こんなことをした。 mikuhatsune.hatenadiary.com 集中治療学会が、人工呼吸器を要している患者、ECMOをしている患者、ECMOで死亡した患者、ECMOから回復した患者、など日ベースで公開してる。 これに、毎日の感染者や死亡者のデータをくっつけて、SIRを使っ…

こんなデータがある。 covid19.jsicm.org COVID-19による全国の人工呼吸器患者数とECMO稼働数（と離脱者数、死亡者数、現在も治療されている最中の数）がjsでグリグリできる。 グリグリできるのはいいが、47都道府県+地方別とデータを取るのが面倒なので、引…

読んだ。 Estimation of seroprevalence of novel coronavirus disease (COVID-19) using preserved serum at an outpatient setting in Kobe, Japan: A cross-sectional study. | medRxiv 神戸市の入院中の患者で、入院中の検査を適当（ランダムサンプリン…

結論から言うと、抗体検査を受けた202人の集団において、9.4%（95% 信用区間で5.4%〜13.9%）が感染者である。ただし、この抗体検査を受けた202人は、東京都（とか他の都道府県一般）のランダムサンプリングとは言えないので、単純に東京都人口の9.4%が感染し…

こんなツイーヨを観測した。コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかアンケート7回目全国の麻酔科の先生におたずねします。今（4/24）現在、オペ室は、— DAJ (@dajhiroki) 2020年4月24日 コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかア…

諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com しかし、なんか出来そうになった。 mikuhatsune.hatenadiary.com（型の）コロナウイルスの流行具合から、相互に免疫があるものとして、新型肺炎の今後数年の流行がどうなっていくかをSEIRSモデルで、かつ2種類のウ…

諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com というのも、SEIRSモデルでS→Eになるパラメータ が、時間依存的なパラメータとして で定義されるが、これはrstanではできなさそうである。というのが、integrate_ode関数が時間依存のパラメータをどう頑張っても取…

読んだ。 Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period. - PubMed - NCBI COVID-19がこのままだと2022年も続いているのではないか、といろいろ話題になった論文。 githubがおいてあるが、ここにあるデータは GitHub…

読んだ。 Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. - PubMed - NCBI COI：なしダイヤモンド・プリンセス号のPCR検査と陽性数および症状の…

こんな記事を観測した。 www.ft.com 新型肺炎の感染者数および死亡者数を、ECDCという機関のデータから取得してプロットしている。 Homepage | European Centre for Disease Prevention and Control この機関、いいところがcsv データを整備してくれていて、…

読んだ。 A Simulation on Potential Secondary Spread of Novel Coronavirus in an Exported Country Using a Stochastic Epidemic SEIR Model. - PubMed - NCBI COI：筆者はこの著者とは直接の関係はないので、純粋に統計解析のツッコミです。こんなツイー…

読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数（PCR陽性ベース）がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…

読んだ。 Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. - PubMed - NCBI最初に武漢で肺炎が発生したときに、88症例について感染履歴を聴取して、ワイブル分布で潜伏期間を…

読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…

本当はこの通りにしたかったが、自作関数のサンプリングが遅すぎたので先に正規分布normalからのサンプリングがvectorかひとつひとつかtargetかで変わるのかを検証していた。 結論から言うと組み込みのvector型サンプリングは速いが、自作関数はひとつひとつ…

rstanで自作関数、というかrstanに実装されていない確率分布からサンプリングをしたくてコードを書いていたが、その前にコードの書き方でサンプリングの効率というか速さが違うので速くなる書き方をしよう、という検証。 結論から言うと、実装されている関数…

www.mhlw.go.jp これの2月20日12:00現在、確認されている国内の発生状況の国内事例（チャーター便帰国者を除く）をgooglevisを使って都道府県名別にプロットしてみようと思った。 googlevisクッソ使いにくい。 厚生労働省もがんばっているのだろうが、（令和…

こんな感じのデータを見かけた。 本人が言うには、8日あたりを境目にして、8日までに発症するパターンと、それ以降に発症するパターンに分かれそうだ、という。 データの意味合いと二峰性の具合から、おそらくふたつのガンマ分布が重なっているのでは、とい…

12月7日の配当記事です。 qiita.comJapan.Rでこの話をした。 mikuhatsune.hatenadiary.comSlideShare は埋め込めるけどRpubs は埋め込めないようだった。 RPubs - 20191207 Japan.R#7 前回の記事との変更として、「女子学生に対して、男子学生の合格」にORを…

という質問を受けたので1万年と2000年ぶりくらいに遺伝統計やった。 雰囲気としては、こんな感じの値を求めたい。Indian J Endocrinol Metab. 2014 Nov-Dec; 18(6): 850–854. のTable 1 より引用www.ncbi.nlm.nih.gov ここで、データとしては被験者たちのgen…

結論から言うと福岡大学（多浪を重視、OR=1.31）は多浪女性でも医学部合格しやすいかもしれない。ただし女性であることで合格しやすいかは有意差がない。 現役女性に限って言えば、女性で合格しやすいのは三重大学（OR=1.23）、弘前大学（OR=1.34）である。 …

こんな話を見かけた。ちなみに式辞は読んでない。 qiita.comデータ取得まではやってくれていて、解析もしていた。解析者では、東京大学、鳥取大学、島根大学の医学部での男女合格率には差がない、ということだった。 せっかく81大学の男女受験者数と合格者数…

とおもってネットワーク解析をしようと思ってグラフを作ったはいいがigraph の扱いを完全に忘れているので保留。 その元号の年数もあるので適当にヒストグラムでも。 n <- read.delim("nengo.txt", stringsAsFactors=FALSE, header=FALSE) library(stringr) …

前にこんな話をした。 mikuhatsune.hatenadiary.com 旧はてなダイアリーではhtml の扱いがよくわからなかったので、グラフ上の値を取得できるreactive なグラフはよくわからなかった。 はてなブログではhtml の扱いが強化されているっぽいので、googlevisやp…

この記事はR Advent Calendar 2018 の24日目の記事です。 R でプロットするときに、標準ではgraphics のなかにあるplot を使ってべたなプロットを作ると思うが、最近ではggplot なんかが流行っている。 最近、プロット上にマウスカーソルを持ってくるとデー…

予備実験用の解答サンプルシートはこちら 第112回から適当に20問とってきたもの。 ↓ https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfiLVA-1m7NC5SMmyi0X1ftSYJzhWuOac6kr-WMR8gKgFLWVA/viewform shiny 上でその20問の項目反応理論(IRT) ↓ https://yfujii08.shi…

Shinyというhtml 上でいろいろパラメータをいじったものを即座に計算して描出するインタラクティブでなんかすごいアプリがあったのだが、rmarkdown と同様に手をつけることなく放置していた。 せっかちな人はこちら → https://yfujii08.shinyapps.io/pkpdsim…

こんなのを見かけた。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.com/w…

こんなツイートを観測した。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter…

機械学習のTA なのに機械学習素人なので機械学習と統計の講義を聞いている。 多次元な確率分布から乱数をいい感じに取ってくる方法に、ランダムウォークを使う。 多次元な確率分布としては、単純に2次元正規分布、とする。二次元の正規分布は、x1 とx2 のそ…