数学いらずの医科統計学PART6 の話。 対応のない/あるt検定について。 今回は平均値の比較がしたいということで、t検定を考えている。 t検定は教科書的には、正規分布を仮定しているが、正規分布には平均と分散の2パラメータが必要である。 帰無仮説：若いマ…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER31をRでやってみる。 McNemar検定の話。 ケースとコントロールが一致した、134のサンプルを抽出した。 ケースとコントロールを対応させたままには、McNemar検定を使ってみる data1 <- rbind(c(13, 4), c(25, 92)) mcnema…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER30をRでやってみる。 生存曲線については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Kirk AP (1980)らは、プレドニゾロンまたはプラセボを投与された、慢性活動性肝炎患者の生存を比較した（データはAltman DG …

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER31をRでやってみる。 対応のあるt検定については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Darwin (1876)は、自家受精させた種子からの植物成長と、他家受精させた種子からの植物成長を比較した。 # 他家受精 …

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER30をRでやってみる。 対応のないt検定については、ただひたすらRだけをやる特別講義でも扱っている。 Frazier EP, et al (2006)は、神経伝達物質であるノルアドレナリンが、どの程度膀胱括約筋を弛緩させるか測定した。 …

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER28 Lucas ME, et al;2005は、コレラワクチンが有効かどうかを調査した。 フィッシャーの正確確率検定を使ってみる。 Lucas <- matrix(c(10, 33, 94, 78), nr = 2, nc = 2) fisher.test(Lucas) Fisher's Exact Test for C…

PART6 CHAPTER27 用語の確認。本中の語を転載する。 罹患率incidence：新たな疾患発症例の比率 有病率prevalence ：疾患を有している群の比率 前向き研究prospective study（縦断研究longitudinal ~）：2群を選ぶ。一方の群は可能性のある危険因子に暴露され…

数学いらずの医科統計学PART6 CHAPTER26をRでやってみる。 観察された分布と期待される分布の比較 カイ二乗適合度検定についての話。 Kales SN, et al; N Engl J Med. 2007では、消防士の勤務中に心疾患での死亡が多いかどうかを論じている。 消火活動中に心…

こちらから。 リサンプリングの話。 t検定は正規分布を仮定しているが、リサンプリングは正規分布を仮定できないときでも使える。 計算機の進化によって大量のシミュレーションができるようになった。 ただ、いつでも使えるからいつでもやるわけでもなく、t…

p値の続き（その1）。 PART4 CHAPTER15のシミュレーション。 Heal(2009)は、手術創に対する抗生物質投与が創感染を減少させるか調べた。 これをランダム割付けで試験した（後述）。データだけもらってくる。 ランダム割付けの結果、488人に抗生物質、484人に…

p値の続きのこちらの続き。 ブートストラップ法を用いてp値を計算してみようと試みている。 信頼区間のときにやったのと同じようなことである。 本では、12人からの体温サンプルを500回リサンプリングしている。 このとき、わずか7つが平均が37.0を超えたら…

p値の続き。 PART4 CHAPTER15のシミュレーション。 こちらで体温を扱ったのでこれを流用してみる。 平均的な正常体温は37.0度だと多くの書物は示しているらしい。 ここで、130人の体温をランダムにサンプリングしたら、平均は36.82度、95%信頼区間は36.75~36…

こちらの続き。 20回の試行を増やしてみる。 10回、100回、1000回、10000回して、それぞれ8回、80回、800回、8000回表が出たとする。 つまり、点推定ではどれも0.8。 p<- 0.8 trial<- 10^(1:4) apply(cbind(trial*p,trial*(1-p)),1,binom.test,0.5) [[1]] Ex…

PART4 CHAPTER15のシミュレーション。 p値と検定について。 こちらで、統計とは、 集計すること 検定すること 推定すること と書いた。 今回は検定について考える。 ここで、本中にある例を使って検定をしてみる。 例：コインを20回投げたところ、16回は表、…

PART3 HCAPTER7のシミュレーション。 130人の体温をシミュレーション作成してプロットしてみる。 tm<- rnorm(130,36.5,0.8) plot(rep(1,length(tm)),tm,cex=0.5,col="red",ylim=c(30,40)) par(new=TRUE) boxplot(tm,ylim=c(30,40)) par(mfrow=c(2,2)) hist(t…

信頼区間について。 信頼区間とはなんぞや、といろいろ語る人がいるけど、理解しづらい。 という訳で、自分が何をしたいか、知りたいかを例に取りながら考えることにする。 そもそも、統計とは、という話題で、統計とは 集計すること 検定すること 推定する…

こちらから。 poisson.conf <- function(x, conf=0.95){ N2 <- length(x)*2 df <- 2*sum(x)+2 alpha2 <- (1-conf)/2 return(qchisq(c(alpha2, 1-alpha2), df)/N2) } n<- 100 poisCI<- matrix(0,n+1,2) dimnames(poisCI)<- list(0:n,c("lower","upper")) for(…

PART2 CHAPTER5のシミュレーション。 library(survival) data<- matrix(c(4.07,6.54,1.39,6.17,5.89,4.76,3.67,1,0,1,0,1,1,0),nc=2) res<- survfit(Surv(data[,1],data[,2])~rep(1,nrow(data)),type="kaplan-meier") plot(res,frame=FALSE,xlab="time",ylab…

PART2 CHAPTER4のシミュレーション。 参考 箱の中に赤玉と黒玉がある。 赤玉は全体の25%である。 箱の中から玉を1つ取り出し、色を記録する。 取り出した玉はもとに戻す。 これを15回行って1セットとする。 という条件でシミュレーションを行い、各セットか…

MIKUセミナーで以下の本を使う。数学いらずの医科統計学 第2版作者: 津崎晃一出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2011/03/24メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 37回この商品を含むブログ (2件) を見るPART1 統計学入門 用語…