高度情報化

awk を使ってターミナル上で必要な部分の列和を計算する

SNP とかなんでもいいのだが、行列データがあって、ある列のデータのうち条件をみたすものだけを抽出して、和を取りたい。 それをR とかPython を使わずに、シェルというかawk で完結したいのだが、という悩みを同僚が言ってきたのでやってみた。 一発でsum …

ubuntu 16.04 でcaps lock をESC に変えたい

vim を使っていて、caps lock がESC ならうれしくて、ubuntu 14 まではxmodmap で設定していたが、ubuntu 16 からはこれだとうまくいかないようである。 sudo apt-get install gnome-tweak-tool でtweak から、タイピング > Caps Lock キーの動作にいき、Cap…

UEFI のOS が存在しているPC にubuntu 16.04 をデュアルブートする

昔、windows7 があるPC にubuntu をインストールした。 今回、let's note RZ4 の8GB が安く手に入ったので、windows8 がある環境にubuntu16.04 をデュアルブートできるようにしようとしたら、UEFI で手こずった。 結論からいうとRufus を使ってUFEI対応のUSB…

rs でテキストを転置(行と列をいれかえる)したいがsegmentation fault で死ぬ

なんでもいいのだがスペースで区切られた、横に長いファイルがあるとする。 seq -s" " 1 20 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 これを行から列に変換して縦に長いファイルが欲しい。というのも、paste コマンドなどを使って結合したいから…

tmux を使う

tmux を勧められた。 以前、vim を導入したときにvim-r-plugin を使うのにtmux が必要で、tmux のpane を使えばRstudio っぽく、コードを書く領域とRが実行できる領域が出現して、コマンドショートカットでコードをRコンソールに送ることができる、という話…

手動で細胞の動きを追跡したい

細胞でもなんでもいいが、視野内の物体の動きを軌跡として取得したい。 最近流行りのディープラーニングでは下調べが足りないがいろいろあるっぽい。しかし、これらの手法を使うにしても自前で開発するにしても、正解データと比較して性能評価が必要である。…

beamer poster でプレゼンテーション

beamer でスライドプレゼンテーションをしたが、今回はポスター発表をbeamer で作った。 ネットでbeamer poster のsty ファイルを見てみたのだが、華美すぎて鬱陶しい。 個人的には究極グレースケールで終わらせたい。 window.twttr = (function(d, s, id) {…

Python でコマンドライン引数、標準入力を受け取る

結論から言えばsys.argv を使う。 http://www.yukun.info/blog/2008/07/python-command-line-arguments.html 【python】sys.argv で引数をとる - metabo346の日記 コマンドライン引数入力できるPythonプログラムをつくる - 剥いだ布団とメモランダム.old Pyt…

beamer でプレゼンテーション

ここに書いてあることはすべて個人の感想です。別にデザインについて勉強してきたわけではないので有識者の人は適当に読み流してください。 beamer を使ってスライドを作成してプレゼンしてきた。結果としてはppt と比べて遜色ない発表ができた(適当 beamer …

今年読んだ一番好きな論文2016

この記事は今年読んだ一番好きな論文2016 の25日目の記事です。 今年読んだ論文ではこれがよかったです。 Computational flow cytometry: helping to make sense of high-dimensional immunology data. Nature Reviews Immunology 16, 449–462 (2016) レビュ…

Rstudio を使わない人にとってのRstudio

この記事はRStudio Advent Calendar 2016 の9日目の記事です。 Rstudio、使ってますか? 私は使っていません。 インストールはしてあります。Rstudio を使う利点は、OS が異なっても統一された解析環境を用意できることです。R 初心者にR を使ってもらう時に…

29cm vs 28.3cm

こんなページを見つけた。 理系大学院生の普段使いリュックの中身を見せます! | 人生を楽しむエネルギーブログ 現役の博士課程大学院生の生活を支えるカバンの中身を細かく紹介! | AbstractLife 入院生活者のかばんの中身らしい。 私のかばんには、いつで…

vim の設定

というよりPC 環境全般の話。 スクリプトを書いている。 しかし、マウスGUI ユーザーなので残念ながら腱鞘炎になってしまった。 通常のマウスをやめてトラックボールにしたが、母指IP 関節が半端無く痛い。 というわけで利き手とは逆の手にマウスもおいてい…

医学・生命科学研究に使える遺伝統計関連のデータベース

遺伝統計夏の学校というものに来ている。 データベースが増えすぎていてすべてはもちろんわからないので、知った時に知識を増やしておこう。 スライドより一覧。 ゲノム・遺伝子情報のWebツール UCSC Genome Browser https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGate…

