宝塚大学宝翔祭2011で、Prima Projectというライブに嫁が出るというので遠征。 京都から1時間ちょっとで到着。 宝塚大学自体は超山奥。 さっそく嫁発見。会場案内もしている。 技術はtwitterでも言っていたけど、初音ミク感謝祭のSEGAっぽいことをしている。…

出力結果をtxtとかexcelで利用したいのに、printを何も考えずに使うと x = ["1","2","3","A","B","C","p","q","r"] print x # 結果 ['1', '2', '3', 'A', 'B', 'C', 'p', 'q', 'r'] となって、[ ] とか ' がぶっちゃけ邪魔。 print ",".join(x) と書くと # …

遺伝学コースの、ただRだけをひたすらやる集中講義。 やりたい検定、したい解析を見つける。 そのためにデータセットをシミュレーションして作る。 ということで、対応のあるt検定をやろう。 とりあえず、t検定にたどり着くまでの とてもちいさな、とてもお…

遺伝学コースの、ただRだけをひたすらやる集中講義。 やりたい検定、したい解析を見つける。 そのためにデータセットをシミュレーションして作る。 ということで、対応のないt検定をやろう。 とりあえず、t検定にたどり着くまでの とてもちいさな、とてもお…

遺伝学コースの、ただRだけをひたすらやる集中講義。 やりたい検定、したい解析を見つける。 そのためにデータセットをシミュレーションして作る。 ということで、生存曲線を描こう。 とりあえず、初心者が使える関数などを知らずに生存解析とプロットまでに…

n1<- 20 n2<- 20 t_mean<- 6 t_sd<- 0.8 t_death<- 6 Niter<- 3 p_values<- rep(0,Niter) G1<- array(0,c(n1,2,Niter)) G2<- array(0,c(n2,2,Niter)) p1<- c(0.5,0.5) p2<- c(0.5,0.5) for(i in 1:Niter){ s1<- sample(0:1,size=n1,replace=TRUE) s2<- sampl…

Pythonを使ってファイル操作、文字列の抽出の練習。 公共のデータベースから Send to > File > Format; Synonyms(txt) > Create File で、pcsubstance_result.txtというファイルを入手しました。 簡単に中身 1. ZINEB; zinc ethane-1,2-diylbis(dithiocarbam…

(x <- c(sort(sample(1:20, 9)),NA)) (y <- c(sort(sample(3:23, 7)),NA)) union(x, y) intersect(x, y) setdiff(x, y) setdiff(y, x) setequal(x, y) 結果 > (x <- c(sort(sample(1:20, 9)),NA)) [1] 3 4 6 9 11 12 14 18 19 NA > (y <- c(sort(sample(3:23…

Pythonで何か書いてみる練習。 でモンテカルロして円周率を求める。 import random # 擬似乱数発生 import math # 数学関数 trials=1000000 # やれるだけ res=range(0,trials) for i in res: x=random.random() y=random.random() z=math.pow(x,2) + math.po…

先生のメモ 経済協力開発機構（OECD）毒性試験ガイドライン 遺伝毒性試験（癌原性試験）についてはp554から。 エームス試験の感度・特異度評価。 p5のtable4 生物学的安全性試験の基本的考え方に関する参考資料について 細胞毒性については、p7から陰性対照…

どういうことなのこれ…… 東京ェ……

1日目 2日目 3日目 3.5日目 まどか本買えたあああああぁぁぁぁああぁあぁあぁああああぁあぁしゃあああぁああぁあああぁ。 始発でなんとか買えた。列待機は1020くらい。 1030に並んだ人は買えなかったらしい。 正直な話、まどか本はまあ、その、なんだ、そも…

メモリが激安という話をしていたら教えてもらった話でメモ。 GPGPUプログラミング

今回の話 パラメーターで表すこと モデルを立てる パラメータ：本当に知りたいことを変数Xにおいてみる Xを知るために：実験しましょう。観測するのは別のこと。 X←Y（数えられるもの）：何かしらの関係振り返ってみて 塩基 X：種間の差 Y：塩基配列の違い Y…

年明けから臨床系の講義が始まり、GW明けから症候学勉強会を10回やりました。 上半期の臨床系講義としては、薬物動態・治療診学・社会医学・循環器・血液・内分泌・呼吸器・消化器・泌尿器・腎臓・神経・感染症・免疫・耳鼻咽喉科・婦人科・産科・口腔・形成…

