細胞でもなんでもいいが、視野内の物体の動きを軌跡として取得したい。 最近流行りのディープラーニングでは下調べが足りないがいろいろあるっぽい。しかし、これらの手法を使うにしても自前で開発するにしても、正解データと比較して性能評価が必要である。…

親戚が集まったときの会で、ふいにそんなことを言われた。その人としては減量をがんばったということを言いたかったのだろうが、自分自身、糖質制限ダイエットに対してエビデンスを持っていないことと、1日で2kg 減るっていうのは、偶然「2日間連続で体重を…

ある関数があって、最小化もしくは最大化したい。これらは正負を入れ替えればよいでの最小化を考える。 いま、適当に という関数があったとする。これの最小値とそのときのの組を求めたい。 2変数なので3次元に図示するとこんな感じである。最小値はひとつ定…

こんな話を見かけた。 生物・医療統計の立場的に言えば、N=300 * 3 の試験のほうがよいとおもう。 I’ve been thinking about this thought experiment:Imagine you’re given two papers. Both papers explore the same topic and use the same methodology. …

矩形波がフーリエ変換の要素数を増やすとどれくらい近似度があがるかという動画を見かけたのでやってみる。 矩形波は となる。 が増えると近似度があがり、そのための小さな円が数珠つなぎに増える。 矩形波の平坦な部分はこの数珠がぐるぐる巻にされ、yが入…

beamer でスライドプレゼンテーションをしたが、今回はポスター発表をbeamer で作った。 ネットでbeamer poster のsty ファイルを見てみたのだが、華美すぎて鬱陶しい。 個人的には究極グレースケールで終わらせたい。 window.twttr = (function(d, s, id) {…

という記事があった。 国立社会保障・人口問題研究所の日本の将来推計人口（平成29年推計）というものがあったので、表1-1 総人口,年齢３区分(0〜14歳,15〜64歳,65歳以上)別人口及び年齢構造係数:［出生中位(死亡中位)推計］というネ申エクセルデータを図示…

3次元物体の曲率を以前やっていたのだが、自前のスクリプトに重大なミスが発覚したので、プログラミング力の高い人のプログラムから借用することを考える。 離散的な3D オブジェクトから、平均曲率とガウス曲率を計算したいが、意外とない。 と思ったらMeshL…

読んだ。ゼロから作るDeep Learning ―Pythonで学ぶディープラーニングの理論と実装作者: 斎藤康毅出版社/メーカー: オライリージャパン発売日: 2016/09/24メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (18件) を見るCOI：自費で買った。著者は知り…

結論から言えばsys.argv を使う。 http://www.yukun.info/blog/2008/07/python-command-line-arguments.html 【python】sys.argv で引数をとる - metabo346の日記 コマンドライン引数入力できるPythonプログラムをつくる - 剥いだ布団とメモランダム.old Pyt…

とある研究計画の申請の時期だが、研究をどんな感じで進めていきます、というプレゼンというか図示で時間軸に棒が伸びてる感じの図がある。 学振申請書の書き方とコツ DC/PD獲得を目指す若者へ (KS科学一般書)作者: 大上雅史出版社/メーカー: 講談社発売日: …

こんな記事があった。あるアニメショップでキャラの人気投票をしたら、ラブライブにおいてμ's のメンバーのほうが、Aqours のメンバーより総じて上位だったらしい。 というわけで、2グループの人気はどれくらいの差かを考える。 2グループ各9人、全部で18人…

蛍光イメージング動画があって、そこから細胞の3次元の形を再構成したい。 手順としては、 蛍光イメージの取得：他力本願 2Dでのセグメンテーション：他力本願、大津法 セグメンテーションされた領域の抽出：openCV セグメンテーションされた領域内で欠けて…

読んだ。 BMJ. 2002 May 25;324(7348):1271-3. これを読んでいたら論文があったので読んでみた。 いきなり要点を書いておくと Peer reviewers often make unfounded statistical criticisms, particularly in difficult areas such as sample size and multi…

読んだ。機械学習のための連続最適化 (機械学習プロフェッショナルシリーズ)作者: 金森敬文,鈴木大慈,竹内一郎,佐藤一誠出版社/メーカー: 講談社発売日: 2016/12/07メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (3件) を見るCOI：ラボにあった。著…

