[,m]), length=99) # ノードの色付け g0 <- mst_graph V(g0)$name <- seq(get.adjlist(g0)) #V(g0)$label <- NA V(g0)$size <- clust[,m]+4 V(g0)$frame.color <- "black" V(g0)$color <- bluered(100)[cut(clust[,m], cut0, include.lowest=TRUE)] par(mar=c(0, 0, 3, 0)) plot(g0, layout=as.matrix(lay0)) title(colnames(clust)[m], cex.main=3) for(s in seq(sp)){ idx <- as.numeric(names(sp)[s])+1 x1 <- lay1[idx, 1] + rd0*cos(th[s]); x0 <- x1 + rd1[s]*cos(th[s]) y1 <- lay1[idx, 2] + rd0*sin(th[s]); y0 <- y1 + rd1[s]*sin(th[s]) arrows(x0, y0, x1, y1, lwd=2, length=0.08) text(x0, y0, ch[s], pos=pos[s], cex=1) } par(mar=c(3, 2, 0, 0)) x <- sort(clust[,m]) image(x=seq(min(x), max(x), length=length(x)), z=as.matrix(x), col=bluered(100), yaxt="n") }
