こんなデータがある。 covid19.jsicm.org COVID-19による全国の人工呼吸器患者数とECMO稼働数（と離脱者数、死亡者数、現在も治療されている最中の数）がjsでグリグリできる。 グリグリできるのはいいが、47都道府県+地方別とデータを取るのが面倒なので、引…
読んだ。 Estimation of seroprevalence of novel coronavirus disease (COVID-19) using preserved serum at an outpatient setting in Kobe, Japan: A cross-sectional study. | medRxiv 神戸市の入院中の患者で、入院中の検査を適当（ランダムサンプリン…
結論から言うと、抗体検査を受けた202人の集団において、9.4%（95% 信用区間で5.4%〜13.9%）が感染者である。ただし、この抗体検査を受けた202人は、東京都（とか他の都道府県一般）のランダムサンプリングとは言えないので、単純に東京都人口の9.4%が感染し…
こんなツイーヨを観測した。コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかアンケート7回目全国の麻酔科の先生におたずねします。今（4/24）現在、オペ室は、— DAJ (@dajhiroki) 2020年4月24日 コロナウィルス騒動で全国のオペ室今どうなってるのかア…
慶応大学病院で、入院中で（新型肺炎COVID-19について）無症状の患者67人をPCR検査すると、6%（=4人）の患者で陽性だった、という話。 某感染症の先生は、めちゃめちゃ単純な推定を使って、一番楽観的な推定で47万人、一番悲観的な推定で430万人、東京に無症…
諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com しかし、なんか出来そうになった。 mikuhatsune.hatenadiary.com（型の）コロナウイルスの流行具合から、相互に免疫があるものとして、新型肺炎の今後数年の流行がどうなっていくかをSEIRSモデルで、かつ2種類のウ…
諦めていた。 mikuhatsune.hatenadiary.com というのも、SEIRSモデルでS→Eになるパラメータ が、時間依存的なパラメータとして で定義されるが、これはrstanではできなさそうである。というのが、integrate_ode関数が時間依存のパラメータをどう頑張っても取…
読んだ。 Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period. - PubMed - NCBI COVID-19がこのままだと2022年も続いているのではないか、といろいろ話題になった論文。 githubがおいてあるが、ここにあるデータは GitHub…
読んだ。 Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. - PubMed - NCBI COI：なしダイヤモンド・プリンセス号のPCR検査と陽性数および症状の…
こんな記事を観測した。 www.ft.com 新型肺炎の感染者数および死亡者数を、ECDCという機関のデータから取得してプロットしている。 Homepage | European Centre for Disease Prevention and Control この機関、いいところがcsv データを整備してくれていて、…
読んだ。 A Simulation on Potential Secondary Spread of Novel Coronavirus in an Exported Country Using a Stochastic Epidemic SEIR Model. - PubMed - NCBI COI：筆者はこの著者とは直接の関係はないので、純粋に統計解析のツッコミです。こんなツイー…
これに、打ち切りデータがあるときの平均値の推定問題がある。StanとRでベイズ統計モデリング (Wonderful R)作者:健太郎, 松浦発売日: 2016/10/25メディア: 単行本データが正規分布に従うのだろうが、25を下回るデータはとなっているので、このデータを無視…
読んだ。 Eurosurveillance | Estimating the infection and case fatality ratio for coronavirus disease (COVID-19) using age-adjusted data from the outbreak on the Diamond Princess cruise ship, February 2020 ダイヤモンド・プリンセス号のデータ…
読んだ。 Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan | medRxiv ascertainment rate という、感染者数（PCR陽性ベース）がどれくらいか、つまり、1だと実際の報告数が潜在的な患者数と同一で、>1だと過剰に報告されている、軽症…