PK 戦の順序が勝ちやすさに影響するか考えたかったけど、データを集めた時点で先攻が勝つ確率が50% だったので、いろいろな条件のもとでのPK の成功率を考えていた。 stan でやってみる。 PK は10人が蹴るまでに終わるとする(154試合1389回)。 各PK での成功…

こんな記事があった。簡単にいうと、PK戦は先攻有利と言われているから、先攻後攻をABABAB... とやるのではなく、途中で入れ子にしてABBAABBA... というような順序でやろう、という話である。 実際にPK戦が先攻有利かというと、先攻は6割くらい勝つらしい(PD…

EM アルゴリズムとベイズという話が出てきたので、やってみる。 題材はこちら 状況としては、ABOの血液型で、どんな血液型を持っているかは観測できるが、その血液型population を生み出したアレル頻度は一体どのようなものだろうか、これを推定したい、とい…

読んだ。「原因と結果」の経済学―――データから真実を見抜く思考法作者: 中室牧子,津川友介出版社/メーカー: ダイヤモンド社発売日: 2017/02/17メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (15件) を見るCOI：自分で買った。筆者らとは知り合いで…

ここに書いてあることはすべて個人の感想です。別にデザインについて勉強してきたわけではないので有識者の人は適当に読み流してください。 beamer を使ってスライドを作成してプレゼンしてきた。結果としてはppt と比べて遜色ない発表ができた(適当 beamer …

読んだ。岩波データサイエンス Vol.5作者: 岩波データサイエンス刊行委員会出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2017/02/16メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (3件) を見るCOI：自分で買ったが著者に知り合いがいる。 岩波データサイエン…

読んだ。科学技術計算のためのPython―確率・統計・機械学習作者: Jose Unpingco,石井一夫,加藤公一,小川史恵出版社/メーカー: エヌ・ティー・エス発売日: 2016/12メディア: 単行本この商品を含むブログ (1件) を見るCOI：ラボで買った。本人は全く知らない。…

読んだ。 Machine learning-based prediction of adverse drug effects: an example of seizure-inducing compounds プレスリリース COI：なし 薬学も電気生理学も情報科学も何ひとつ専門ではないけど、100%予測に釣られたので書く。 seizure (けいれん)を引…

読んだ。関係データ学習 (機械学習プロフェッショナルシリーズ)作者: 石黒勝彦,林浩平出版社/メーカー: 講談社発売日: 2016/12/07メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログ (1件) を見るラボにあった。 関係データということでテンソル分解みた…

こんなツイートがあった。 window.twttr = (function(d, s, id) { var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0], t = window.twttr || {}; if (d.getElementById(id)) return t; js = d.createElement(s); js.id = id; js.src = "https://platform.twitter.c…

変数, パラメータ があるとき、 と表すことができる場合は、指数分布族という。ここで、exp やlog で無理やりカッコ内に指数法則を使って変換してやれば、各々の式は同じことを意味している。 ここで、 ：十分統計量 sufficient statistics ：natural parame…

機械学習などで予測モデルを立てたときに絶対に突っ込まれるのが「それ他のデータセットでも言えんの?」ということで、モデルの性能を評価しないといけない。一般的には手持ちのデータからモデルを作って、それとは別のデータに対してそのモデルが有用かとい…

オブジェクトがdata.frame のとき、plot をすると2変数ずつ取ってきてplot してくれる。 plot(iris, col=iris$Species) これは各パラメータの関係をとりあえず把握するのによかった。 ただ、オブジェクトが行列のときに、data.frame に戻さないといけなくて …

ここで紹介されているこの例をやってみた。 状況としてはこんな図と実験がある。 ある腫瘍細胞に薬#1 と#2 を単独もしくは両者ともにふりかける実験をする。#1 のみもしくは#2 のみふりかけた実験では対照と有意差はなく、#1#2 と同時にふりかけた場合は有意…

ボウリングをした。珍しくストライクが2回連続で出たので、スコアは137点だった。 ボウリングの得点分布はどうなっているのか気になったが、実際のゲームから得点分布を描くといろいろググって出てくる。 適当にピンを倒すとき、どうなるかをシミュレーショ…