19F 主訴 腹痛を訴え救急車で搬送された 腹痛はここ(20110706)でいうように、腹部領域別に挙げるのが主流らしいが、上半期の講義内容をふまえ、臓器別に鑑別診断を挙げてみることにしよう。 消化器疾患 ヘルニア イレウス 腹膜炎 虫垂炎 腸重積 急性膵炎 腸…

48F 貧血による全身倦怠感 貧血のアプローチの仕方 血液検査と所見 汎血球減少：骨髄系 RBCのみ減少か 小球性貧血：鉄代謝 正球性貧血：破壊亢進、生産不良 大球性貧血：核酸合成異常、分裂異常 小球性貧血 鉄欠乏性貧血（最多） サラセミア 慢性炎症（ヘプ…

42F 主訴 fatigue 医学英語で言うfatigueは、日本語で言うところの全身倦怠感、易疲労感、脱力感、労作時呼吸困難なども含む。 今回は全身倦怠感に近い主訴。 特に何も考えずに鑑別診断を挙げてみる。 更年期障害 貧血（頻度：鉄欠乏性が多そう） 心不全（全…

前々回 DNA配列比較 コーディング配列とRNA配列の評価は違う（かも） 前回 細胞に介入 タンパクの発現量を変える 表現型に違いが出るか 介入したかしないか、と表現型、を比較しているのではなくて 発現量、と表現型、の比較になっている→量的関係の回帰直線…

ここを見ていたら無性にやりたくなったこちらのネタ。 madoka<- function(M,W,C,D,B,K,F,Time){ data<- matrix(0,Time,2) data[1,1]<- M; data[1,2]<- W for(t in 2:Time){ t.counter<- t W<- W + F*W + (B-K)*M M<- M + C - (D+B)*M if((W<0)||(M<0)){ brea…

32F 主訴：悪心・嘔吐 嘔吐の原因で鑑別してみる 嘔吐中枢の直接刺激 脳出血、脳腫瘍、聴神経腫瘍、くも膜下出血 内蔵・腹膜の刺激による反射性嘔吐 食中毒、虫垂炎、嘔吐下痢症（ロタ）、GI潰瘍、GERD、腹膜炎、GI穿孔、糸球体腎炎、尿路結石 化学受容体の…

20110713 graduateschoolgenome 解析の対象を抜き出す 前回から DNAの配列 データQC 今回のデータ RNAiでタンパク発現抑制sh#1 対照shControl それぞれにH2O2を添加、生存に差があるか? 細胞の（いろんな）ストレス応答と関係があるか、ないか ストレス応答…

こちらから。 source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()

第十一章 アイデンティティの危機 identicalとequalとsame 一にして同じもの(identical)と、別物だが同等なもの(equal) identicalなものには、固有のIDを振って識別。 プログラミング的な話として、 Mathematica：を、二乗したら2になる数として扱える。 浮…

PCを替えたので、Rのパッケージ等いろいろ引き継がないといけない。 前はWindowsだったが、今回のPCはMacで、今までproxyに引っかかっていた。 対策 # 適宜入力値を変えてください。 Sys.setenv("http_proxy"="http://proxyhostname:portnumber/") よさげな…

65歳、男性 主訴：腹痛 鑑別：腹部のとこが痛いかでアプローチしてみる。 Whole 帯状疱疹 筋肉痛 ヘルニア 胃腸炎、イレウス、過敏性腸症候群、腹膜炎、腹膜垂炎 腸間膜虚血 DKA、鉛中毒、急性副腎不全 家族性地中海熱 RUQ(Right Upper Quadrant) 胆嚢炎、胆…

遺伝・ゲノム医学コースの特別講座的なもの。 実験系のデータ量はどんどん増えている。 解析屋にデータを渡して何かやってもらう、あるいは、自分で何か解析する需要が大きくなっている。 実験データを管理するのは大切。だが、どうやればうまく管理できるか…

DNA配列の違いを数値化したい。 27の標本：属ー種ー亜種と分類されている。 44の遺伝子：microRNAとtargetDNAのペア。実際は22の遺伝子ペア。 配列：500〜700塩基。 知りたいのは Q1：標本の属性の違いが遠近に関係あるか?ないか? Q2：遺伝子配列が種の間で…

第十章 第三の基数 10進法で表される数字Mを、r進法で表したとき（例えば2進法）、各桁は0か1で、これがw桁並ぶとする。 このとき、本中では効率rwを定義していた。 今日はNKメインで、各桁同じ数字ではなく、各桁をrで統一しない進法（こちら）で一般的に「…

研究科横断型教育プログラム 統計遺伝学 初回内容