マイクロアレイの解析っぽいことをやったのだが、KEGGによるパスウェイ解析やジーンオントロジー解析までは至らなかったので、これを参考にしながらやってみる。 Bioconductorを使った講義も予定されているので、そのときにはドヤ顔できるようにしよう。 デ…

数学いらずの医科統計学PART2 CHAPTER2生存曲線の信頼区間を昔やったのだが、サンプル数は50程度が普通のカプランマイヤー法ではいいらしい。 けれども、第III相試験では数百〜数千の規模でデータを取っている論文がほとんどなので、50標本じゃないと対応で…

phenotype分散について、 平均値は同じで分散が違う、というこの記事のようなデータを解析すると、どうなるんでしょう、そして、その結果とvQTLの結果とはどういう関係になっているんでしょう… という話が出たのでシミュレーションしてみる。 niter <- 2000 …

遺伝子座による形質の定量度の違いをquantitative trait loci (QTL)というらしい。 普通、ある遺伝子座がA→Gだと、収縮期血圧が10mmHg高い傾向にある、みたいな、平均値の変動を定量化することが多いが、分散の変動、つまり、普通アレルだと平均±5mmHgのとこ…

Semantic Qualifier：具体的に症状を説明する患者の言葉を医学用語に置き換えたもの→特異度が高いもので陰性 主訴・所見・鑑別・診断 感度が高いもので陰性←例：63M 昨夜から発赤を伴う関節の痛み→高齢者の急性関節痛 症例1 79M 夜中に夢の内容を現実と思っ…

ベクトル中の連続する要素の連続数は rle で計算できる。 いま、ある塩基配列 s1 <- c("ctgactgagagactttacgtaggagggcccatcgcgccagcggggtgctaaccactagcatgggtaacaccatcacatgctatgtgaaagccctagcggcctgcaaggctgcggggatagttgcgcccacgaaagccaggggactgagaggacgagc…

こちらで、ある配列中のAGCTの数を数えている。 要素の数を数えるのは table がよいが、配列にないものはカウントされない。 s0 <- c("A", "G", "G", "C", "C", "C") table(s0) s0 A C G 1 3 2 リンクの行列にapplyで適応すると、長さがまちまちのリストとし…

塩基配列のComplexityとしてエントロピーという統計量を使うのだが、このエントロピーの定義が自分の周辺で物議を醸している。 一般的なシャノンエントロピーは だが、前の論文では、HBVのquasispeciesとして、クローン数が全部で個の配列で、配列がの割合で…

図があまりにもきれいにしかも簡単に作れすぎて美しいペアプロット図を簡単に作るという記事をそのままパクる。 GGallyというパッケージでかんたんにかつかっこよくdata.frameのプロットができる。 library(GGally) data(tips, package="reshape") ggpairs(t…

ロトカ＝ヴォルテラのような時系列変化をしているものの相関を調べたいんだけど、という相談を受けた。 それで、既にGeneNetというパッケージに目をつけているらしいのでこれをやってみる。 他、ggm, GGMselectというのもあるらしいけど時間があれば…たぶん…

95F 上腹部痛 認知症のため施設入所。本日突然の左側腹部痛、1分間の血圧低下。 意識消失あり、救急搬送。 ADL? 既往歴 91歳 腹部大動脈瘤指摘 92歳 僧帽弁閉鎖不全、心不全 腹部 腫瘤触知 血液検査 貧血 胸部X線 大動脈石灰化、心拡大 単純/造影CT 腹部大動…

高水準関数で図を描いたあとで、R Graphics Deviceをマウスでクリックしていったらその座標を返してくれる関数がある。 これを使うと、プロット点やテキストを絶妙な位置にするためにちまちまと変数をいじってはプロットしいじっては…が簡単になる。 Rで日本…

J Hepatol. 2009 May;50(5):895-905 HBVの薬剤応答具合と逆転写酵素領域の配列の変化をモデル化して考えた論文。 治療開始後48週間後では、反応が良かった群で治療開始前の塩基配列と比べて複雑度と多様度が減少している、ということらしい。 その数理モデル…