防備録:マルチディスプレイとプリンター設定

ビデオカード(GeForceGTX750Ti)が2枚あって、GVA*2 とDVI で3枚モニターつなげているのに、ubuntu では2枚しか認識されない。 NVIDIAのドライバーで対応しているものをダウンロードし、 nvidia-settings でxorg.conf をいじっても、GPU が2つ認識されている…

PubMedの検索結果を定点観測する

RSSを使った論文の定点観測というやり方を知り合いから教えてもらった。 いままでは興味のある分野の論文や、超有名雑誌2誌くらいのみをときたま検索して読む、という程度のアクテビティだったが、RSS と連携して定期的に更新されたものをチェックできる、と…

スカウト? された話

スカウト? された。 知り合いの知り合いから話を聞きつけてコンタクトしてきたらしい。 医療、生物学のデータに対して機械学習、特にdeep learning を使いたいらしい。 deep learning そのものを扱える情報系の人や、データをとって加工できるSE は人材が集…

let's note SZ5 にubuntu14.04 をインストールしたけれどもネットがつながらず苦労した話

いつもの調子でubuntuをインストールしたけれども、ネットがつながらないので悪戦苦闘した。 UbuntuでNICを認識しない場合の対応 ifconfig lo Link encap:ローカルループバック inetアドレス:127.0.0.1 マスク:255.0.0.0 inet6アドレス: ::1/128 範囲:ホスト…

TeX メモ

図と表をminipage で並べたいとき。 プリアンブルに書いて \makeatletter \newcommand{\figcaption}[1]{\def\@captype{figure}\caption{#1}} \newcommand{\tblcaption}[1]{\def\@captype{table}\caption{#1}} \makeatother figure でやる。 \begin{figure}[h…

SSDに換えたった

中古レッツノートが安かったので購入して、SSDに換装した。 こちらを参考にしたらドライバー1本で換装可能である。SSDについては東芝製のものが評価が高いようだが、Crucial のものも相性的にはよさそう(これとかこれとか)ということで買った。 7mm SSDはレ…

ubuntuのセットアップ

PCが壊れて往生したので今更ながらubuntuのインストールについて書く。 ubuntuのインストールメディアを取ってくる。 16GBくらいある適当なUSBを買ってくる。 USBにデータを移して、unetbootinとUniversal USB InstallerでUSBからOSインストールできるように…

電子書籍化

texで書いているものを電子書籍化するのに、epub形式にしないといけないと思っていたらhtmlでもいいらしく、pdf2htmlEXでいけた。これならepsをpngにするという作業もいらず、pdfそのままのレイアウトでhtmlで閲覧できるのでこれで勝つる!! # ubuntu でのイ…

30分で油絵

探偵ナイトスクープで昔、ボブ・ロスの指導を受けたいという依頼があったらしいが、それを見て大爆笑していたら それをペイントでやるという人がいたのでやってみる。 ね、簡単でしょう?(どうみても動画と違う)

臨床研修病院解析

卒後医師臨床研修という制度が、文部科学省のお達しである。 全国の医学生はマッチングと呼ばれるアルゴリズムによって就職活動を行う。このシステムはマッチング協議会によって行われる。 これはいわゆる就活なので、医学生たちは病院見学に行ったり実習に…

Rで並列計算

並列計算したい どうすればRで並列計算できるのか〜そもそも並列計算って何? 並列計算をやる snow 使うCPUはいくつがいいのか foreachとdoSNOW doMC

ライフサイエンス統合データベースセンター訪問

ライフサイエンス統合データベースセンター(HP)を訪問した。 声優統計は面白そうだ。オレもやってみたい。 合宿の様子。英知の無駄遣いはこのようなものをさすのだろうか...

TeXをMacOSに導入する

NKの助言と教授でもできるMacOSXへのX11とLaTeX、Ghostviewのインストレーションを参考に、TeXを導入した。 \documentclass{jarticle} \usepackage{amsmath} \begin{document} $$ \begin{pmatrix} a_{11} & a_{12} \\ a_{21} & a_{22} \end{pmatrix} $$ \end…

ライフサイエンス統合データベースセンター

ライフサイエンス統合データベースセンターから来られた先生の話。 FANTOM:ゲノム注釈ツール SayaMatcher:ゲノム配列に自分の探したい配列パターンをmatchさせることを始めとした生物情報解析ツール群 ライフサイエンス統合データベース:ライフサイエンス…

スマートホンで辞書

まあこのカテゴリーができた理由は、ネットとかでPCとかスマートホンとかいろいろ調べていたら、いつの間にか機械に強い人という評判が立ってしまったので、とりあえず、オレがアニメを観るために大学生活をよりよくするために活用している物だとか情報とか…