読んでる。Comput Vis Image Underst. 2013 Sep 1;117(9):1107-1118. Ricci flow という、Willmore flow とはまた違う条件で微分幾何学的物体変換を行う。 その前に下準備。 以前やった(離散)ガウス曲率は、1-ring下の三角形の角度と、と呼ばれる傘の面積で…

平均曲率を用いて、3次元オブジェクトの表面を色付けした。 凹んでいるところは赤、出っ張っているところは緑になっている。 いま、同じ色でひと続きになっている領域を仲間分けして、なおかつ、隣り合う領域がどうなっているかを調べたい。 ある頂点と、そ…

multi-armed bandit problem というものがある。 元々はギャンブラーがどのスロットマシーンをやれば、利益を最大化できるかという話から始まったらしいが、最近は教科学習として流行って、webコンテンツのクリック率だとかそういう分野で使われている。 こ…

時系列データにt 検定を行うことに関して、すごいもにょっていたのだが、そもそもstan 神が既にモデル化してくれていた。 リンクでは2階差分と、変化点検出のコーシー分布の合わせ技を用いている。 そのままパクってやってみる。 diの95%ベイズ信頼区間が0を…

アレルA とアレルa がある。 アレルA の存在確率がのとき、アレルa の存在確率はである。 1世代交配して得られる遺伝子型はである。 これは、アレルA とアレルA を持つ者同士は強制的に子孫残してね、というような神の見えざる手が働かない、つまり、完全に…

とある3D オブジェクトであるうさぎを貫くベクトルがあるとする。 ベクトルは極座標表示なので、中心からある程度伸ばして、そしてxyz 座標に変換する。 うさぎ自体はmesh3d オブジェクトで、もともとは頂点オブジェクト bun.v, エッジオブジェクト bun.f か…

読んだ Behav Ecol Sociobiol. 2007 Dec;62(2):245-253 dimorphic allometry という二形性の成長を見ていて、その変化点らしきところを推定する。 論文ではT. dichotomus septentrionalis と呼ばれる、いわゆるカブトムシの体の大きさ(body) と角(horn) につ…

読んだ Nature (2016) doi:10.1038/nature18294 PD1/PDL1 系の薬剤は高いので、それが良く効く患者集団を選びたいというのが最近のトレンドｫ!!! 3' 側のUTR がないことで、PD-L1 の発現があがり、それによって免疫機構から逃れるPD1/PD-L1 axis がクッソすご…

物体をいじって球にしている。いま、球になった物体があるとして、これを2次元平面に展開して眺めたい。 地球儀が世界地図になるメルカトル図法みたいな感じ。 もとのうさぎは、各頂点の(離散)ガウス曲率にしたがって色付けしてある。正なら赤、0近くは灰色…

windows 10 よりもさらに凶悪な仕様である。 そもそものモチベーションは、rstan を使おうと思ったらまったくインストールできない。 以前はcran に登録されていなかったので、devtools からrstan サイトを指定してうんぬんかんぬんだったが、現在ではinstal…

体積と表面積の計算をRではなくcpp のままやれば速いということで、Eigen の協力をあおぐわけだが、Eigen の行列式は使うのが少し手間が必要で、Eigen/LUもinclude する必要がある。 matrix.determinant() で求められる。

物体の体積と表面積を計算したい。 三角メッシュ化されていれば、表面の三角形を足せば表面積はどうにかなる。 問題は体積。 The GNU Triangulated Surface Library(GTS)というもので計算できるっぽい。 sudo apt-get install libgts-dev Python でも使える…

四元数の内積が欲しかったのでメモ。 四元数は2つの虚数単位, , (), と4つの実数, , , を用いて と書ける。これを実数部分(スカラー部)と虚部(ベクトル部)に分けて とも書く。 いま、ふたつの四元数, について、積は となる。 計算して確かめる。三角形の面…

普通に三角形を構成する頂点のガウス曲率の平均で三角メッシュのガウス曲率を計算した。 平均曲率よりも曲面上の凹凸をより細かく表現できているっぽい。というのも平均曲率よりも自由度が高いのでそうなのだろう。 tapply を使うよりmatrix にしてcolMean …

読んだ。BMC Cell Biology201011:24 細胞の移動追跡を自動化してやってくれるソフトウェアTime Lapse Analyserの話。 マニュアルでやると細胞全体はもちろんチェックできないし、代表的な20細胞を選んでtracking してもらったら軒並みAMD (average mean dist…

