声優統計第八号は完売しました。 IF は自己引用していたのが自分だけだったので、0.67 と1 を切ってしまいました。しかし、アニメ動画の音声とキャスト情報を用いた声優認識 (PDF)に声による既婚声優の判別問題が引用されるという謎現象が発生したのがC89-C9…

声優統計第八号で声優しりとりについて書いた。 最長しりとり問題は既に最長しりとり問題の解法という論文があるし、ポケモンでやってみたという修士論文がある。 codeiqではC の予約語34語でやってみるという問題が出ている。実装はRuby でされている。 今…

球面調和関数をやりたいがRではいいものがないのでPythonでやった結果をrPython を使ってRでゴリ押し計算するやり方。R を投げ捨ててPython に移行したかったが、結局R でやっちゃう。 rPython について知りたければ下にスクロール。 球面上の離散的な分布を…

球面上に均一な点を配置したい。約N個ならばこんな感じでやれるが、厳密にN 個おきたい。 実装が簡単なこれをやってみる。 そもそも、なぜ均一な点を球面上に配置したいかというと、基準点集合として扱えるからである。計算機では3次元データは離散的に持っ…

3次元物体を回転させたい。 2次元であれば回転行列は回転角を用いて と書ける。 高次元での回転ならば、正方対角行列(対角成分は1)について、(i, i), (i, j), (j, i), (j, j) 成分をひらすら上ので置換していけば、ある軸での回転を表す。 特に3次元では、x…

読んでる。Comput Vis Image Underst. 2013 Sep 1;117(9):1107-1118. Ricci flow という、Willmore flow とはまた違う条件で微分幾何学的物体変換を行う。 その前に下準備。 以前やった(離散)ガウス曲率は、1-ring下の三角形の角度と、と呼ばれる傘の面積で…

平均曲率を用いて、3次元オブジェクトの表面を色付けした。 凹んでいるところは赤、出っ張っているところは緑になっている。 いま、同じ色でひと続きになっている領域を仲間分けして、なおかつ、隣り合う領域がどうなっているかを調べたい。 ある頂点と、そ…

multi-armed bandit problem というものがある。 元々はギャンブラーがどのスロットマシーンをやれば、利益を最大化できるかという話から始まったらしいが、最近は教科学習として流行って、webコンテンツのクリック率だとかそういう分野で使われている。 こ…

とある3D オブジェクトであるうさぎを貫くベクトルがあるとする。 ベクトルは極座標表示なので、中心からある程度伸ばして、そしてxyz 座標に変換する。 うさぎ自体はmesh3d オブジェクトで、もともとは頂点オブジェクト bun.v, エッジオブジェクト bun.f か…

物体をいじって球にしている。いま、球になった物体があるとして、これを2次元平面に展開して眺めたい。 地球儀が世界地図になるメルカトル図法みたいな感じ。 もとのうさぎは、各頂点の(離散)ガウス曲率にしたがって色付けしてある。正なら赤、0近くは灰色…

体積と表面積の計算をRではなくcpp のままやれば速いということで、Eigen の協力をあおぐわけだが、Eigen の行列式は使うのが少し手間が必要で、Eigen/LUもinclude する必要がある。 matrix.determinant() で求められる。

物体の体積と表面積を計算したい。 三角メッシュ化されていれば、表面の三角形を足せば表面積はどうにかなる。 問題は体積。 The GNU Triangulated Surface Library(GTS)というもので計算できるっぽい。 sudo apt-get install libgts-dev Python でも使える…

四元数の内積が欲しかったのでメモ。 四元数は2つの虚数単位, , (), と4つの実数, , , を用いて と書ける。これを実数部分(スカラー部)と虚部(ベクトル部)に分けて とも書く。 いま、ふたつの四元数, について、積は となる。 計算して確かめる。三角形の面…

普通に三角形を構成する頂点のガウス曲率の平均で三角メッシュのガウス曲率を計算した。 平均曲率よりも曲面上の凹凸をより細かく表現できているっぽい。というのも平均曲率よりも自由度が高いのでそうなのだろう。 tapply を使うよりmatrix にしてcolMean …

読んだ。BMC Cell Biology201011:24 細胞の移動追跡を自動化してやってくれるソフトウェアTime Lapse Analyserの話。 マニュアルでやると細胞全体はもちろんチェックできないし、代表的な20細胞を選んでtracking してもらったら軒並みAMD (average mean dist…