読んだ。 Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. - PubMed - NCBI最初に武漢で肺炎が発生したときに、88症例について感染履歴を聴取して、ワイブル分布で潜伏期間を…
読んだ。 www.ncbi.nlm.nih.gov 巷を賑わせているCOVID-19だが、厚生労働省がダイヤモンド・プリンセス号のPCR陽性者数を逐一ネットに挙げていたので、この論文にもあるようにそこからデータを取ってきて、COVID-19の感染力を推定しようと思った。 Basic rep…
本当はこの通りにしたかったが、自作関数のサンプリングが遅すぎたので先に正規分布normalからのサンプリングがvectorかひとつひとつかtargetかで変わるのかを検証していた。 結論から言うと組み込みのvector型サンプリングは速いが、自作関数はひとつひとつ…
rstanで自作関数、というかrstanに実装されていない確率分布からサンプリングをしたくてコードを書いていたが、その前にコードの書き方でサンプリングの効率というか速さが違うので速くなる書き方をしよう、という検証。 結論から言うと、実装されている関数…
読んだ。臨床に直結する集中治療のエビデンス―ベッドサイドですぐに役立つリファレンスブック発売日: 2013/03/01メディア: 単行本COI：定価は高かったけど古くなったのでくっそ安くなってたので買って積んでた。読み始めてから知り合いがいたことに気づいた…
読んだ。こういうことだったのか!! 酸素療法作者:小尾口 邦彦発売日: 2017/04/19メディア: 単行本（ソフトカバー）こういうことだったのか!! NPPV作者:小尾口 邦彦発売日: 2017/07/19メディア: 単行本（ソフトカバー）こういうことだったのか!! CHDF作者:小…
www.mhlw.go.jp これの2月20日12:00現在、確認されている国内の発生状況の国内事例（チャーター便帰国者を除く）をgooglevisを使って都道府県名別にプロットしてみようと思った。 googlevisクッソ使いにくい。 厚生労働省もがんばっているのだろうが、（令和…
こんな記事を書いたらごく狭い範囲で反響があった。 mikuhatsune.hatenadiary.com ガンマ分布の記事感動しました。そんなガンマ分布マスターであられる驚異のアニヲタさんに質問するもの失礼なほど低級な質問なんですが、、、 ある疾患があって、その疾患発…
こんな感じのデータを見かけた。 本人が言うには、8日あたりを境目にして、8日までに発症するパターンと、それ以降に発症するパターンに分かれそうだ、という。 データの意味合いと二峰性の具合から、おそらくふたつのガンマ分布が重なっているのでは、とい…
読んだ。INTENSIVIST Vol.3 No.2 2011（特集：モニター）作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2011/04/14メディア: 単行本COI：昔安かったのを買って積んでた。右心カテーテルと動脈血圧モニターの話がそれなりに分かった…
読んだ。INTENSIVIST Vol.6 No.2 2014 (特集:ICUルーチン)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2014/04/14メディア: 単行本（ソフトカバー）COI：安くなってて買ったのを積んでた。胸部X線を毎朝撮るのとか、PPIをとりあえ…
読んだ。INTENSIVIST VOL.1NO.4 2009 (特集:不整脈)作者:藤谷茂樹出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2009/11/30メディア: 単行本（ソフトカバー）COI：古くて安かったので買って積んでたのを時間ができたので読んだ。不整脈治…
という記事を観測した。 詳細はいつもの通り不明だが、記事によると、 がん患者1400人に実施した検査では的中率は約85％に上り、特にステージ0～1の患者は87％で判定できた。一般的ながん検査「腫瘍マーカー」よりかなり高確率という。 反応するのは胃、大腸…
読んだ。INTENSIVIST VOL.2 NO.4 2010 (特集:急性心不全)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2010/11/01メディア: 単行本COI：古すぎて激安だったのを買って積んでたけど最近心不全が多いのでまた急いで読んだ。意識低い…
読んだ。INTENSIVIST Vol.5 No.2 2013 (特集:ECMO)作者:出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2013/04/17メディア: 単行本COI：中古で激安だったので買って積んでいたけど、VV-ECMOに関わる機会があったので急いで読んだ。Intens…
読んだ。ワンランク上の心臓麻酔に必要なエビデンス作者:出版社/メーカー: 克誠堂出版発売日: 2018/05/01メディア: 単行本COI：上司が持ってた。ペラい。正規で買っても5000円くらいなので妥当か。 なんとも言えないが、これ読んでもワンランク上の心臓麻酔…