3次元メッシュ上の点のガウス曲率を求める。 これとかこれ (PDF)とかに載っている。 あるvertex の周辺に の点がある。これはよく1-ring と書かれている。 結論から書くと、青で示された面積, で囲まれる三角形のの角度を用いて で定められる。曲面について…

RでGPUを使う時がきたようだ。 しかし、使える環境を整備するだけで1日潰れた。 OS はubuntu 14.04 メモリは 32GB CPU は Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1620 v3 @ 3.50GHz GPU は GeForce GTX 750 Ti が2枚 NVIDIA の準備 GTX 750 Ti のドライバーは361だが、apt…

3次元物体をあつかっている。 3次元座標を四元数で扱うと回転や行列計算などが簡単らしい。 いま、頂点が三角メッシュ化されて表面が形成されている.obj のうさぎがいるとする。 いま、表面の各三角形の面積の合計が、四元数と疎行列を用いてこんな感じで計…

ビデオカード(GeForceGTX750Ti)が2枚あって、GVA*2 とDVI で3枚モニターつなげているのに、ubuntu では2枚しか認識されない。 NVIDIAのドライバーで対応しているものをダウンロードし、 nvidia-settings でxorg.conf をいじっても、GPU が2つ認識されている…

Deep learning を使って、グラム染色で見えている細菌がなんの菌なのかを判定しようという試み。 実際は半年以上前に手をつけていたけど、プレリなところで終わっていて、データ取りをするのにめんどくさかったのでもうやめたので誰かやってみたらいいんじゃ…

RSSを使った論文の定点観測というやり方を知り合いから教えてもらった。 いままでは興味のある分野の論文や、超有名雑誌2誌くらいのみをときたま検索して読む、という程度のアクテビティだったが、RSS と連携して定期的に更新されたものをチェックできる、と…

退職しました。次はどうするかというと昔ぼやいていたようにD進するらしいです。 何をしていたかというと、いわゆる対人のお仕事で、コミュニケーションスキル()がくっそ必要だったので毎日ヒーコラ言いながら働いていたが、お世話になった各部署では上司か…

スカウト? された。 知り合いの知り合いから話を聞きつけてコンタクトしてきたらしい。 医療、生物学のデータに対して機械学習、特にdeep learning を使いたいらしい。 deep learning そのものを扱える情報系の人や、データをとって加工できるSE は人材が集…

経過表というものがある。一般用語なのかはしらないが、いつぞやにどういうことをしてどういうことが起きてどういうように値が変化したか、みたいなことをひたすら書く表である。 これを、普通ならエクセル内のデータを折れ線グラフにしてppt に貼り付けて、…

いつもの調子でubuntuをインストールしたけれども、ネットがつながらないので悪戦苦闘した。 UbuntuでNICを認識しない場合の対応 ifconfig lo Link encap:ローカルループバック inetアドレス:127.0.0.1 マスク:255.0.0.0 inet6アドレス: ::1/128 範囲:ホスト…

図と表をminipage で並べたいとき。 プリアンブルに書いて \makeatletter \newcommand{\figcaption}[1]{\def\@captype{figure}\caption{#1}} \newcommand{\tblcaption}[1]{\def\@captype{table}\caption{#1}} \makeatother figure でやる。 \begin{figure}[h…

ASAの声明とそのプレスリリース(100%予測ではない)が話題になっている。 英語自体は平易だが面倒ならば某データサイヤ人が日本語で記事を書いている。 少なくとも、この記事というかp値について個人的見解を言うならば、 Scientific conclusions and busines…

まなびラインとは 単純に言うと、2期制作閾値となるアニメBD/DVD 売上枚数のことである。 売りスレとしては、アニメ円盤の第1巻の売上と、すべての巻が出た時の平均などがバロメータとなる。 まなびラインは第1巻の売上が2899枚、全巻平均で約2300枚が相当す…

ちょっとアレなので非公開になりました。 結論 cross validation くらいしよう。

忍が通訳者を目指したように、ココアが街の国際バリスタ弁護士を目指したように、オレも街の国際バイオインマティシャン医師を目指そうと思ったけどスタートラインにすら立てなかった話。 結論から言えば原因は 英語 モチベーション お金 昨今は留学でググれ…