3次元メッシュ上の点のガウス曲率を求める。 これとかこれ (PDF)とかに載っている。 あるvertex の周辺に の点がある。これはよく1-ring と書かれている。 結論から書くと、青で示された面積, で囲まれる三角形のの角度を用いて で定められる。曲面について…

3次元物体をあつかっている。 3次元座標を四元数で扱うと回転や行列計算などが簡単らしい。 いま、頂点が三角メッシュ化されて表面が形成されている.obj のうさぎがいるとする。 いま、表面の各三角形の面積の合計が、四元数と疎行列を用いてこんな感じで計…

ビンゴゲームに参加する機会があった。 早く上がって商品を頂いた記憶があまりないが、今回は商品をゲットできた。 ビンゴになる確率は厳密に計算できて、ググればいろいろ出てくる。参加人数を考えればどれくらい商品を用意すればいいかが最適化されるはず…

ごちうさ10話で、ココアが素数を数えている。 9649, 9661, 9677, 9679, 9689, 9697, 9719, と1192〜1198番目の素数を数えている。 素数ひとつあたり1〜2秒かかるとしても、1時間もかからないので勉強する時間はそんなに減ってない。 勝負して勝てるかどうか…

という本を書いた。Rで始めた医学・統計学・Bioinformatics作者: Med_KU出版社/メーカー: Med_KU発売日: 2014/03/17メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見るアマゾンKDPから買うと文字化けするため、こちらでは買わず代わりにとらのあなかMelon…

昔、HIV検査で適当数混ぜてプールして、陽性になったプールだけ再検査してHIVを見つける、というようなことを書いた。 これは適合アプローチと言われるらしい。 情報系の人と話していて、非適合アプローチということを聞いた。概念としてはHIV検査を受けた人…

スクフェスで課金してURカード66枚をすべてコンプリートするのに140万円かかったという話。課金しまくることをリボライブ!というらしい。 https://twitter.com/yamato_s0816/statuses/442476514005618689 先行研究としてはガチャとは心の所作を見てほしい。 …

k-diagonal matrixというものがある。 正方行列の対角成分に値があれば diagonal matrixといい、その直上に値がある場合は superdiagonal, 直下なら subdiagonal という。 k番目がどうか…というので一般化すると k本の糸で構成されるネットワークになる。 ma…

昔試験に合格するにはどれくらいがんばればいいかというのをやったわけだが、今回もそのネタ。 とある試験は500問で構成されているが、複数の合格基準がある。 細かいことは面倒なので省略するが、モデルの構築上必要なのが、 1：とあるセクションは100問で…

医師国家試験より 97I8 32歳の女性。遺伝相談のために来院した父が常染色体優性遺伝疾患に罹患している。 この疾患の浸透率(penetrance)は50%。近親婚はなく、本人は発症していない。 家系図を次に示す。第1子が発症する確率はどれか。 常染色体優性遺伝疾患…

バイオインフォマティクス技術者認定試験に合格した。 この試験は、6割の得点率で合格らしい。 問題は80問からなり、すべて4つの選択肢から1つ解答を選ぶ形式である。 個の試験問題のうち個の問題は間違えることなく正答を得ることができ、わからない残りの…

Ｐ君に２人の女友達Ａ子さん、Ｂ子さんがいる。あるとき、Ｐ君が自宅を出発してＡ子さんの家へ向かった。しかし、自宅からＡ子さんの家までの距離の１/３進んだところで、思いなおしてＢ子さんの家へ向かった。そして方向を変えた地点からＢ子さんの家までの…

おっぱい関数というものがあるらしい。 Rでおっぱい関数 Pythonでおっぱい関数 コミケに行くし、まあいいネタではなかろうか。 スクリプトはここからいただいた。

こんな問題があったのでRを使って解く。 1円支払うと1回引けるクジがあり、1/6の確率で当たると7円貰えるが外れると何も貰えない。このクジを複数回連続で引く時、最終的な収支が±0円以上である確率が95%を超えるのは、クジを何回引く時か。 クジを回引くと…

数学セミナーの10月号「突発的変化の数理」。 以前、人口問題を扱ったが、ここでも生物の個体数の時間変化を記述したロジスティク方程式 を扱っている。 1978年に、害虫の突発的大発生モデルとして ：害虫を餌とする捕食者による害虫駆除の効果 ：害虫の増殖…